Sąd oddalił skargę A. S. na uchylenie decyzji o VAT za okres od września 2015 do stycznia 2016

1. Zaskarżoną decyzją z dnia 11 lutego 2026 r., nr [...], Dyrektor Izby Administracji Skarbowej uchylił decyzję Naczelnika Urzędu Skarbowego w S. z dnia 21 lipca 2020 r., nr [...], określającą A. S. (dalej jako: "strona", "skarżąca" lub "podatniczka") podatek od towarów i usług za okres od września 2015 r. do stycznia 2016 r. oraz przekazał sprawę do ponownego rozpatrzenia temu organowi.

1.1. Z akt sprawy wynika, że w wyniku kontroli podatkowej organ I instancji stwierdził, że podatniczka, prowadząca działalność gospodarczą pod firmą "[...]" A. S., we wrześniu 2015 r. zawyżyła podatek naliczony z tytułu nabycia niezabudowanej nieruchomości w L. przez zawyżenie ceny zakupu; w październiku 2015 r. zawyżyła podatek naliczony z tytułu nabycia samochodu marki [...], ponieważ uznano, że była to transakcja fikcyjna; w listopadzie 2015 r. zawyżyła podatek naliczony z tytułu nabycia nieruchomości położonych w R. przez zawyżenie ceny zakupu oraz niewykazanie otrzymanej zaliczki z tytułu sprzedaży nieruchomości w P.; w grudniu 2015 r. zawyżyła podatek naliczony z tytułu nabycia usług i materiałów budowlanych, ponieważ część usług i materiałów nie została dostarczona; w styczniu 2016 r. ujęła w deklaracji całą kwotę z tytułu sprzedaży nieruchomości w P., mimo, że w miesiącu listopadzie otrzymała zadatek z tego tytułu. Ustalenia kontroli zostały udokumentowane protokołem, do którego strona wniosła zastrzeżenia i wyjaśnienia, załączając operat szacunkowy nieruchomości. W dniu 16 sierpnia 2016 r. skarżąca złożyła korekty deklaracji VAT-7 za miesiące od września 2015 r. do stycznia 2016 r., które uznano jako zgodne z ustaleniami dokonanymi w kontroli podatkowej. Następnie organ I instancji decyzją z dnia 9 września 2016 r. umorzył postępowanie jako bezprzedmiotowe. Po rozpatrzeniu odwołania organ II instancji decyzją z dnia 20 stycznia 2017 r. uchylił w całości rozstrzygnięcie organu I instancji i przekazał mu sprawę do ponownego rozpatrzenia.

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Poznaniu postanowieniem z dnia 10 maja 2017 r., o sygn. akt I SA/Po 418/17, z uwagi na braki formalne odrzucił skargę strony na powyższą decyzję z dnia 20 stycznia 2017 r., a Naczelny Sąd Administracyjny postanowieniem z dnia 17 maja 2018 r., o sygn. akt I FZ 29/18, oddalił zażalenie na powyższe postanowienie WSA w Poznaniu (treść powołanych orzeczeń dostępna jest w Centralnej Bazie Orzeczeń Sądów Administracyjnych, pod adresem: publ. CBOSA).

1.2. Po ponownym rozpatrzeniu sprawy, organ I instancji decyzją z dnia 21 lipca 2020 r. określił stronie kwotę nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do przeniesienia na następny okres rozliczeniowy za wrzesień 2015 r. w kwocie 236 zł, październik 2015 r. - w kwocie 246 zł, listopad 2015 r. - w kwocie 59 150 zł oraz za grudzień 2015 r kwotę do zwrotu na rachunek bankowy w kwocie 93 894 zł oraz podatek do zapłaty, o którym mowa w art. 108 ust. 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. z 2011 r., nr 177, poz. 1054 ze zm. - dalej w skrócie: "u.p.t.u."), z tytułu wystawienia faktury sprzedaży za grudzień 2015 r., w kwocie 27 862 zł i umorzył postępowanie podatkowe w sprawie podatku od towarów i usług za styczeń 2016 r. W motywach rozstrzygnięcia organ I instancji opisał, które z zakwestionowanych uprzednio transakcji w rzeczywistości nie miały miejsca (tj.: transakcja sprzedaży samochodu marki [...], a następnie zakupu tego samego samochodu marki [...] oraz transakcja nabycia usług prac budowlanych od R. sp. z o.o.) oraz opisał transakcje dokonane dla pozoru, dla osiągnięcia korzyści podatkowej w postaci prawa do obniżenia podatku należnego o podatek naliczony (tj.: transakcja zakupu nieruchomości w L. od R sp. z o.o. i transakcja zakupu działek w R. od R. sp. z o.o.).

W odwołaniu od powyższej decyzji strona zarzuciła naruszenie art. 120, art. 122, art. 138 § 1 i § 2, art. 165b § 1 i § 2, art. 180 § 1, art. 187 § 1, art. 188, art. 191, art. 192, art. 193 § 1 - § 8 art. 194 § 1 i § 3, art. 200 § 1 i art. 240 § 1 pkt 4 oraz art. 247 § 1 pkt 3 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2020 r., poz. 1325 - dalej w skrócie: "o.p."), a także art. 86 ust. 1 i 2 pkt 2 lit. a), art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a), art. 108 u.p.t.u. oraz art. 168 Dyrektywy 2006/112/WE, wnosząc o uchylenie decyzji organu I instancji i umorzenie postępowania, ewentualnie przekazanie sprawy do ponownego rozpatrzenia. W odwołaniu zawarto wniosek o przesłuchanie kilkunastu świadków.

Dyrektor IAS decyzją z dnia 23 lipca 2021 r., po rozpatrzeniu powyższego odwołania, uchylił powyższą decyzję z dnia 21 lipca 2020 r. i przekazał sprawę do ponownego rozpatrzenia organowi I instancji.

1.3. Wyrokiem z dnia 6 maja 2022 r., o sygn. akt I SA/Po 791/21, WSA w Poznaniu uchylił powyższą decyzję i w pierwszej kolejności zweryfikował ustalenia organu odwoławczego dotyczące przyczyn zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązania objętego zaskarżoną decyzją. Sąd I instancji wyjaśnił, że Dyrektor IAS uprawnienie do orzekania co do istoty sprawy oparł na zawiadomieniu skarżącej przez organ I instancji pismem z dnia 8 marca 2019 r., na podstawie przepisów art. 70c i art. 70 § 6 pkt 1 o.p., informującym o zawieszeniu biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego w podatku od towarów i usług za miesiące od września 2015 r. do stycznia 2016 r., z uwagi na wszczęcie w dniu 20 września 2016 r. przez Prokuraturę Rejonową w S. postępowania przygotowawczego, przejętego przez Prokuraturę Okręgową w P. w sprawie o przestępstwo skarbowe, w której podejrzenie popełnienia przestępstwa skarbowego wiąże się z niewykonaniem przedmiotowego zobowiązania podatkowego. Treść opisanego zawiadomienia uznano za niebudzącą zastrzeżeń, gdyż wynika z niego jakiego zobowiązania dotyczy i informuje o zawieszeniu biegu terminu przedawnienia z dniem 20 września 2016 r., odwołując się do prowadzonego przez Prokuraturę Rejonową w S. postępowania przygotowawczego, przejętego przez Prokuraturę Okręgową w P. w sprawie o przestępstwo skarbowe, "w której podejrzenie popełnienia przestępstwa skarbowego wiąże się z niewykonaniem powyższego zobowiązania podatkowego". Powyższe zawiadomienie zostało skutecznie doręczone stronie (do rąk jej pełnomocnika) przed upływem terminu przedawnienia zobowiązań podatkowych, których ono dotyczy. Jednakże Sąd sformułował zastrzeżenia co do możliwości skutecznego zawieszenia biegu terminu przedawnienia, w sytuacji gdy postanowienie o wszczęciu śledztwa z dnia 20 września 2016 r. dotyczy okresu od stycznia 2014 r. do 30 września 2015 r., co oznacza, że obejmuje tylko pierwszy miesiąc kontrolowanego postępowania podatkowego. Zdaniem Sądu I instancji, brak jest podstaw do przyjęcia, że opisane powyżej postanowienie o wszczęciu śledztwa z dnia 20 września 2016 r. dotyczy kontrolowanego postępowania podatkowego. Stwierdzono wprost, że nie jest bowiem ono w żaden sposób powiązane z zobowiązaniami skarżącej objętymi zaskarżoną decyzją, gdyż dotyczy innego okresu i podmiotu, który ze skarżącą w okresie od września 2015 r. do stycznia 2016 r. żadnych transakcji nie dokonywał. W ocenie Sądu nie można zatem przyjąć, iż wskazanie w zawiadomieniu wydanym, w trybie art. 70c o.p., o jakie zobowiązania chodzi oraz, że jego skuteczne doręczenie przesądza, iż spełnione zostały przesłanki zawieszenia biegu terminu przedawnienia przewidziane w art. 70 § 6 pkt 1 o.p. Natomiast, odnosząc się do kwestii rozszerzenia prowadzonego postępowania, co skutkowało wydaniem przez prokuratora Prokuratury Rejonowej P. w P. z dnia 17 maja 2019 r. postanowienia, którym skarżącej w dniu 28 maja 2019 r. zostały przedstawione trzy zarzuty, z których jeden dotyczy objętego kontrolowanym postępowaniem zobowiązania, Sąd stwierdził, że nie można uznać, iż to postanowienie zawieszało biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego z dniem 20 września 2016 r. W aktach administracyjnych brak jest zawiadomienia strony (lub jej pełnomocnika) o tym fakcie, tj. o zawieszeniu biegu terminu przedawnienia spornego zobowiązania podatkowego z dniem 28 maja 2019 r., zgodnie z art. 70 § 6 pkt 1 w zw. z art. 70c o.p. Sąd podkreślił, że z datą 17 maja 2019 r. nastąpiło zdarzenie mające wpływ na bieg terminu przedawnienia, jednak wywierałoby ono skutek zawieszenia biegu terminu przedawnienia, gdyby podatniczka był o nim zawiadomiony. Tymczasem w aktach administracyjnych przedłożonych Sądowi takiego zawiadomienia nie ma, gdyż jedynym zawiadomieniem jest pismo z dnia 8 marca 2019 r., które odnosi się wszczęcia śledztwa w dniu 20 września 2016 r. Wobec powyższego stwierdzono, że organ odwoławczy błędnie ustalił, że z dniem 20 września 2016 r. bieg terminu przedawnienia spornych zobowiązań podatkowych uległ zawieszeniu, na podstawie art. 70 § 6 pkt 1 o.p. W konkluzji Sąd zobowiązał Dyrektora IAS do zgromadzenia pełnego materiału dowodowego odnoszącego się do kwestii przedawnienia spornych zobowiązań podatkowych i dokonania jego oceny, uwzględniając przy tym ocenę prawną zawartą w niniejszym wyroku. Jednocześnie wskazał, że w przypadku stwierdzenia, iż doszło do przedawnienia któregokolwiek z zobowiązań podatkowych za miesiące od września 2015 r. do stycznia 2016 r., Dyrektor IAS zobowiązany będzie do uchylenia decyzji organu I instancji i umorzenia postępowania w tym zakresie.

1.4. Naczelny Sąd Administracyjny wyrokiem z dnia 3 września 2025 r., o sygn. akt I FSK 1239/22, oddalił skargi kasacyjne złożone przez stronę i Dyrektora IAS.

1.5. W związku z uprawomocnieniem się wyroku WSA w Poznaniu z dnia 6 maja 2022 r., o sygn. akt I SA/Po 791/21, po ponownym rozpatrzeniu odwołania z dnia 18 sierpnia 2020 r., organ II instancji powołaną na wstępie zaskarżoną obecnie decyzją z dnia 11 lutego 2026 r. uchylił w całości rozstrzygnięcie organu I instancji i przekazał sprawę do ponownego rozpatrzenia przez ten organ. W motywach zaskarżonej decyzji Dyrektor IAS wyjaśnił, że w badanej sprawie wystąpiły dwa przypadki zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązań strony za badane okresy z uwagi na wniesienie skarg do WSA w Poznaniu, a mianowicie:

1) w dniu 24 lutego 2017 r. wpłynęła do organu odwoławczego skarga strony na decyzję organu odwoławczego z dnia 20 stycznia 2017 r. Postanowieniem z dnia 10 maja 2017 r., o sygn. akt I SA/Po 418/17, WSA w Poznaniu odrzucił skargę. NSA postanowieniem z dnia 20 grudnia 2017 r., o sygn. akt I FZ 29/18 (organ błędnie powołał I FZ 341/17) oddalił zażalenie wniesione przez skarżącą na powyższe orzeczenie. W dniu 30 maja 2018 r. do organu wpłynęło prawomocne z dniem 17 maja 2018 r. postanowienie WSA w Poznaniu, o sygn. akt I SA/Po 418/17 wraz z aktami sprawy. Zatem bieg terminu przedawnienia, zgodnie art. 70 § 6 pkt 2 oraz art. 70 § 7 pkt 2 o.p. uległ zawieszeniu na okres od 24 lutego 2017 r. do 30 maja 2018 r. (460 dni). Po doliczeniu powyższych 460 dni zawieszających bieg terminu przedawnienia od ustawowego terminu przedawnienia, nowy termin przedawnienia zobowiązań w VAT w badanej sprawie przypadał na dzień:

- 6 kwietnia 2022 r. w przypadku zobowiązań za wrzesień, październik, listopad 2015 r. (ustawowy termin przedawnienia to 31 grudnia 2020 r., zatem nowy termin liczy się od dnia następnego, czyli 1 stycznia 2021 r. + 460 dni zawieszenia);

- 6 kwietnia 2023 r. w przypadku zobowiązań za grudzień 2015 r. i styczeń 2016 r. (ustawowy termin przedawnienia to 31 grudnia 2021 r., zatem nowy termin liczy się od dnia następnego, czyli 1 stycznia 2022 r. + 460 dni zawieszenia);

2) w dniu 3 września 2021 r. wpłynęła do Dyrektora IAS skarga strony na decyzję organu odwoławczego z dnia 23 lipca 2021 r. Wyrokiem z dnia 6 maja 2022 r., o sygn. akt I SA/Po 791/21, WSA w Poznaniu uchylił decyzje organu II instancji. NSA wyrokiem z dnia 3 września 2025 r., o sygn. akt I FSK 1239/22, oddalił skargi kasacyjne od powyższego orzeczenia i prawomocny wyrok WSA z dnia 6 maja 2022 r., o sygn. akt I SA/Po 791/21 wraz z aktami sprawy wpłynął do Dyrektora IAS w dniu 11 grudnia 2025 r. Przyjęto, że bieg terminu przedawnienia, zgodnie art. 70 § 6 pkt 2 oraz art. 70 § 7 pkt 2 o.p. uległ zawieszeniu na okres od 3 września 2021 r. do 11 grudnia 2025 r. (1560 dni). Po doliczeniu powyższych 1560 dni zawieszających bieg terminu przedawnienia od ustalonego (po pierwszym zawieszeniu) terminu przedawnienia, nowy termin przedawnienia zobowiązań w podatku VAT w badanej sprawie przypada na dzień:

- 15 lipca 2026 r. w przypadku zobowiązań za wrzesień, październik, listopad 2015 r. (ustalony termin przedawnienia to 6 kwietnia 2022 r., zatem nowy termin liczy się od dnia następnego czyli 7 kwietnia 2022 r. + 1560 dni zawieszenia),

- 15 lipca 2027 r. w przypadku zobowiązań za grudzień 2015 r. i styczeń 2016 r. (ustalony termin przedawnienia to 6 kwietnia 2023 r., zatem nowy termin liczy się od dnia następnego czyli 7 kwietnia 2023 r. + 1560 dni zawieszenia).

W oparciu o powyższe ustalenia przyjęto, że przedmiotowe zobowiązania strony za wrzesień, październik, listopad, grudzień 2015 r. i styczeń 2016 r. nie wygasły z powodu upływu ustawowego 5-letniego okresu przedawnienia, gdyż bieg terminu przedawnienia został zawieszony. W związku z powyższym na dzień wydania przedmiotowej decyzji organ odwoławczy był uprawniony orzekać za powyższe miesiące co do istoty sprawy.

Dyrektor IAS przechodząc do merytorycznej analizy sprawy, opisał stanowisko organu I instancji dotyczące zakwestionowanych transakcji wynikających z faktur zakupu otrzymanych przez stronę, iż nie uprawniają jej do dokonania obniżenia podatku należnego o podatek naliczony z nich wynikający. Zastrzeżono jednak, że organ I instancji co do transakcji zakupu i sprzedaży samochodu marki [...] nie dokonał wymaganych ustaleń dla stwierdzenia pozorności owych czynności prawnych i nie przywołał w tym zakresie stosownego przepisu u.p.t.u. Zobligowano organ I instancji, aby w oparciu o zebrany i oceniony materiał dowodowy wskazał, jakie fakty uznaje za ustalone, a następnie do tychże faktów zastosował właściwe przepisy u.p.t.u. Dodatkowo organ odwoławczy wskazał, że Naczelnik Urzędu Skarbowego w M. w decyzji wydanej dla spółki R. sp. z o.o., dokonując oceny dowodów w kwestii transakcji samochodu [...], wskazał, że przesłuchiwana w charakterze świadka strona zeznała, iż przystała na cenę spółki, nie zna się na wartości, a w zakupie pomagał jej [...] W. G.. Wobec powyższego przy ponownym rozpatrzeniu sprawy organ I instancji winien rozważyć przesłuchanie W. G., M. M., a także poddać ponownej ocenie zasadność przeprowadzenia wnioskowanych przez skarżącą dowodów o przesłuchanie w świadków D. S., J. K., P. W. oraz K. S. na okoliczność zakupu, sprzedaży i wykorzystywania samochodu osobowego marki [...] w działalności gospodarczej skarżącej. Z. także organowi I instancji odniesienie się do opinii rzeczoznawcy przedłożonej przez skarżącą jako dowodu na okoliczność zakupu nieruchomości po cenie rynkowej oraz dokonanie oceny aktów notarialnych zakupu spornych nieruchomości. Dyrektor IAS za zasadne stwierdził włączenie do niniejszego postępowania opinii biegłego sądowego, zleconej przez Prokuraturę Okręgową w P. na okoliczność ustalenia, czy prace budowlane w rzeczywistości zostały przeprowadzone na nieruchomościach w Przecławiu oraz poddanie jej ocenie łącznie z pozostałymi zgromadzonymi dowodami. Zdaniem organu odwoławczego, w ponownym postępowaniu organ pierwszoinstancyjny zobligowany jest do dokonania jednoznacznych ustaleń faktycznych w kwestiach powyżej wskazanych, a następnie do przedstawienia ich w decyzji.

2.1. W skardze do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Poznaniu strona, reprezentowana przez pełnomocnika, kwestionując opisaną powyżej decyzję z dnia 11 lutego 2026 r., wniosła o jej uchylenie w całości i umorzenie postępowania oraz zasądzenie na rzecz skarżącej kosztów postępowania sądowego. Zaskarżonej decyzji zarzucono naruszenie:

1) art. 165b § 1 i § 2 w zw. z art. 233 § 1 pkt 3 i § 2 i art. 235 w zw. z art. 208 § 1 o.p., poprzez brak umorzenia postępowania podatkowego, podczas gdy strona złożyła skuteczne korekty deklaracji w dniu 16 sierpnia 2016 r., w których uwzględniła wszystkie nieprawidłowości zaprezentowane w protokole kontroli, w szczególności w sposób w nim ustalony, a ponadto - z ostrożności - strona podnosi, iż nawet jeśli faktura nr [...] nie powinna był ujęta w deklaracjach VAT, to korekta deklaracji, która była na kwotę wyższą niż ustalenia kontrolujących, naturalnie musiała zawierać wszystkie ustalenia protokołu kontroli;

2) art. 70 § 1, art. 70 § 6 pkt 2 i art. 70 § 7 pkt 2 oraz art. 233 § 1 pkt 1 i pkt 3 i § 2, art. 235 w zw. z art. 208 § 1 o.p. oraz art. 58 § 3, art. 134 § 1 i art. 170 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2026 r., poz. 143 ze zm. - dalej w skrócie: "p.p.s.a."), poprzez uznanie iż w przedmiotowej sprawie nie doszło do przedawnienia zobowiązania podatkowego i w konsekwencji poprzez brak umorzenia postępowania podatkowego, podczas gdy sprawa sądowoadministracyjna, w której skarga została odrzucona nie powinna być brana pod uwagę, albowiem skarga nie została skutecznie wniesiona, co również wynika z wyroku WSA w Poznaniu z dnia 6 maja 2022 r., o sygn. I SA/Po 791/21 oraz wyroku NSA z dnia 3 września 2025 r., o sygn. I FSK 1239/22, w których stwierdzono, iż w aktach sprawy brak było przesłanek wskazujących na zawieszenie biegu terminu przedawnienia w ogóle.

W uzasadnieniu skargi pełnomocnik strony rozwinął i uargumentował powyższe zarzuty.

2.2. W odpowiedzi na skargę organ odwoławczy wniósł o jej oddalenie, podtrzymując dotychczasowe stanowisko i argumentację w sprawie.

2.3. Podczas rozprawy przed Wojewódzkim Sądem Administracyjnym w Poznaniu pełnomocnicy stron postępowania podtrzymali stanowiska i argumentację w sprawie.

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Poznaniu rozważył, co następuje:

3. Skarga nie zasługuje na uwzględnienie.

Stosownie do przepisu art. 3 § 1 p.p.s.a., sądy administracyjne sprawują kontrolę działalności administracji publicznej i stosują środki określone w ustawie. Oznacza to, iż Sąd bada legalność zaskarżonego aktu, tj. jego zgodność z prawem materialnym określającym prawa i obowiązki stron oraz prawem procesowym regulującym postępowanie przed organami administracji publicznej. Sąd rozpoznający sprawę nie może zmienić zaskarżonego aktu, a jedynie uwzględniając skargę może go uchylić, stwierdzić jego nieważność lub niezgodność z prawem, a może to uczynić, stosownie do unormowania zawartego w art. 145 § 1 p.p.s.a., jeśli stwierdzi naruszenie prawa materialnego, które miało wpływ na wynik sprawy; naruszenie prawa dające podstawę do wznowienia postępowania administracyjnego; inne naruszenie przepisów postępowania, jeśli mogło ono mieć istotny wpływ na wynik sprawy. W przypadku zaś, gdy nie zachodzą powyższe okoliczności wskazane w przepisie art. 145 § 1, skarga na podstawie art. 151 p.p.s.a. podlega oddaleniu. Należy również zaznaczyć, że zgodnie z przepisem art. 134 § 1 p.p.s.a., sąd nie jest związany zarzutami i wnioskami skargi oraz powołaną podstawą prawną. Rozpoznając w tak zakreślonej kognicji niniejszą skargę, Sąd nie stwierdził naruszenia prawa, które skutkowało koniecznością wyeliminowania z obrotu prawnego zaskarżonego rozstrzygnięcia.

3.1. Przedmiotem kontroli sądowej jest decyzja kasatoryjna, wydana na podstawie art. 233 § 2 o.p., w której organ odwoławczy uznał, że dla prawidłowości rozstrzygnięcia w przedmiocie podatku od towarów i usług za okres od września 2015 r. do stycznia 2016 r. niezbędne jest podjęcie przez organ I instancji działań w zakresie uzupełnienia materiału dowodowego, przeprowadzenia jego oceny, co pozwoli ustalić faktyczny przebieg zdarzeń w sprawie i zastosować odpowiednie przepisy prawa podatkowego. Jednocześnie organ odwoławczy, powołując się na okoliczność zawieszenia biegu terminu przedawnienia, wskazany w art. 70 § 6 pkt 2 o.p. przyjął, że zobowiązania w podatku od towarów i usług za wrzesień, październik, listopad, grudzień 2015 r., styczeń 2016 r. nie uległy przedawnieniu.

Oceniając zgodność z prawem zaskarżonej decyzji, Sąd zauważa, że jest ona wynikiem ponownego rozpoznania sprawy, która była już przedmiotem kontroli sądowej w wyrokach WSA w Poznaniu z dnia 6 maja 2022 r., o sygn. I SA/Po 791/21 oraz NSA z dnia 3 września 2025 r., o sygn. I FSK 1239/22. Wobec powyższego w sprawie zastosowanie znajdzie regulacja zawarta w art. 153 p.p.s.a., która stanowi, że ocena prawna wyrażona w orzeczeniu sądu wiąże w tej sprawie ten sąd oraz organ, którego działanie było przedmiotem zaskarżenia. W orzecznictwie tak wojewódzkich sądów administracyjnych, jak i Naczelnego Sądu Administracyjnego ugruntowany jest pogląd o związaniu organu administracji i sądu ponownie rozpoznającego sprawę oceną prawną i wskazaniami zawartymi w uzasadnieniu wcześniejszego wyroku. Związanie oceną prawną, o której mowa w art. 153 p.p.s.a., oznacza, że ani organ administracji ani sąd administracyjny nie mogą w tej samej sprawie formułować nowych ocen prawnych, które pozostawałyby w sprzeczności z poglądem wcześniej wyrażonym w uzasadnieniu wyroku i mają obowiązek podporządkowania się mu w pełnym zakresie. Pomimo użycia w art. 153 p.p.s.a. określenia "orzeczenie" chodzi w nim nie o sentencję, lecz o uzasadnienie. Ocena prawna rozstrzygnięcia wiąże się bowiem w pierwszym rzędzie z wykładnią prawa, a ta może mieścić się jedynie w uzasadnieniu wyroku (por. wyrok NSA z dnia 15 stycznia 1998 r., o sygn. akt II SA 1560/97 niepubl.). Ocena prawna, o której stanowi analizowany przepis, może dotyczyć zarówno samej wykładni prawa materialnego i procesowego, jak i braku wyjaśnienia w kontrolowanym postępowaniu administracyjnym istotnych okoliczności stanu faktycznego.

Uwzględniając powyższe Sąd zauważa, że organ odwoławczy ponownie rozpoznając sprawę został zobowiązany w wyroku WSA w Poznaniu z dnia 6 maja 2022 r., o sygn. I SA/Po 791/21, zaaprobowanym przez NSA w orzeczeniu z dnia 3 września 2025 r., o sygn. I FSK 1239/22, "do zgromadzenia pełnego materiału dowodowego odnoszącego się do kwestii przedawnienia spornych zobowiązań podatkowych i dokonania jego oceny, uwzględniając przy tym ocenę prawną zawartą w niniejszym wyroku". Co istotne dopiero "w przypadku stwierdzenia, że doszło do przedawnienia któregokolwiek z zobowiązań podatkowych za miesiące od września 2015 r. do stycznia 2016 r., Dyrektor IAS zobowiązany będzie do uchylenia decyzji organu pierwszej instancji i umorzenia postępowania w tym zakresie". Mając na uwadze powyższe Sąd stwierdza, że organ odwoławczy prawidłowo wywiązał się z realizacji wskazanych wytycznych i przeprowadził wnikliwą analizę przesłanek, mających wpływ na bieg terminu przedawnienia oraz jednoznacznie wypowiedział się w zakresie przedawnienia spornych zobowiązań podatkowych. Wbrew stanowisku zawartemu w skardze okoliczność, że przedstawione w zaskarżonej decyzji przesłanki zawieszenia biegu terminu przedawnienia zostały oparte na innym przepisie (art. 70 § 6 pkt 2 o.p.) niż dotychczas (art. 70 § 6 pkt 1 o.p.), co nie odpowiada oczekiwaniu skarżącej, nie oznacza ich wadliwości.

3.2. Stosownie do przepisu art. 70 § 1 o.p. zobowiązanie podatkowe przedawnia się z upływem 5 lat, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności. Zatem, co do zasady, zobowiązanie w podatku od towarów i usług za wrzesień, październik, listopad 2015 r. przedawniało się z upływem 31 grudnia 2020 r., a za miesiąc grudzień 2015 r. i styczeń 2016 r. przedawniało się z upływem 31 grudnia 2021 r., o ile nie zaistniały przesłanki mające wpływ na bieg terminu przedawnienia powodujące jego zawieszenie bądź przerwanie. Zgodnie z art. 70 § 6 pkt 2 o.p. bieg terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego nie rozpoczyna się, a rozpoczęty ulega zawieszeniu, z dniem wniesienia skargi do sądu administracyjnego na decyzję dotyczącą tego zobowiązania. Z kolei w myśl art. 70 § 7 pkt 2 o.p. bieg terminu przedawnienia rozpoczyna się, a po zawieszeniu biegnie dalej, od dnia następującego po dniu doręczenia organowi podatkowemu odpisu orzeczenia sądu administracyjnego, ze stwierdzeniem jego prawomocności.

Uwzględniając powyższe regulacje organ odwoławczy prawidłowo stwierdził, że w badanej sprawie wystąpiły dwa przypadki zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązań strony skarżącej za badane okresy, z uwagi na wniesienie skarg do WSA w Poznaniu. Mianowicie termin przedawnienia nie biegł w okresie od 24 lutego 2017 r. do 30 maja 2018 r., co wynika jednoznacznie z akt sprawy o sygn. I SA/Po 418/17, znanych Sądowi z urzędu. Tym samym termin przedawnienia w przypadku zobowiązań za wrzesień, październik, listopad 2015 r. przypadał na dzień 6 kwietnia 2022 r., a za grudzień 2015 r. i styczeń 2016 r. - na 6 kwietnia 2023 r. Ponadto bieg terminu przedawnienia uległ zawieszeniu na okres od 3 września 2021 r. do 11 grudnia 2025 r., co wynika wprost z akt sprawy o sygn. I SA/Po 791/21, znanych Sądowi z urzędu. Trafne jest zatem stanowisko organu II instancji, że po doliczeniu powyższych dni, nowy termin przedawnienia zobowiązań za wrzesień, październik, listopad 2015 r. przypadał na dzień 15 lipca 2026 r., a za grudzień 2015 r. i styczeń 2016 r. - na 15 lipca 2027 r.

Sąd w składzie rozpoznającym sprawę, zauważa, że w wyroku WSA w Poznaniu z dnia 6 maja 2022 r., o sygn. I SA/Po 791/21, badając kwestię przedawnienia za nieskuteczną uznano przesłankę zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązań za badane okresy, na podstawie art. 70 § 6 pkt 1 o.p. i nie wypowiadano się o regulacji art. 70 § 6 pkt 2 o.p. Jednocześnie zobowiązano organ odwoławczy do zgromadzenia pełnego materiału dowodowego odnoszącego się do kwestii przedawnienia spornych zobowiązań podatkowych oraz dokonania jego oceny. Z powyższych zapisów wywieść należy, że ówczesna ocena zawarta w wyroku WSA w Poznaniu z dnia 6 maja 2022 r., o sygn. I SA/Po 791/21, przeprowadzona została na podstawie materiału dowodowego, którym Sąd wówczas dysponował. Co istotniejsze Sąd ten nie wykluczył, że w sprawie wystąpiły inne okoliczności, mające wpływ na bieg terminu przedawnienia, np. z art. 70 § 6 pkt 2 o.p. Tym samym brak jest podstaw do twierdzenia, że WSA w Poznaniu w wyroku z dnia 6 maja 2022 r., o sygn. I SA/Po 791/21, wypowiedział kategoryczną ocenę, że zobowiązanie strony uległo przedawnieniu, co za tym idzie, że zachodzą przesłanki do umorzenia postępowania, jak oczekuje strona skarżąca. Na powyższe zwrócił uwagę także NSA, który w uzasadnieniu wyroku z dnia 3 września 2025 r., o sygn. akt I FSK 1239/22, podzielił stanowisko Sądu pierwszej instancji, wskazując na konieczność jednoznacznego wykazania, czy zobowiązanie podatkowe istniało w dacie wydania decyzji. Wytyczne Sądu pierwszej instancji nie zobowiązywały zatem organów do umorzenia postępowania z uwagi na przedawnienie zobowiązania. Choć nie wykluczały takiego rozstrzygnięcia, jednakże dopiero po dokonaniu niezbędnych w tym zakresie ustaleń i analizie zgromadzonego materiału dowodowego, który na dzień orzekania przez WSA w Poznaniu w sprawie o sygn. akt I SA/Po 791/21, nie był kompletny.

Zdaniem Sądu, organ odwoławczy zadośćuczynił zaleceniom WSA w Poznaniu zawartym w wyroku z dnia 6 maja 2022 r., o sygn. I SA/Po 791/21 i ponownie analizując powyższą kwestię wskazał, że w dniu 24 lutego 2017 r. wpłynęła do Dyrektora IAS skarga strony na decyzję organu odwoławczego z dnia 20 stycznia 2017 r., którą WSA w Poznaniu postanowieniem z dnia 10 maja 2017 r., o sygn. akt I SA/Po 418/17, odrzucił. Następnie NSA postanowieniem z dnia 17 maja 2018 r., o sygn. akt I FZ 29/18, oddalił zażalenie skarżącej od powyższego orzeczenia. W dniu 30 maja 2018 r. do Dyrektora IAS wpłynęło prawomocne z dniem 17 maja 2018 r. postanowienie WSA w Poznaniu, co skutkowało zawieszeniem bieg terminu przedawnienia o 460 dni. Następnie w dniu 3 września 2021 r. wpłynęła do Dyrektora IAS skarga strony na decyzję z dnia 23 lipca 2021 r., którą uchylono wyrokiem z dnia 6 maja 2022 r., o sygn. akt I SA/Po 791/21. NSA oddalił obydwie skargi kasacyjne od powyższego orzeczenia i w rezultacie prawomocny wyrok wraz z aktami sprawy wpłynął do organu odwoławczego w dniu 11 grudnia 2025 r. Tym samym bieg terminu przedawnienia, zgodnie art. 70 § 6 pkt 2 oraz art. 70 § 7 pkt 2 o.p. uległ zawieszeniu na okres 1560 dni. Uwzględniając powyżej opisane okoliczności, które niewątpliwie miały wpływ na bieg terminu przedawnienia, w ocenie Sądu, organ doszedł do trafnej konkluzji, że zobowiązania strony za wrzesień, październik, listopad, grudzień 2015 r., styczeń 2016 r. nie wygasły z powodu upływu ustawowego 5-letniego okresu przedawnienia, gdyż bieg terminu przedawnienia został zawieszony.

Przywołane powyżej przepisy o.p. jednoznacznie wiążą skutki prawne w zakresie instytucji przedawnienia zobowiązania podatkowego z dwoma zdarzeniami: wniesieniem skargi do sądu administracyjnego oraz z doręczeniem organowi odpisu orzeczenia sądu administracyjnego, nie precyzując, o jakiego rodzaju orzeczenie chodzi. Taka regulacja jest w pełni racjonalna i wiąże się z istotą postępowań sądowoadministracyjnych dotyczących spraw podatkowych. Skargę do sądu administracyjnego może wnieść tylko jedna strona takiego postępowania, czyli co do zasady podatnik, nie może tego natomiast uczynić organ podatkowy, którego działanie lub bezczynność jest przedmiotem skargi. Do zaistnienia skutku w postaci zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązania wystarcza stwierdzenie, że kwestionowana jest legalność rozstrzygnięcia organu podatkowego, co znajduje swój wyraz we wniesionej do sądu skardze. Zawieszenie biegu terminu przedawnienia następuje z chwilą złożenia skargi i jest niezależne od wagi i rodzaju zarzutów podniesionych przeciwko skarżonemu rozstrzygnięciu. Skutek ten jest niezależny od wyników postępowania sądowego dotyczącego tej skargi (merytoryczne rozpoznanie, umorzenie, odrzucenie). Skoro przepis stanowi o orzeczeniu, to znaczy, że każde orzeczenie wydane przez sąd jest relewantne dla zawieszenia biegu terminu przedawnienia (por. wyroki NSA z dnia: 29 kwietnia 2026 r., o sygn. akt I GSK 287/25 i 9 kwietnia 2026 r., sygn. akt I GSK 1415/24). Co istotne ani w przepisach o.p., ani w p.p.s.a. nie przewidziano żadnego wyjątku od zasady, zgodnie z którą wniesienie skargi do sądu administracyjnego na decyzję dotyczącą zobowiązania podatkowego wywołuje wszystkie skutki prawne wynikające z o.p., a więc także zawieszenie biegu przedawnienia na podstawie art. 70 § 6 pkt 2 o.p. (por. wyroki NSA z dnia: 20 grudnia 2016 r., o sygn. akt II FSK 3550/14; 7 grudnia 2022 r., o sygn. akt III FSK 1313/21; 9 lutego 2023 r., o sygn. akt I FSK 1869/22 i 5 września 2025 r., o sygn. akt I FSK 403/25). Słusznie zatem przyjął organ odwoławczy, że w przedmiotowej sprawie bieg terminu przedawnienia dwukrotnie ulegał zawieszeniu.

Reasumując, Sąd stwierdza, że organ prawidłowo zastosował się do wskazań wynikających z wcześniejszych orzeczeń sądów administracyjnych oraz w sposób wystarczający zbadał i wykazał wystąpienie okoliczności skutkujących zawieszeniem biegu terminu przedawnienia w opisany powyżej sposób. Wobec powyższego podniesiony w skardze zarzut dotyczący przedawnienia nie zasługiwał na uwzględnienie. Także twierdzenie autora skargi, że odrzucenie skargi prawomocnym postanowieniem WSA w Poznaniu z dnia 10 maja 2017 r., o sygn. akt I SA/Po 418/17, nie powinno być brane pod uwagę w kontekście przedawnienia, uznać należy za chybione.

3.3. Potwierdzając, że organ odwoławczy był uprawniony rozpoznać sprawę, co do istoty za miesiące wskazane w osnowie kontestowanej decyzji, Sąd stwierdza zasadność zastosowania w sprawie art. 233 § 2 o.p., który stanowi, że organ odwoławczy może uchylić w całości decyzję organu I instancji i przekazać sprawę do ponownego rozpoznania, jeżeli jej rozstrzygnięcie wymaga uprzedniego przeprowadzenia postępowania dowodowego w całości lub w znacznej części. Z kolei w przepisie art. 229 o.p. ustawodawca dopuszcza jedynie przeprowadzenie przez organ odwoławczy dodatkowego postępowania dowodowego w celu uzupełnienia materiału sprawy. Powyższe oznacza, że organ odwoławczy nie może zastępować organu I instancji w prowadzeniu zasadniczego postępowania wyjaśniającego, gdyż prowadziłoby to do naruszenia zasady dwuinstancyjności postępowania, wyrażonej w art. 127 o.p. Jak wielokrotnie podkreślano w orzecznictwie sądów administracyjnych, zasada dwuinstancyjności oznacza konieczność dwukrotnego przeprowadzenia postępowania wyjaśniającego, ustalenia stanu faktycznego oraz dokonania oceny prawnej sprawy. Organ odwoławczy nie może zatem przeprowadzać dowodów kluczowych dla rozstrzygnięcia sprawy, jeżeli nie uczynił tego uprzednio organ I instancji, ponieważ prowadziłoby to w praktyce do rozpoznania sprawy jedynie w jednej instancji. Rozstrzygnięcie wydane na podstawie art. 233 § 2 o.p. ma przy tym charakter formalny i nie przesądza o sposobie merytorycznego zakończenia sprawy. Przedmiotem kontroli sądu administracyjnego w przypadku decyzji kasacyjnej pozostaje natomiast przede wszystkim ocena, czy rzeczywiście zachodziły przesłanki uzasadniające przekazanie sprawy do ponownego rozpoznania.

Zdaniem Sądu przesłanki takie w niniejszej sprawie zostały spełnione. Zakres postępowania dowodowego, które należało ponownie przeprowadzić, nie tylko wymagał przeprowadzenia tego postępowania w znacznej części, lecz dotyczył również okoliczności mających zasadnicze znaczenie dla rozstrzygnięcia sprawy. Dyrektor IAS analizując bowiem zgromadzony w sprawie materiał dowodowy oraz badając zasadność wydania zaskarżonej decyzji stwierdził, że doszło do naruszenia procedury podatkowej przez organ I instancji w zakresie zupełności i oceny zebranego materiału dowodowego, co z kolei skutkowało nieustaleniem stanu faktycznego sprawy. Wprost wskazano na konieczność ponownego i kompleksowego zweryfikowania szeregu kluczowych okoliczności faktycznych dotyczących przebiegu transakcji dokumentowanych spornymi fakturami. Zakres wymaganych czynności obejmował przy tym nie tylko potrzebę przeanalizowania istniejącego materiału dowodowego, lecz konieczność uzupełnienia i przeprowadzenia dalszych czynności dowodowych odnoszących się do zasadniczych elementów stanu faktycznego sprawy.

Jak wynika z uzasadnienia zaskarżonej decyzji kasacyjnej, organ odwoławczy wskazał między innymi na potrzebę ponownego ustosunkowania się do podnoszonej przez organ I instancji pozorności transakcji zawartych przez stronę skarżącą, poprzez przeanalizowanie przesłanek pozorności czynności prawnej, a następnie zbadanie czy i jak czynność prawna była ukryta pod pozorem czynności ujawnionej i czy była ona zgodna z prawem. Zasadnie wskazano na potrzebę ustalenia okoliczności faktycznych w sprawie, począwszy od samego zawarcia umowy, poprzez zbadanie znamion jej wykonania, po ustalenie faktów dotyczących realizacji praw i obowiązków z umowy wynikających. Organ odwoławczy zaznaczył, że nawet w przypadku stwierdzenia wystąpienia pozorności czynności prawnej, organ I instancji powinien dokonać analizy ukierunkowanej na stwierdzenie zaistnienia jakiegoś zdarzenia o określonych skutkach ekonomicznych, czyli zbadać czy nastąpiło przysporzenie w aspekcie ekonomicznym. W skardze nie zdołano podważyć zasadności stanowiska Dyrektora IAS, obligującego organ I instancji do odniesienia się do okoliczność zakupu, sprzedaży i wykorzystywania samochodu osobowego marki [...] w działalności gospodarczej strony lub też pozyskania innych materiałów, które rzetelnie wyjaśnią powyższą transakcję. Słusznie wskazano również na potrzebę przeprowadzenia dalszych czynności dowodowych z udziałem świadków, na konieczność analizy i oceny aktów notarialnych oraz opinii rzeczoznawcy na okoliczność zakupu nieruchomości po cenie rynkowej. Prawidłowo organ II instancji dostrzegł, iż niezbędne jest szerokie wykazanie w oparciu o zebrane dowody, że strona mogła co najmniej przypuszczać lub, że była świadoma tego, że uczestniczy w nadużyciu podatkowym. W ponownym postępowaniu organ I instancji został zatem zobligowany do dokonania jednoznacznych ustaleń faktycznych w tej kwestii, a następnie do przedstawienia ich w decyzji, w sposób spełniający wymogi z art. 124 o.p., jak i z art. 210 § 1 pkt 6 i § 4 o.p.

W ocenie Sądu zakres wskazanych powyżej czynności dowodowych niewątpliwie wykraczał poza ramy "dodatkowego postępowania", o którym stanowi art. 229 o.p. Przeprowadzenie przez organ II instancji opisanych w zaskarżonej decyzji czynności, zamiast przez organ I instancji, prowadziłoby w istocie do ponownego przeprowadzenia zasadniczej części postępowania wyjaśniającego oraz zastąpienia organu I instancji w realizacji jego podstawowych obowiązków procesowych. Tego rodzaju działanie pozostawałoby natomiast w sprzeczności z zasadą dwuinstancyjności postępowania wyrażoną w art. 127 O.p. Wobec powyższego wbrew zarzutom skargi Sąd uznał, że zastosowanie przez organ odwoławczy art. 233 § 2 o.p. było w realiach niniejszej sprawy uzasadnione.

3.4. Sąd podzielił również stanowisko organu odwoławczego wyrażone w odpowiedzi na skargę, że zarzut skarżącej dotyczący braku umorzenia postępowania podatkowego z uwagi na złożenie korekt deklaracji VAT-7 za miesiące od września 2015 r. do stycznia 2016 r. należy uznać za bezzasadny. W decyzji z dnia 20 stycznia 2017 r. Dyrektor IAS wyjaśnił, że strona w złożonych korektach deklaracji VAT-7 nie uwzględniła w całości ujawnionych w toku kontroli nieprawidłowości, ponieważ w skorygowanej deklaracji VAT-7 za miesiąc grudzień 2015 r. nie ujęła sprzedaży samochodu [...]. Zdaniem Sądu, wnikliwego zbadania wymaga, czy strona w rzeczywistości sporny samochód nabyła i mogła go w ogóle sprzedać. Sporne zatem nadal pozostaje rozliczenie VAT w miesiącu grudniu 2015 r. i wykazanie kwoty ze sprzedaży samochodu w korekcie deklaracji podatkowej VAT-7 za ten miesiąc, dlatego też przedwczesne jest oczekiwanie strony skarżącej umorzenia postępowania w sprawie podatku od towarów i usług za badany okres na podstawie art. 208 § 1 o.p.

3.5. Reasumując Sąd stwierdza, że zaskarżona decyzja odpowiada prawu. W kwestii istotnej z punktu widzenia rozstrzygnięcia w niniejszej sprawie organ odwoławczy trafnie scharakteryzował nieprawidłowości decyzji organu I instancji, będące wynikiem naruszenia przepisów postępowania podatkowego dotyczących kompletności oraz prawidłowej oceny zgromadzonego materiału dowodowego, które w konsekwencji doprowadziły do niewyjaśnienia w sposób wyczerpujący stanu faktycznego sprawy. Wobec wyeksponowanych wad decyzji organu I instancji, Dyrektor IAS słusznie stwierdził, że spełnione zostały przesłanki określone w art. 233 § 2 o.p., czemu dał wyraz w prawidłowo sporządzonym uzasadnieniu decyzji. Biorąc pod rozwagę omówione okoliczności faktyczne i prawne, Sąd nie dopatrzył się naruszenia wskazanych w skardze przepisów prawa, jak również innych naruszeń prawa, które Sąd jest zobligowany brać pod uwagę z urzędu.

Mając na uwadze powyższe, Sąd na podstawie art. 151 p.p.s.a., oddalił skargę w całości.