Prywatna bocznica kolejowa a zwolnienie z podatku. Sąd uchylił odmowę nadpłaty

Zaskarżoną decyzją z dnia 30 stycznia 2026r. nr SKO.FP/41.4/888/2025/18561 Samorządowe Kolegium Odwoławcze w Katowicach (dalej: SKO, organ) po rozpoznaniu odwołania G S.A. w C. (skarżąca, spółka) utrzymało w mocy decyzję Prezydenta Miasta C. (dalej: Prezydent, organ pierwszej instancji) z dnia 3 listopada 2025r. nr [...] w przedmiocie odmowy stwierdzenia nadpłaty w podatku od nieruchomości za rok 2023.

Powyższa decyzja wydana została na podstawie art. 233 § 1 pkt 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997r. Ordynacja podatkowa (t.j. Dz. U. z 2026r., poz. 622 ze zm., dalej: o.p.), art. 1 ustawy z dnia 12 października 1994r. o samorządowych kolegiach odwoławczych (t.j. Dz. U. z 2018r., poz. 570 ze zm.) i § 1 rozporządzenia Prezesa Rady Ministrów z dnia 17 listopada 2003r. w sprawie obszarów właściwości miejscowej samorządowych kolegiów odwoławczych (Dz. U. z 2003r., Nr 198, poz. 1925).

Stan sprawy.

Skarżąca złożyła w dniu 5 grudnia 2023r. wniosek o stwierdzenie nadpłaty w podatku od nieruchomości za 2023 rok w wysokości 110 107,00 zł. Spółka wskazała, iż nadpłata powstała w wyniku złożonych korekt deklaracji podatku od nieruchomości za lata 2018-2023 i skorzystania przez spółkę ze zwolnienia z podatku od nieruchomości na podstawie art. 7 ust. 1 pkt 1 ustawy z dnia 12 stycznia 1991 r. o podatkach i opłatach lokalnych (t.j. Dz. U. z 2025r., poz. 707, dalej: u.p.o.l.) - gruntów, budynków i budowli wchodzących w skład infrastruktury kolejowej.

Wniosek ten został następnie zmieniony:

• pismem z dnia 16 stycznia 2024 r., w którym wskazano, że w odniesieniu do posiadanej infrastruktury kolejowej w okresie 01.01.2022-31.12.2023 - przyjęto do zwolnienia podatkowego wyłącznie infrastrukturę kolejową nieczynną (podstawa prawna: art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. b u.p.o.l.);

• pismem z dnia 26 lutego 2024 r. w którym wskazano, że wskutek błędu sumowania, w porównaniu do obliczeń przekazanych pismem z dnia dn. 16.01.2024, zmianie uległa pozycja "RAZEM PODATEK" odnośnie roku 2021 (było: 1 662 066,00 zł, jest 1 785 722,00 zł). Tym samym zmieniła się także ogólna kwota nadpłaty (było: 819 339,00 zł, jest 695 683,00 zł).

Tym samym, ostatecznie kwota wnioskowanej przez spółkę nadpłaty w podatku od nieruchomości za 2023 rok wynosi 99 824,00 zł. Spółka wskazała we wniosku, że w jej majątku znajdują się grunty, zadeklarowane do opodatkowania podatkiem od nieruchomości, które podlegają zwolnieniu na podstawie art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. b tiret drugi u.p.o.l. o następujących powierzchniach:

• 80 749,00 m2 w okresie od stycznia do grudnia 2023 r.;

Dodatkowo we wniosku podano, że na infrastrukturę kolejową, która w jej ocenie powinna podlegać zwolnieniu na mocy art. 7 ust. 1 pkt 1 u.p.o.l., składają się budowle o łącznej wartości 307 763,33 zł.

Decyzją z dnia 18 czerwca 2024 r., nr [...] organ pierwszej instancji odmówił spółce stwierdzenia nadpłaty w podatku od nieruchomości za 2023 rok w całości, w kwocie 99 824,00 zł. Od powyższej decyzji skarżąca złożyła odwołanie.

Następnie SKO decyzją z dnia 26 maja 2025 r. nr SKO.FP/41.4/429/2025/0 uchyliło decyzję organu pierwszej instancji i przekazało sprawę do ponownego rozpatrzenia. Z przedstawionego stanowiska SKO wynika, że w ponownie prowadzonym postępowaniu organ podatkowy zobowiązany został do zweryfikowania, czy spółka faktycznie posiada infrastrukturę nieczynną w rozumieniu u.p.o.l. Przy czym decydujące znaczenie będzie miało niedopuszczenie ruchu kolejowego, a nie samo wskazanie w statucie. Zobowiązano organ do ustalenia powierzchni gruntów, budynków i budowli zajętych na cele związane z zadaniami zarządcy infrastruktury lub usługami operatora obiektu infrastruktury usługowej, przy czym zwolnienie podatkowe obejmuje wyłącznie te nieruchomości (w całości lub w części), które są faktycznie wykorzystywane do tych zadań, a stwierdzenie nadpłaty będzie możliwe jedynie wówczas, gdy zgromadzony materiał dowodowy potwierdzi spełnienie wszystkich przesłanek ustawowych.

Decyzją z dnia 3 listopada 2025r. Prezydent odmówił stwierdzenia nadpłaty w podatku od nieruchomości za rok 2023 w całości, tj. w kwocie 99 824,00 zł.

Organ podatkowy pierwszej instancji dokonując ponownej oceny zebranego materiału dowodowego uznał, iż prywatna infrastruktura podatnika w ogóle nie podlega zwolnieniu od podatku od nieruchomości. W konsekwencji prowadzenie tak szerokiego postępowania dowodowego, obejmującego gromadzenie dodatkowych dokumentów, przeprowadzanie oględzin czy powoływanie biegłych, pozostaje bezprzedmiotowe w sytuacji, gdy mamy do czynienia z infrastrukturą o charakterze prywatnym. W decyzji przyjęto, iż tego rodzaju infrastruktura - z samej istoty i w świetle obowiązujących regulacji - nie może korzystać ze zwolnienia podatkowego, co czyni dalsze czynności zmierzające do ustalenia jej zakresu czy powierzchni zbędnymi.

Prezydent zaznaczył, iż ustawodawca zdecydował się na nowelizację brzmienia przepisu art. 7 ust. 1 u.p.o.l. obowiązującą od dnia 1 stycznia 2022 r. Aktualnie (od dnia 1 stycznia 2022 r.) zwolnienia kolejowe uregulowane w przepisach art. 7 ust. 1 pkt od 1 do 1b u.p.o.l. możemy podzielić na związane z:

• czynną infrastrukturą kolejową (art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a oraz lit. b tiret pierwsze i art. 7 ust. 1 pkt 1b u.p.o.l.);

• nieczynną infrastrukturą kolejową (art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. b tiret drugie u.p.o.l.);

• zlikwidowaną infrastrukturą kolejową (art. 7 ust. 1 pkt 1 a u.p.o.l.).

Organ uznał, iż ostatecznym przedmiotem wniosku (po zmianie podstawy roszczenia przez spółkę) jest zwolnienie z opodatkowania podatkiem od nieruchomości infrastruktury kolejowej na podstawie regulacji zawartej w art. 1 ust. 1 pkt 1 lit. b tiret drugie u.p.o.l.

Organ pierwszej instancji wyjaśnił, iż zwolnienie z art. 7 ust. 1 pkt 1 lit b tiret drugie u.p.o.l. zakłada preferencje podatkowe po łącznym spełnieniu następujących warunków:

1. grunty, budynki i budowle muszą wchodzić w skład infrastruktury kolejowej w rozumieniu art. 4 pkt 1 ustawy z dnia 28 marca 2003r. o transporcie kolejowym (t.j. Dz. U. z 2025r., poz. 1234 ze zm., dalej: u.t.k.) lub obiektu infrastruktury usługowej w rozumieniu art. 4 pkt 51 tej ustawy;

2. dotyczy ono gruntów, budynków i budowli w części zajętej wyłącznie do wykonywania zadań zarządcy infrastruktury, o których mowa w art. 5 ust. 1 tej ustawy, lub świadczenia usług przez operatora obiektu infrastruktury usługowej, o których mowa w ust. 2 i 3 załącznika nr 2 do tej ustawy;

3. pod warunkiem, że ta infrastruktura kolejowa stanowi infrastrukturę nieczynną w rozumieniu art. 4 pkt 1c u.t.k.

Art. 5 ust. 2a u.t.k. stanowi natomiast, iż zarządca sporządza statut sieci kolejowej wskazujący linie kolejowe, bocznice kolejowe oraz inne drogi kolejowe przez niego zarządzane, a takie wskazujący, które z nich stanowią infrastrukturę nieczynną lub prywatna. Zarządca umieszcza w statucie sieci kolejowej również informację o elementach infrastruktury kolejowej wchodzących w skład Unii kolejowej, które są zarządzane przez innego zarządcę.

W piśmiennictwie ugruntowane jest stanowisko, że Statut sieci kolejowej ma wskazywać linie kolejowe, bocznice kolejowe oraz inne drogi kolejowe zarządzane przez zarządcę sporządzającego ten statut, a także wskazywać, które z nich stanowią infrastrukturę nieczynna lub prywatna, (tak M. Rypina [w:] Ustawa o transporcie kolejowym. Komentarz, red. M. Trela, P. Wajda, M. Wierzbowski, Warszawa 2022, art. 5). Tym samym obowiązkiem zarządcy infrastruktury było sporządzenie statutu sieci kolejowej i odpowiednie iei zakwalifikowanie jako prywatnej.

Co szczególnie istotne zdaniem Prezydenta, w Regulaminie pracy bocznicy kolejowej spółka sama wskazała, iż infrastruktura kolejowa bocznicy nie jest udostępniania i posiada status infrastruktury kolejowej – prywatnej. Zauważono także, iż w Statucie sieci kolejowej obowiązującym w 2022 roku brak było informacji o infrastrukturze nieczynnej.

Organ pierwszej instancji zwrócił uwagę, iż nowelizacja przepisów ustawy o podatkach i opłatach lokalnych, wprowadzona ustawą z dnia 17 listopada 2021 r. (Dz.U. z 2021 r. poz. 2192), weszła w życie 1 stycznia 2022 r. i spowodowała, że zakres zwolnienia dla infrastruktury kolejowej ulegał istotnym zmianom. Początkowo, w wyniku

nowelizacji z 2017 r., doszło do nieplanowanego przez ustawodawcę rozszerzenia zwolnienia także na infrastrukturę prywatną, w tym bocznice kolejowe, co budziło poważne wątpliwości z punktu widzenia zgodności z regulacjami unijnymi dotyczącymi pomocy publicznej. Reakcją ustawodawcy była kolejna nowelizacja, obowiązująca od 1 stycznia 2022 r., która w sposób znaczący przeformułowała konstrukcję zwolnień kolejowych. W konsekwencji ustawodawca - nowelizując art. 7 ust. 1 u.p.o.l. od 1 stycznia 2022 r. - w sposób istotny zmodyfikował konstrukcję zwolnień kolejowych, eliminując możliwość obejmowania nim całych działek wykorzystywanych na potrzeby tzw. infrastruktury prywatnej, w tym bocznic kolejowych. Zwolnienie podatkowe odnosi się obecnie wyłącznie do infrastruktury kolejowej w rozumieniu art. 4 pkt 1 u.t.k. oraz do obiektów infrastruktury usługowej, przy czym korzystanie z preferencji zostało dodatkowo uzależnione od spełnienia warunku faktycznego wykorzystania do wykonywania zadań zarządcy infrastruktury albo operatora obiektu infrastruktury usługowej. Tym samym bocznice i inne elementy infrastruktury o charakterze prywatnym, sklasyfikowane w art. 4 pkt 1c u.t.k. zostały wprost wyłączone z zakresu zwolnienia, co jest spójne z definicją zawarta w Dyrektywie 2012/34/UE.

W decyzji zauważono, iż zgodnie z Dyrektywą 2012/34/UE, implementowaną do prawa krajowego poprzez ustawę o transporcie kolejowym, prywatne linie i bocznice odgałęziające się od torów stacyjnych i szlakowych nie są uznawane za infrastrukturę kolejową w rozumieniu prawa unijnego. Definicja "infrastruktury kolejowej" zawarta w u.t.k. została bowiem ujednolicona z definicją Dyrektywy Parlamentu Europejskiego i Rady 2012/34/UE z dnia 21 listopada 2012 r. w sprawie utworzenia jednolitego europejskiego obszaru kolejowego (Dz. Urz. UE L 343 z 14 grudnia 2012 r., dalej: Dyrektywa). W myśl definicji infrastruktury kolejowej - zawartej w Dyrektywie - prywatne linie i bocznice, odgałęziające się od torów stacjonarnych i szlakowych, nie są częścią infrastruktury kolejowej. Tymczasem, w Regulaminie pracy bocznicy kolejowej spółka sama wskazała, iż infrastruktura kolejowa bocznicy nie fest udostępniana i posiada status infrastruktury kolejowej - prywatnej. W konsekwencji Prezydent wyraził przekonanie, iż skoro spółka we własnym Regulaminie przyznała, że posiadana bocznica ma charakter infrastruktury prywatnej, należy przyjąć, że nie spełnia ona definicji infrastruktury kolejowej, o której mowa w art. 4 pkt 1 u.t.k. Na potwierdzenie własnego stanowiska Prezydent wskazał na wyrok Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gdańsku z dnia 23 lipca 2025 r., sygn. I SA/Gd 79/23.

Tym samym, zwolnieniem objęta jest tylko infrastruktura kolejowa w rozumieniu art. 4 pkt 1 u.t.k., natomiast infrastruktura prywatna, zgodnie z art. 4 pkt 1c u.t.k., została wprost wyłączona z preferencji podatkowych.

W konsekwencji organ pierwszej instancji postanowił orzec o odmowie stwierdzenia nadpłaty w podatku od nieruchomości za 2023 rok w całości.

Spółka wniosła odwołanie od powyższej decyzji Prezydenta z dnia 3 listopada 2025r. w przedmiocie odmowy stwierdzenia nadpłaty za 2023r.

Po rozpatrzeniu odwołania spółki SKO decyzją z dnia 30 stycznia 2026r. nr SKO.FP/41.4/888/2025/18561 utrzymało w mocy decyzję Prezydenta w przedmiocie odmowy stwierdzenia nadpłaty w podatku od nieruchomości za rok 2023.

Zdaniem SKO bocznica kolejowa, której dotyczy wniosek o stwierdzenie nadpłaty, stanowi infrastrukturę prywatną w rozumieniu art. 4 pkt 1 c u.t.k. Status ten wynika jednoznacznie m. in. z następujących dokumentów spółki, tj.:

a) Statutu Sieci Kolejowej z 2018 roku, w którym sama spółka określiła infrastrukturę jako prywatną,

b) regulaminu pracy bocznicy kolejowej, z którego wynika, że bocznica nie była udostępniana zgodnie z trybem przewidzianym w ustawie o transporcie kolejowym,

c) braku regulaminu dostępu i cennika, których posiadanie jest obowiązkiem zarządcy infrastruktury udostępnianej.

d) braku jakiegokolwiek wniosku przewoźników o dostęp do infrastruktury,

e) oświadczenia spółki, że torowisko było "udostępniane, lecz nie w trybie ustawy".

Mając zatem na uwadze, że nowelizacja ustawy o podatkach i opłatach lokalnych obowiązująca od 1 stycznia 2022 r. systemowo wyłączyła infrastrukturę prywatną z zakresu zwolnienia podatkowego, o którym mowa w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. b u.p.o.l., organ przyjął, że nawet potencjalne ustalenie powierzchni gruntów pod wskazaną infrastrukturą nie mogłoby prowadzić do stwierdzenia nadpłaty. Skoro bowiem zwolnienie podatkowe nie przysługuje co do zasady, to prowadzenie dalszych czynności dowodowych, w szczególności pomiarów geodezyjnych czy powołania biegłego jest czynnością bezprzedmiotową, niespełniającą przesłanki celowości i przydatności dowodu.

Według SKO zwolnienie, o którym mowa w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. b triet drugie u.p.o.l., zakłada preferencje podatkowe po łącznym spełnieniu następujących warunków:

1) grunty, budynki i budowle muszą wchodzić w skład infrastruktury klejowej w rozumieniu art. 4 pkt 1 u.t.k. lub obiektu infrastruktury usługowej w rozumieniu art. 4 pkt 51 tej ustawy;

2) obejmuje ono grunty, budynki i budowle w części zajętej wyłącznie do wykonywania zadań zarządcy infrastruktury, o których mowa w art. 5 ust. 1 tej ustawy, lub świadczenia usług przez operatora obiektu infrastruktury usługowej, o których mowa w ust. 2 i 3 załącznika nr 2 do tej ustawy;

3) pod warunkiem, że ta infrastruktura kolejowa stanowi infrastrukturę nieczynną w rozumieniu art. 4 pkt 1b u.t.k.

Zatem z punktu widzenia systemu prawa, a w jego ramach powiązań między uregulowaniami u.p.o.l. oraz u.t.k. - dla prawidłowej wykładni i właściwego stosowania art. 7 ust. 1 pkt 1 u.p.o.l. ważny jest nie tylko art. 4 u.t.k., ale także art. 5 u.t.k., który określa zadania zarządcy infrastruktury.

W przekonaniu SKO organ pierwszej instancji prawidłowo uznał, że to zarządca infrastruktury kolejowej w ramach wykonywania swoich ustawowych obowiązków przesądza o statusie linii kolejowej czy bocznicy kolejowej. Do jego zadań należy m.in. sporządzenie statutu sieci kolejowej wskazującego linie kolejowe, bocznice kolejowe oraz inne drogi kolejowe przez niego zarządzane, a także wskazującego, które z nich stanowią infrastrukturę nieczynną lub prywatną. Przepisu art. 5 u.t.k., określającego zadania zarządcy infrastruktury, podobnie jak art. 4 pkt 1 czy pkt 51 u.t.k., nie sposób pomijać przy dokonywaniu wykładni art. 7 ust. 1 pkt 1 u.p.o.l. Spółka tymczasem nie posiada formalnie zakwalifikowanej infrastruktury nieczynnej - nie określiła takiej w statucie, również w regulaminie bocznicy kolejowej nie wzmianki o infrastrukturze nieczynnej, czy chociażby o niewykorzystywanych torach kolejowych.

W ocenie SKO o statusie linii kolejowej czy bocznicy kolejowej przesądza zarządca infrastruktury kolejowej w ramach wykonywania swoich ustawowych obowiązków. Do zadań tych należy m.in. formalna kwalifikacja nieczynnej infrastruktury kolejowej (art. 5 ust. 2a u.t.k.). Niewątpliwie zatem zarządca danej infrastruktury ma obowiązek sporządzenia statutu sieci kolejowej. A contrario zarządca, który nie zarządza żadnymi drogami kolejowymi, nie jest obowiązany do sporządzania statutu sieci kolejowej. Przenosząc powyższe na grunt niniejszej sprawy, to na gruncie u.t.k., do której wprosi odnosi się u.p.o.l., konieczne jest formalne zakwalifikowanie przez zarządcę danej infrastruktury jako nieczynnej, aby korzystała ona z preferencji, które wcześniej nie było dostępne. Skoro zatem podstawowym dokumentem sporządzanym przez zarządców jest statut, to informacja o infrastrukturze nieczynnej musi się w nim znaleźć i brak takiej informacji oznacza, że brak jest infrastruktury nieczynnej.

Następnie SKO wyraziło przekonanie, iż pierwszą i kluczową przesłanką zwolnienia jest ustalenie, czy dana infrastruktura stanowi infrastrukturę kolejową w rozumieniu u.t.k. oraz czy jest infrastrukturą nieczynną w rozumieniu art. 4 pkt 1b u.t.k. SKO nie zgodziło się ze stanowiskiem spółki, iż czynność faktyczne do dokonania których zobowiązany został organ pierwszej instancji przy ponownym rozpatrywaniu sprawy nie dotyczyły istoty uprawnienia podatnika do objęcia określonych nieruchomości, lecz wyłącznie wysokości tego zwolnienia, a nie podstaw faktycznych i prawnych dotyczących uprawnienia podatnika do objęcia wzmiankowanych nieruchomości zwolnieniem.

W ocenie SKO spółka nie wykazała, aby wskazany odcinek infrastruktury miał status "nieczynny" w rozumieniu u.t.k. (brak decyzji zarządcy w trybie działu 6 i 6b u.t.k., brak dokumentacji przewidzianej ustawą). Ponadto skarżąca sama potwierdziła, że bocznica jest infrastrukturą prywatną, co z góry wyłącza możliwość zwolnienia.

SKO uznało, iż obowiązująca od 1 stycznia 2022 r. nowelizacja ustawy o podatkach i opłatach lokalnych oraz ustawy o transporcie kolejowym w sposób systemowy i celowy ograniczyła zakres zwolnienia wyłącznie do infrastruktury: a) udostępnianej przewoźnikom kolejowym, b) zgodnie z działami 6-6b ustawy o transporcie kolejowym, c) spełniającej wymogi dokumentacyjne i regulaminowe właściwe dla infrastruktury publicznie dostępnej. Tymczasem bocznica skarżącej, jak wynika z dokumentów przedłożonych przez spółkę, posiada status infrastruktury prywatnej, tj. infrastruktury nieudostępnianej zgodnie z u.t.k., wykorzystywanej wyłącznie na potrzeby własnej działalności spółki. Taki rodzaj infrastruktury nie mieścił się więc w zakresie zwolnienia z art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. b u.p.o.l.

W decyzji zaznaczono, iż to na osobie domagającej się stwierdzenia nadpłaty spoczywa obowiązek wykazania słuszności swych racji i poparcie ich stosownymi dowodami. Próżno zaś doszukiwać się we wniosku spółki wskazania, wnioskowana nadpłata wynika ze spełnienia przesłanek, o których mowa w ww. przepisie.

Spółka reprezentowana przez pełnomocnika wniosła na decyzje SKO skargę do tut. Sądu.

Spółka zaskarżyła decyzję SKO w całości zarzucając jej:

1) naruszenie przepisów prawa materialnego tj. art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. b tiret drugie u.p.o.l., poprzez jego nieprawidłową wykładnię polegającą na bezzasadnym przyjęciu przez organ, iż rozumienie pojęcia "infrastruktura nieczynna" winno być ustalane nie tylko w odniesieniu do regulacji art. 4 pkt. 1b u.t.k. - o czym wprost mówi wzmiankowany przepis u.p.o.l. - ale także w odniesieniu do dalszych regulacji ustawy o transporcie kolejowym, w tym w odniesieniu do treści art. 5 ust. 2a tej ustawy, co miało ten skutek, iż organ bezzasadnie przyjął, iż warunkiem uzyskania zwolnienia podatkowego jest nie tylko nie dopuszczenie przez spółkę ruchu kolejowego na infrastrukturze kolejowej, ale także umieszczenie w statucie sieci kolejowej wzmianki na ten temat, co ewidentnie wykracza poza przesłanki wskazane w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. b tiret drugie u.p.o.l. i pozostaje bez związku z możliwością uzyskania zwolnienia podatkowego;

2) naruszenie przepisów prawa materialnego tj. art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. b tiret drugie u.p.o.l. w związku z art. 4 pkt 1 oraz art. 4 pkt 1c u.t.k. poprzez ich nieprawidłową wykładnię polegającą na bezpodstawnym uznaniu, iż zwolnienie podatkowe o którym mowa w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. b tiret drugie u.p.o.l. nie dotyczy infrastruktury prywatnej, podczas gdy - zgodnie z definicją wynikającą z art. 4 pkt 1c tejże ustawy - infrastruktura prywatna jest także infrastrukturą kolejową, a więc pojęcie infrastruktury kolejowej z art. 4 pkt 1 u.t.k. zawiera w sobie także pojęcie infrastruktury (kolejowej) prywatnej, o której mowa w art. 4 pkt 1c u.t.k., która to infrastruktura jako prywatna ale także kolejowa objęta jest zwolnieniem wynikającym z regulacji art. art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. b tiret drugie u.p.o.l.;

3) naruszenie przepisów postępowania mające wpływ na treść decyzji tj. art. 122 w zw. z art. 233 § 2 zd. 2 o.p. poprzez ich niezastosowanie polegające na niepodjęciu działań zmierzających do dokładnego wyjaśnienia stanu faktycznego niniejszej sprawy tj. ustalenia powierzchni gruntów, na których znajduje się infrastruktura nieczynna zajętych wyłącznie do wykonywania określonych zadań zarządy infrastruktury lub świadczenia usług przez operatora obiektu infrastruktury usługowej, mimo iż SKO wskazało taką potrzebę w wydanej w sprawie decyzji z dnia 26 maja 2025r. i zobowiązało organ pierwszej instancji do przeprowadzenia oględzin, względnie powołania biegłego, który ustali tę powierzchnię, co skutkowało nieustaleniem powierzchni gruntów objętych zwolnieniem, do którego według ustalonego stanowiska SKO wyrażonego w decyzji z dnia 26 maja 2025 r. skarżąca, co do zasady prawo ma prawo.

Z ostrożności i na wypadek nieuwzględnienia zarzutu wskazanego w pkt 2 powyżej, zgłoszono nadto zarzut:

4) naruszenia przepisów prawa materialnego tj. art. 7 ust. 1 pkt 1c u.p.o.l. poprzez jego nie zastosowanie, jako że przy ewentualnym ustaleniu przez organ podatkowy, iż infrastruktura kolejowa podatnika (jako infrastruktura prywatna) nie podlega zwolnieniu wynikającemu z art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. b tiret drugie u.p.o.l., organ podatkowy winien był stwierdzić, iż w ustalonym stanie faktycznym sprawy infrastruktura kolejowa podatnika spełnia przesłanki objęcia jej zwolnieniem wynikającym z treści art. 7 ust. 1 pkt 1c tejże ustawy.

W uzasadnieniu skargi spółka podniosła, iż regulacja zawarta w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. b tiret drugie u.p.o.l. stanowiąca samoistną podstawę zwolnienia odsyła podatnika do regulacji ustawy o transporcie kolejowym jedynie w ścisłym i jasno określonym zakresie tj. w zakresie rozumienia pojęcia "infrastruktura nieczynna", które wyjaśnione zostało w art. 4 pkt 1b tej ustawy. Ustawa o podatkach i opłatach lokalnych mówi więc wprost, iż ze zwolnienia podatkowego korzysta podatnik w odniesieniu do infrastruktury kolejowej nieczynnej, a więc infrastruktury, na której zarządca tej infrastruktury nie dopuścił ruchu kolejowego. Ustawodawca fakt uzyskania zwolnienia podatkowego uzależnia więc od okoliczności faktycznej polegającej na niedopuszczeniu ruchu kolejowego, nie zaś od okoliczności formalno-prawnej polegającej na wpisaniu danej infrastruktury do statutu jako infrastruktury nieczynnej. Obowiązek taki bezsprzecznie spoczywa na zarządcy takiej infrastruktury jako podmiocie realizującym zadania opisane regulacją ustawy o transporcie kolejowym, okoliczność ta nie ma jednak związku z prawami i obowiązkami tego samego podmiotu jako podatnika na gruncie ustawy o podatkach i opłatach lokalnych,

Zdaniem skarżącej powyższe okoliczności świadczą więc jednoznacznie o tym, iż wydając zaskarżoną decyzję organ dopuścił się naruszenia normy art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. b tiret drugie u.p.o.l. poprzez jego nieprawidłową wykładnię polegającą na bezzasadnym przyjęciu, iż rozumienie pojęcia "infrastruktura nieczynna" winno być ustalane nie tylko w odniesieniu do regulacji art. 4 pkt. 1b u.t.k. — o czym wprost mówi wzmiankowany przepis ustawy o podatkach i opłatach lokalnych - ale także w odniesieniu do dalszych regulacji u.t.k., w tym w odniesieniu do treści art. 5 ust. 2a tej ustawy. W konsekwencji organ bezzasadnie przyjął, iż warunkiem uzyskania zwolnienia podatkowego jest nie tylko nie dopuszczenie przez podatnika ruchu kolejowego na infrastrukturze kolejowej, ale także umieszczenie w statucie sieci kolejowej wzmianki na ten temat, co ewidentnie wykracza poza przesłanki wskazane w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. b tiret u.p.o.l. pozostaje bez związku z możliwością uzyskania zwolnienia podatkowego.

W przekonaniu skarżącej organ zupełnie bezpodstawnie i wbrew oczywistej treści regulacji art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. b tiret drugie u.p.o.l. w związku z art. 4 pkt 1 oraz art. 4 pkt 1c u.t.k., uznaje, iż zwolnienie wynikające z treści przedmiotowej normy ustawy podatkowej, ze względu na bezpośrednie odwołanie do pojęcia infrastruktury kolejowej wskazanego w regulacji art. 4 pkt 1 u.t.k. nie ma zastosowania do infrastruktury kolejowej prywatnej, o której mowa w art. 4 pkt 1c tejże ustawy. Organ podatkowy nie zważa przy tym na oczywisty fakt, iż wzajemna relacji między normą art. 4 pkt 1 i art. 4 pkt 1c u.t.k., nie jest relacją wykluczająca się. Organ podatkowy w nieuprawniony sposób twierdzi, iż infrastruktura może być albo "kolejowa" albo "prywatna", podczas gdy jest zupełnie inaczej. Infrastruktura prywatna zdefiniowana została bowiem jako "infrastruktura kolejowa wykorzystywana wyłącznie do realizacji własnych potrzeb jej właściciela lub jej zarządcy innych niż przewóz osób" (art. 4 pkt 1c u.t.k.). Z przepisu tego wynika wprost, iż na gruncie u.t.k., infrastruktura prywatna jest infrastrukturą kolejową wykorzystywaną w określony sposób, ale nią jest. Nie można zatem powiedzieć, że infrastruktura prywatna nie jest infrastrukturą kolejową, bo byłoby to sprzeczna z treścią art. 4 pkt 1c u.t.k. W konsekwencji infrastruktura prywatna jako infrastruktura kolejowa w rozumieniu przedmiotowych przepisów ustawy o transporcie kolejowym jest infrastrukturą, o której mowa w art. 4 pkt 1 u.t.k. i jako taka korzysta ze zwolnienia, o którym mowa w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. b tiret drugie u.p.o.l. Wniosek taki wypływa wprost z literalnej wykładni treści przedmiotowych przepisów, zaś ich odmienna interpretacja musiałaby prowadzić do wykładni contra legem.

Należy zauważyć, iż w toku rozpatrywanej sprawy już organ pierwszej instancji odwołała się co prawda do szczątkowych w tym zakresie wypowiedzi judykatury, jednak szczegółowa analiza chociażby treści przywoływanego wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Gdańsku z dnia 23 lipca 2025 r. (sygn. akt I SA/Gd 79/23) prowadzi do wniosku, iż Sąd w przywoływanym orzeczeniu nie wypowiada się w przedmiocie pojęć zawartych w u.t.k., lecz w przedmiocie pojęć wynikających z Dyrektywy 2012/34/UE i dla tej regulacji prawnej formułuje twierdzenie, iż " (...) z definicji infrastruktury kolejowej zawartej w dyrektywie 2012/34/UE wynika, że prywatne linie kolejowe i bocznice (...) nie są częścią infrastruktury kolejowej." Wypowiedź ta dotyczy jednak — podkreślmy to stanowczo — treści dyrektywy, a nie ustawy o transporcie kolejowym, do której wprost odnosi się zwolnienie, o którym mowa w art. 7 u.t.k. Innymi słowy: okoliczność, iż w prawie unijnym pojęcia "infrastruktury kolejowej" i "infrastruktury prywatnej" (być może) pozostają rozłączne, jest bez znaczenia dla polskiej normy podatkowej odowłującej w tym zakresie do u.t.k., gdzie pojęcia ten rozłączne nie są.

W skardze zauważono, że już względem decyzji organu pierwszej instancji z dnia 3 listopada 2025 r., na gruncie uprzedniej decyzji SKO z dnia 26 maja 2025 r. sformułowano zarzut naruszenia art. 233 § 2 zd. 2 o.p., poprzez jego niezastosowanie polegające na niepodjęciu działań zmierzających do dokładnego wyjaśnienia stanu faktycznego niniejszej sprawy tj. ustalenia powierzchni gruntów, na których znajduje się infrastruktura nieczynna zajętych wyłącznie do wykonywania określonych zadań zarządy infrastruktury lub świadczenia usług przez operatora obiektu infrastruktury usługowej, mimo iż SKO wskazało taką potrzebę w wydanej w sprawie decyzji z dnia 26 maja 2025r. i zobowiązało organ pierwszej instancji do przeprowadzenia oględzin, względnie powołania biegłego, który ustali tę powierzchnię, co skutkowało nieustaleniem powierzchni gruntów objętych zwolnieniem, do którego według ustalonego stanowiska SKO wyrażonego w decyzji z dnia 26 maja 2025 r. podatnik co do zasady prawo ma.

W ocenie skarżącej treść zaskarżanej decyzji pozostaje więc w ewidentnej sprzeczności z uprzednią oceną prawną SKO, co dodatkowo skutkuje zarzutem niedokładnego wyjaśnienia stanu faktycznego, a przez to naruszenia art. 122 o.p. w zw. art. 233 § 2 o.p.

W odpowiedzi na skargę organ wniósł o jej oddalenie podtrzymując dotychczasowe stanowisko w sprawie.

Wojewódzki Sąd Administracyjny zważył, co następuje

Skarga okazała się zasadna.

Kontrola aktów lub czynności z zakresu administracji publicznej dokonywana jest przez sąd administracyjny pod względem ich zgodności z prawem materialnym i przepisami procesowymi, nie zaś według kryteriów słuszności. Oznacza to, że kontrola ta sprowadza się do badania, czy organ administracji wydając zaskarżony akt nie naruszył prawa. W wyniku takiej kontroli decyzja lub postanowienie mogą zostać uchylone w razie stwierdzenia, że naruszono przepisy prawa materialnego w stopniu mającym wpływ na wynik sprawy lub doszło do takiego naruszenia przepisów prawa procesowego, które mogłoby w istotny sposób wpłynąć na wynik sprawy, ewentualnie w razie wystąpienia okoliczności naruszających prawo i przez to mogących być podstawą wznowienia postępowania (art. 145 § 1 pkt 1 lit. a-c ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. - Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (tekst jedn. Dz. U. z 2026 r., poz. 143 ze zm., dalej: p.p.s.a.) lub też wystąpiło naruszenie prawa będące podstawą stwierdzenia jej nieważności (art. 145 § 1 pkt 2 p.p.s.a.).

Stosownie zaś do treści art. 134 p.p.s.a. sąd rozstrzyga w granicach danej sprawy, nie będąc jednak związany zarzutami i wnioskami skargi oraz powołaną podstawą prawną. Sąd nie może przy tym wydać orzeczenia na niekorzyść strony skarżącej, chyba że dopatrzy się naruszenia prawa skutkującego stwierdzeniem nieważności zaskarżonego aktu lub czynności.

Istotą sporu w rozpoznanej sprawie pozostaje zakres zwolnienia z art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. b tiret drugie u.p.o.l. Według organu powyższym zwolnieniem objęta jest wyłącznie infrastruktura kolejowa w rozumieniu art. 4 pkt 1 u.t.k., natomiast infrastruktura prywatna, zgodnie z art. 4 pkt 1c u.t.k. została wprost wyłączona z preferencji podatkowych. W ocenie organu spółka nie wykazała, aby sporny w sprawie odcinek infrastruktury miał status "nieczynny" w rozumieniu u.t.k. z uwagi na brak decyzji zarządcy w trybie działu 6 i 6b u.t.k. Organ wskazał, iż w sprawie brak jest ponadto dokumentacji przewidzianej w/w ustawą. Jak podkreślił organ, skarżąca sama potwierdziła w Regulaminie pracy bocznicy, że bocznica jest infrastrukturą prywatną, co z góry wyłącza możliwość zwolnienia.

Odmiennego zdania jest skarżąca, która stwierdziła, iż infrastruktura prywatna jako infrastruktura kolejowa jest infrastrukturą, o której mowa w art. 4 pkt 1 u.t.k. i jako taka korzysta ze zwolnienia, o którym mowa w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. b tiret drugie u.p.o.l. Skarżąca za błędne uznała przekonanie organu, iż warunkiem uzyskania zwolnienia podatkowego jest nie tylko nie dopuszczenie przez podatnika ruchu kolejowego na infrastrukturze kolejowej, ale także umieszczenie w statucie sieci kolejowej wzmianki na ten temat, co ewidentnie wykracza poza przesłanki wskazane w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. b tiret u.p.o.l. pozostając bez związku z możliwością uzyskania zwolnienia podatkowego.

Rację w sporze należało przyznać skarżącej.

Wskazać należy, iż stosownie do postanowień art. 7 ust. 1 pkt 1 u.p.o.l. w brzmieniu obowiązującym od 1 stycznia 2022r. zwalnia się od podatku od nieruchomości grunty, budynki i budowle wchodzące w skład infrastruktury kolejowej w rozumieniu art. 4 pkt 1 u.t.k. lub obiektu infrastruktury usługowej w rozumieniu art. 4 pkt 51 tej ustawy, w części zajętej wyłącznie do wykonywania zadań zarządcy infrastruktury, o których mowa w art. 5 ust. 1 tej ustawy, lub świadczenia usług przez operatora obiektu infrastruktury usługowej, o których mowa w ust. 2 i 3 załącznika nr 2 do tej ustawy, jeżeli:

a) ta infrastruktura kolejowa lub ten obiekt infrastruktury usługowej są:

- udostępniane przewoźnikom kolejowym w rozumieniu art. 4 pkt 9 ustawy z dnia 28 marca 2003 r. o transporcie kolejowym zgodnie z przepisami rozdziałów 6-6b tej ustawy lub

- wykorzystywane do przewozu osób, lub

b) ta infrastruktura kolejowa:

- tworzy linie kolejowe o szerokości torów większej niż 1435 mm lub

- stanowi infrastrukturę nieczynna w rozumieniu art. 4 pkt 1b ustawy z dnia 28 marca 2003 r. o transporcie kolejowym

W konsekwencji zwolnienie, o którym mowa w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. b triet drugie u.p.o.l., zakłada preferencje podatkowe po łącznym spełnieniu następujących warunków:

1) grunty, budynki i budowle muszą wchodzić w skład infrastruktury klejowej w rozumieniu art. 4 pkt 1 u.t.k. lub obiektu infrastruktury usługowej w rozumieniu art. 4 pkt 51 tej ustawy;

2) obejmuje ono grunty, budynki i budowle w części zajętej wyłącznie do wykonywania zadań zarządcy infrastruktury, o których mowa w art. 5 ust. 1 tej ustawy, lub świadczenia usług przez operatora obiektu infrastruktury usługowej, o których mowa w ust. 2 i 3 załącznika nr 2 do tej ustawy;

3) pod warunkiem, że ta infrastruktura kolejowa stanowi infrastrukturę nieczynną w rozumieniu art. 4 pkt 1b u.t.k.

Należy w tym miejscu zacytować wyrok NSA z dnia 26 października 2021r. sygn. akt II FSK 979/21, w którym stwierdzono, iż zgodnie z zasadą pierwszeństwa wykładni językowej w procesie wykładni prawa, należy w pierwszej kolejności zastosować dyrektywy wykładni językowej, a dopiero w przypadku dalszych wątpliwości lub w celu wzmocnienia wyniku wykładni językowej, sięgać kolejno po wykładnię systemową lub funkcjonalną. Ustawa jest tekstem zapisanym w języku polskim i każdy podatnik może poznać treść prawa podatkowego w oparciu o reguły językowe. W prawie podatkowym pogląd ten znajduje swoje oparcie w art. 217 Konstytucji RP, w myśl którego nakładanie podatków, innych danin publicznych, określanie podmiotów, przedmiotów opodatkowania i stawek podatkowych, a także zasad przyznawania ulg i umorzeń oraz kategorii podmiotów zwolnionych od podatków następuje w drodze ustawy. Ustawa jest tekstem zapisanym w języku polskim i każdy podatnik może poznać treść prawa podatkowego w oparciu o reguły językowe. Powyższa norma konstytucyjna nie oznacza tylko obowiązku uregulowania tych kwestii w ustawie. Zgodnie z zasadą określoności, powyższe elementy powinny być uregulowane w akcie rangi ustawowej w sposób precyzyjny, przejrzysty i jasny. Z zasady demokratycznego państwa prawnego wynika, że każda regulacja prawna ingerująca w prawa i wolności obywatelskie musi spełniać wymóg dostatecznej określoności. Należy przez to rozumieć precyzyjne wyznaczenie dopuszczalnego zakresu ingerencji (zob. wyrok Trybunału Konstytucyjnego z dnia 19 czerwca 1992 r., sygn. akt U 6/92 - OTK 1992, nr 1, poz. 13). Adresat normy prawnej musi wiedzieć, w jaki sposób ma się zachować, a nakaz określoności jest szczególnie istotny w prawie daniowym (por. wyrok Trybunału Konstytucyjnego z dnia 29 marca 1994 r., sygn. akt K 13/93 - OTK 1994, nr 1, poz. 6). W pierwszej kolejności w procesie wykładni należy zatem sięgać po te dyrektywy wykładni, które są wspólne dla adresatów norm prawa podatkowego i instytucji stosujących prawo. Dopiero, gdy nie można usunąć wątpliwości co do treści normy prawa podatkowego przy pomocy wykładni językowej, należy stosować dalsze dyrektywy wykładni, tak, aby było możliwe stosowanie prawa (por. np. wyroki NSA: z dnia 5 listopada 2009 r., sygn. akt II FSK 2194/08; z dnia 2 marca 2010 r., sygn. akt II FSK 35/10 - publ. CBOSA). Ponadto, wykładnia systemowa i funkcjonalna (celowościowa) służą wzmocnieniu i skontrolowaniu prawidłowości wyniku wykładni językowej. W judykaturze podkreśla się, że punktem wyjścia w procesie wykładni jest zawsze warstwa językowa interpretowanego przepisu prawa, ponieważ wykorzystanie reguł budowy zdań oraz znaczenie poszczególnych wyrazów czy zwrotów, a w konsekwencji zastosowanie reguł semantyki i syntaktyki, pozwala na ustalenie w pewnym stopniu znaczenia tekstu prawnego (por. np. wyrok NSA z dnia 28 listopada 2012 r., sygn. akt II FSK 699/11 - publ. CBOSA).

Zauważyć przyjdzie, iż art. 7 ust. 1 pkt 1 u.p.o.l. odwołując się do pojęcia infrastruktury kolejowej wskazuje na definicję tego wyrażenia zawartą w art. 4 pkt 1 u.t.k. Według treści tej ostatniej normy pod pojęciem infrastruktury kolejowej rozumie się elementy określone w załączniku nr 1 do u.t.k. (art. 4 pkt 1 u.t.k.). Zarówno z treści załącznika nr 1 do u.t.k. a także z samego brzmienia art. 4 pkt 1 u.t.k. nie wynika, aby norma ta włączała z pojęcia infrastruktury kolejowej infrastrukturę prywatną. Wręcz przeciwnie, z definicji infrastruktury prywatnej (art. 4 pkt 1c u.t.k.), do której odwołuje się organ wprost wynika, iż infrastruktura prywatna to infrastruktura kolejowa, która jest wykorzystywana wyłącznie do realizacji własnych potrzeb jej właściciela lub jej zarządcy innych niż przewóz osób. Mając na uwadze literalne brzmienie analizowanych norm należy dojść do wniosku, iż infrastruktura prywatna na gruncie art. 4 pkt 1c u.t.k. jest rodzajem infrastruktury kolejowej zdefiniowanej w art. 4 pkt 1 u.t.k. W konsekwencji wykładnia omawianych regulacji prowadzi do wniosku, iż zwolnienie z art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. b tiret drugie u.p.o.l. dotyczy infrastruktury kolejowej z uwagi na bezpośrednie odwołanie do art. 1 pkt 1 u.t.k. Przy czym częścią tej infrastruktury kolejowej jest infrastruktura prywatna.

Sąd stwierdza, iż ustawodawca podatkowy posługując się w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. b u.p.o.l. pojęciem infrastruktura nieczynna, odwołuje się wyłącznie do definicji tego wyrażenia zawartej w art. 4 pkt 1b u.t.k. Norma ta stanowi, iż określenie infrastruktura nieczynna to infrastruktura kolejowa, na której zarządca infrastruktury nie dopuścił ruchu kolejowego. Zatem, aby odkodować pojęcie infrastruktura nieczynna z art. 4 pkt 1b u.t.k. do którego to pojęcia odwołuje się art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. b tiret drugie u.p.o.l., nie jest uprawnione posługiwanie się normą art. 5 ust. 2c u.t.k. Taki zabieg pozostaje poza zakresie obowiązywania art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. b tiret drugie u.p.o.l., który nie powołuje w swej treści art. 4 pkt 1b u.t.k. W rezultacie błędne jest stanowisko organu zgodnie, z którym warunkiem uzyskania spornego zwolnienia podatkowego jest nie tylko nie dopuszczenie przez spółkę ruchu kolejowego na infrastrukturze kolejowej, ale także umieszczenie w statucie sieci kolejowej wzmianki na ten temat. Wykładnia prezentowana przez organ wykracza poza przesłanki wskazane w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. b tiret drugie u.p.o.l. i jest sprzeczna z literalnym brzmieniem tej normy.

Co istotne, ustawodawca podatkowy konstruując zwolnienie z art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. b tiret drugie u.p.o.l. odwołuje się wyłącznie do ściśle wskazanych w tej normie przepisów u.t.k. Ustawodawca podatkowy odwołuje się do wybranych definicji zawartych w u.t.k. (art. 1 pkt 1, 1b u.t.k.) posługując się nimi na gruncie norm podatkowych. W szczególności akie precyzyjne odwołanie się do określonych norm u,t.k. powoduje, iż nie sposób w celu odkodowania pojęcia "infrastruktura kolejowa" odwoływać się do treści Dyrektywy 2012/34/UE.

Organ w ponownie prowadzonym postępowaniu uwzględni powyższą wykładnię prawa. Organ zobowiązany będzie do zweryfikowania czy spółka posiada infrastrukturę nieczynną w rozumieniu art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. b triet drugie u.p.o.l, zważając, że przepis ten uzależnia uzyskanie zwolnienia od okoliczności faktycznej polegającej na niedopuszczeniu ruchu kolejowego. Organ uwzględni przy tym, iż art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. b tiret drugie u.p.o. l. odsyła wyłącznie do art. 4 pkt 1b u.t.k.

Organ podejmie stosowne działania zmierzające do ustalenia powierzchni gruntów, na których znajduje się infrastruktura nieczynna, zajętych wyłącznie do wykonywania określonych zadań zarządcy infrastruktury lub świadczenia usług przez operatora obiektu infrastruktury usługowej. W tym celu organ zgromadzi wyczerpujący materiał dowodowy, przeprowadzi oględziny, względnie powoła biegłego, który ustali tę powierzchnię.

W konsekwencji organ naruszył art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. b tiret drugie u.p.o.l. w zw. z art. 4 pkt 1 i 1c u.t.k. w zw. z art. 180 § 1 o.p., art. 122 o.p.

Przy ponownym rozpatrzeniu sprawy organ podatkowy będzie związany wykładnią zaprezentowaną w niniejszym uzasadnieniu.

O kosztach postępowania Sąd orzekł na podstawie art. 200 p.p.s.a. zasądzając od organu na rzecz skarżącego kwotę obejmującą uiszczony wpis sądowy (1755 zł), kwotę 17 zł tytułem opłaty skarbowej od pełnomocnictwa oraz kwotę 5400 zł na podstawie § 14 ust. 1 lit. a w zw. z § 2 pkt 6 rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z dnia 22 października 2015r. w sprawie opłat za czynności adwokackie (t.j. Dz. U. z 2023r., poz. 1964).