Spółka E. wygrała ze Dyrektorem KIS, sąd uchylił interpretację o strefie ekonomicznej

1. Przedmiotem zaskarżenia w niniejszej sprawie jest interpretacja indywidualna z dnia 14 kwietnia 2026 r., nr [...], Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej (dalej jako: "Dyrektor KIS" lub "organ interpretacyjny"), który uznał za nieprawidłowe stanowisko E. Sp. z o.o. w P. (dalej jako: "wnioskodawca", "strona", "spółka" lub "skarżąca") w przedmiocie podatku dochodowego od osób prawnych.

1.1. Z akt sprawy wynika, że wnioskiem z dnia 2 marca 2026 r., spółka wystąpiła o wydanie interpretacji indywidualnej w przedmiocie podatku dochodowego od osób prawnych. Przedstawiając stan faktyczny strona podała, że zaczynała działalność jako część międzynarodowego koncernu E. , założonego w 1982 r. Od początku jej rozwoju silnym impulsem było wprowadzanie innowacyjnych technologii produkcji, które pozwalały na tworzenie rozbudowanej oferty opakowań dedykowanych sektorom FMCG, farmaceutycznemu i kosmetycznemu. W kraju firma działa od 2006 r., z siedzibą główną w P., od początku koncentrując się na dostarczaniu wysokiej klasy tub do produktów higieny jamy ustnej, kosmetyków i farmaceutyków. Na przestrzeni lat spółka znacząco rozwinęła swoją obecność na rynku, inwestując w nowoczesne linie produkcyjne, które zapewniają dużą elastyczność w realizacji zamówień oraz wysoką jakość produktów. Firma wyróżnia się wśród konkurencji innowacyjnym podejściem do rozwiązań opakowaniowych, świadomego korzystania z ekologicznych materiałów, a także rozbudowaną siecią dystrybucji na rynku krajowym i międzynarodowym. Spółka jest jednym z największych i najnowocześniejszych zakładów produkcyjnych w ramach Grupy E. , światowego lidera w branży opakowań z tworzyw sztucznych, pełniącym rolę głównego centrum produkcyjnego tej grupy w Europie. Aktualnie prowadzi działalność produkcyjną w dwóch lokalizacjach - w M. oraz w N. Ś. (dalej łącznie: "Zakład"). Spółka oferuje szeroką gamę wysokiej jakości tub o różnych średnicach i długościach, zróżnicowanych pod względem zamknięć, kolorów i technik dekoracji. Wnioskodawca działa w dynamicznej branży opakowań, która jest mocno powiązana z rynkami kosmetycznym, farmaceutycznym i spożywczym, charakteryzującą się rosnącym zapotrzebowaniem na nowe, efektywne i ekologiczne rozwiązania opakowaniowe. Elastycznie reagując na zmieniające się potrzeby rynku, cała Grupa, w tym spółka stale poszerza asortyment oferowanych produktów, aby sprostać wymaganiom klientom. W asortymencie oferowanym przez spółkę, wyróżnić można następujące grupy produktowe: tuby plastikowe, tuby laminatowe oraz nadruk. Spółka szczegółowo opisała jak odbywa się proces produkcji tub laminatowych i plastikowych, wskazując, że przebiega on w kilku kluczowych etapach: od drukowania laminatu lub wytłaczania rury, poprzez formowanie tub i zgrzewanie (laminat) lub kształtowanie dna (plastik), aż po montaż i dokręcanie nakrętek oraz kontrolę jakości.

Spółka prowadzi działalność strefową i korzysta z tego tytułu z preferencji podatkowych. Posiada cztery zezwolenia (dalej łącznie: "zezwolenia") na prowadzenie działalności gospodarczej na terenie [...] Specjalnej Strefy Ekonomicznej (dalej: "strefa"):

1) zezwolenie nr [...] z dnia 25 sierpnia 2006 r. na prowadzenie działalności gospodarczej na obszarze strefy (dalej: "zezwolenie [...]");

2) zezwolenie nr [...] z dnia 17 lutego 2012 r. na prowadzenie działalności gospodarczej na obszarze strefy (dalej: "zezwolenie [...]");

3) zezwolenie nr [...] z dnia 23 czerwca 2014 r. na prowadzenie działalności gospodarczej na obszarze strefy (dalej: "zezwolenie [...]");

4) zezwolenie nr [...] z dnia 25 września 2015 r. na prowadzenie działalności gospodarczej na obszarze strefy (dalej: "zezwolenie [...]").

W dniu 30 grudnia 2025 r. spółka uzyskała również decyzję o wsparciu, nr [...], z dnia 30 grudnia 2025 r. wydaną przez zarządzającego strefą (dalej: "decyzja"). Strona opisała poszczególne zezwolenia i zaznaczyła, że zarówno zezwolenia nr [...], nr [...], nr [...] i nr [...], jak i decyzja nr [...] dotyczą tożsamej działalności gospodarczej, polegającej na produkcji wyrobów z tworzyw sztucznych (tub laminatowych oraz tub plastikowych), w ramach której produkcja jest zorganizowana w sposób etapowy, a jednocześnie ciągły z funkcjonalnym przypisaniem kolejnych etapów procesu produkcyjnego do określonych części zakładu (np. zadrukowywanie laminatu w jednej części Zakładu, formowanie tub w innej). Inwestycje w przeważającej części współistnieją pod tym samym adresem na pokrywającym się w części terenie, korzystają ze wspólnej infrastruktury (np. instalacje elektryczne i cieplne, elektrociepłownia, infrastruktura transportowa, magazynowa) i położone są na tożsamych lub przylegających do siebie działkach ewidencyjnych na terenie strefy. Strona podała, że zarówno M., jak i N. Ś. położone są w obszarze działania [...] Specjalnej Strefy Ekonomicznej, na terenie województwa lubuskiego, dla którego obowiązuje jeden poziom maksymalnej intensywności pomocy publicznej. Zbieżne są również PKWiU przypisane do inwestycji objętych poszczególnymi zezwoleniami oraz decyzją.

1.2. W oparciu o powyższy stan faktyczny spółka zadała pytania:

1) czy dla celów określenia wysokości dochodu (straty) z tytułu prowadzenia działalności na terenie strefy określonej w zezwoleniu [...], zezwoleniu [...], zezwoleniu [...], zezwoleniu [...], jak i decyzji na terenach w nich wskazanych, spółka może prowadzić jedną wspólną ewidencję dla działalności podlegającej zwolnieniu z podatku dochodowego od osób prawnych?

2) czy zwolnieniu z podatku dochodowego od osób prawnych powinien podlegać dochód uzyskiwany z działalności gospodarczej, prowadzonej na terenie strefy na podstawie zezwolenia [...], zezwolenia [...], zezwolenia [...], zezwolenia [...] oraz decyzji na terenach w nich wskazanych, w ten sposób, że:

a) w pierwszej kolejności wykorzystywany jest limit dostępnej pomocy publicznej w ramach zezwolenia [...], jako decyzji administracyjnej wydanej najwcześniej,

b) a po jego wykorzystaniu, gdy limit pomocy publicznej z niego wynikający nie jest wystarczający do objęcia całości dochodu zwolnionego zwolnieniem podatkowym, otrzymana pomoc publiczna powinna być rozliczana dostępnym limitem wynikającym z kolejnych zezwoleń, tj. zezwolenia [...], zezwolenia [...], zezwolenia [...] oraz z decyzji - w kolejności ustalonej zgodnie z datami ich wydania?

1.3. Przedstawiając własne stanowisko w sprawie spółka wskazała, że dla celów określenia wysokości dochodu (straty) z tytułu prowadzenia działalności na terenie strefy określonej w zezwoleniu [...], zezwoleniu [...], zezwoleniu [...], zezwoleniu [...], jak i decyzji na terenach w nich wskazanych, strona może prowadzić jedną wspólną ewidencję dla działalności podlegającej zwolnieniu z podatku dochodowego od osób prawnych. Odnośnie pytania nr [...] wnioskodawca podała, że zwolnieniu z podatku dochodowego od osób prawnych powinien podlegać dochód uzyskiwany z działalności gospodarczej, prowadzonej na terenie strefy na podstawie zezwoleń nr [...], nr [...], nr [...] i nr [...] oraz decyzji nr [...] na terenach w nich wskazanych, w ten sposób, że: a) w pierwszej kolejności wykorzystywany jest limit dostępnej pomocy publicznej w ramach zezwolenia [...], jako decyzji administracyjnej wydanej najwcześniej, b) a po jego wykorzystaniu, gdy limit pomocy publicznej z niego wynikający nie jest wystarczający do objęcia całości dochodu zwolnionego zwolnieniem podatkowym, otrzymana pomoc publiczna powinna być rozliczana dostępnym limitem wynikającym z kolejnych zezwoleń, tj. zezwolenia [...], zezwolenia [...], zezwolenia [...] oraz z decyzji – w kolejności ustalonej zgodnie z datami ich wydania.

1.4. W opisanej na wstępie interpretacji indywidualnej z dnia 14 kwietnia 2026 r. Dyrektor KIS, uznał stanowisko spółki za nieprawidłowe. W motywach rozstrzygnięcia odwołał się do treści art. 7 ust. 1, ust. 2, ust. 3 pkt 1 i 3, art. 9 ust. 1, art. 17 ust. 1 pkt 34 i 34a, art. 17 ust. 4 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych (Dz. U. z 2025 r. poz. 278 ze zm. - dalej w skrócie: "u.p.d.o.p."), art. 12 ust. 1, ust. 2, ust. 3 ustawy z dnia 20 października 1994 r. o specjalnych strefach ekonomicznych (Dz. U. z 2023 r., poz. 1604 ze zm. - dalej w skrócie: "u.s.s.e.") i art. 3, art. 4, art. 13 ust. 6, art. 14 ust. 1 pkt 2, art. 15 ustawy z dnia 10 maja 2018 r. o wspieraniu nowych inwestycji (Dz. U. z 2025 r., poz. 469 - dalej w skrócie: "u.w.n.i."). Organ interpretacyjny zwrócił uwagę, że konstrukcja zwolnienia dotyczącego specjalnych stref ekonomicznych nie jest analogiczna do wsparcia przewidzianego dla podejmowania nowych inwestycji. Zdaniem organu interpretacyjnego wyodrębnienie poszczególnych dochodów w ramach prowadzonej ewidencji ma na celu ustalenie wyniku podatkowego uzyskanego z działalności gospodarczej określonej w decyzji o wsparciu i z działalności na terenie SSE na podstawie wydanego zezwolenia. Dyrektor KIS powołał się na objaśnienia podatkowe z dnia 6 marca 2020 r. dotyczące sposobu ustalania dochodu zwolnionego z opodatkowania podatkiem dochodowym, osiągniętego z działalności gospodarczej określonej w decyzji o wsparciu, o której mowa w u.w.n.i. i stwierdził, że w przedsiębiorstwach korzystających ze zwolnienia podatkowego z tytułu realizacji nowej inwestycji na podstawie decyzji o wsparciu nie wystarczy standardowa ewidencja kosztów z rozróżnieniem kosztów w rozumieniu prawa bilansowego i kosztów uzyskania przychodów w rozumieniu u.p.d.o.p. Niezbędna jest dodatkowa ewidencja/konta, czyli tzw. wydzielenie rachunkowe, które szczegółowo opisał. Organ interpretacyjny stwierdził, że konieczne jest prowadzenie ewidencji rachunkowej w taki sposób, aby odrębnie można było ustalić przychody, koszty, dochód/stratę uzyskane z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie SSE w ramach wydanego zezwolenia i odrębnie w ramach decyzji o wsparciu. Dochody uzyskane z tych dwóch źródeł zwolnionych z opodatkowania nie podlegają łączeniu. Zwrócono uwagę, że dla działalności gospodarczej prowadzonej na terenie SSE, jak i dla działalności gospodarczej określonej w decyzji o wsparciu, ustawodawca przewidział odrębne zwolnienia, odpowiednio w art. 17 ust. 1 pkt 34 i 34a u.p.d.o.p. Konieczność rozdzielenia ewidencji rachunkowej dla podatników korzystających ze zwolnienia na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34 u.p.d.o.p. (zezwolenie strefowe) oraz art. 17 ust. 1 pkt 34a u.p.d.o.p. (decyzja o wsparciu) wynika z tego, że są to dwa odrębne reżimy prawne, o różnych przesłankach, zakresie i sposobie ustalania prawa do zwolnienia. Wspólne prowadzenie ewidencji nie pozwalałoby na prawidłowe ustalenie dochodu zwolnionego i opodatkowanego, co jest obowiązkiem podatnika. Zdaniem Dyrektora KIS niezbędne jest zatem, by na podstawie prowadzonej ewidencji rachunkowej, możliwe było ustalenie przychodów, kosztów, dochodu/straty odrębnie z obu zwolnionych źródeł dochodów, korzystających odpowiednio ze zwolnienia na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34 lub art. 17 ust. 1 pkt 34a u.p.d.o.p. Stąd też dochód zwolniony z art. 17 ust. 1 pkt 34 i 34a u.p.d.o.p. musi być ustalany odrębnie, a ewidencja musi być prowadzona w sposób pozwalający na jednoznaczne przypisanie danych operacji gospodarczych do właściwego tytułu zwolnienia. Uznając stanowisko w zakresie pytania nr [...] za nieprawidłowe stwierdzono, że spółka nie może prowadzić łącznej ewidencji dla celów działalności zwolnionej prowadzonej na podstawie zezwoleń nr [...], nr [...], nr [...] i nr [...] oraz na podstawie decyzji nr [...]. Strona powinna zatem prowadzić ewidencję dla działalności prowadzonej na podstawie wymienionych zezwoleń oraz odrębną ewidencję na podstawie decyzji.

Odnosząc się do pytania nr [...] organ interpretacyjny wyjaśnił, że dla właściwego zastosowania art. 13 ust. 6 u.w.n.i. (odniesienia kwoty pomocy publicznej wykorzystanej w roku podatkowym do limitu określonego w danym zezwoleniu/decyzji) należy zsumować wykorzystaną w danym roku podatkowym pomoc publiczną z nowej inwestycji z pomocą publiczną z działalności w SSE - tak ustaloną sumę należy uwzględnić w dostępnym limicie pomocy publicznej. W konkluzji za nieprawidłowe uznano zatem stanowisko strony w zakresie pytania nr [...], w którym oczekiwano, że zwolnieniu z podatku dochodowego od osób prawnych powinien podlegać dochód uzyskiwany z działalności gospodarczej, prowadzonej na terenie strefy na podstawie zezwoleń nr [...], nr [...], nr [...] i nr [...] oraz w oparciu o decyzję nr [...] na terenach w nich wskazanych, w kolejności ustalonej zgodnie z datami ich wydania.

2.1. W skardze do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Poznaniu strona, reprezentowana przez pełnomocnika, zaskarżyła powyższą indywidualną interpretację, zarzucając:

- błędy wykładni i niewłaściwą ocenę co do zastosowania przepisu prawa materialnego:

1) art. 7 ust. 3 pkt 1 i 3, art. 9 ust. 1, art. 17 ust. 1 pkt 34 i 34a u.p.d.o.p. w zw. z art. 12a ust. 1 u.s.s.e. i art. 19 ust. 1 u.w.n.i. poprzez błędna wykładnię i uznanie, że spółka nie może prowadzić jednej wspólnej ewidencji dla celów działalności zwolnionej prowadzonej na podstawie zezwolenia nr [...], nr [...], nr [...], nr [...] oraz na podstawie decyzji nr [...] o wsparciu;

2) art. 17 ust. 1 pkt 34 i 34a u.p.d.o.p. w zw. z art. 12 ust. 1 u.s.s.e. i art. 13 ust. 6 i 7 u.w.n.i. poprzez błędną wykładnię i uznanie, że dochód uzyskiwany z działalności gospodarczej prowadzonej na podstawie zezwoleń nr [...], nr [...], nr [...], nr [...] na terenie [...] Specjalnej Strefy Ekonomicznej oraz na podstawie decyzji nr [...] o wsparciu na terenie w niej wskazanym, nie może korzystać ze zwolnienia z podatku dochodowego od osób prawnych w sposób odpowiadający chronologii wykorzystania dostępnych limitów pomocy publicznej, tj. że rozliczenie limitów pomocy publicznej nie powinno następować zgodnie z datami wydania poszczególnych zezwoleń oraz decyzji.

- naruszenie przepisów postępowania, które miały istotny wpływ na wynik sprawy:

1) art. 120 w zw. z art. 14h ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2025 r., poz. 111 ze zm. - dalej w skrócie: "o.p."), poprzez niezastosowanie przez Dyrektora KIS podczas wydawania zaskarżonej interpretacji właściwych przepisów u.p.d.o.p. oraz u.w.n.i.;

2) art. 121 § 1 w zw. z art. 14h o.p. z uwagi na pominięcie w wydanej interpretacji przy wykładni przepisów prawa podatkowego powołanych przez spółkę argumentów oraz stanowisk organów podatkowych i orzecznictwa sądów administracyjnych potwierdzających stanowisko spółki, a tym samym prowadzenie postępowania w sposób niebudzący zaufania do organów podatkowych;

3) art. 14c § 1 oraz § 2 o.p. poprzez sformułowanie przez organ uzasadnienia prawnego oceny stanowiska spółki w sposób wadliwy;

4) art. 169 § 1 w zw. z art. 14h o.p. poprzez zaniechanie wezwania do uzupełnienia wniosku;

5) art. 2a o.p. poprzez jego niezastosowanie i niedostrzeżenie, że w sprawie wystąpiły niedające się usunąć wątpliwości związane z wykładnią przepisów materialnoprawnych.

W oparciu o powyższe zarzuty strona wniosła o uwzględnienie skargi oraz uchylenie zaskarżonej interpretacji w całości i zasądzenie od organu na rzecz skarżącej kosztów postępowania, tym kosztów zastępstwa procesowego.

2.2. W odpowiedzi na skargę organ interpretacyjny podtrzymał stanowisko i argumenty zawarte w zaskarżonej interpretacji, wnosząc o oddalenie skargi.

2.3. Podczas rozprawy przed Wojewódzkim Sądem Administracyjnym w Poznaniu pełnomocnik strony skarżącej podtrzymał stanowisko zawarte w skardze. Pełnomocnik Dyrektora KIS nie wziął udziału w rozprawie.

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Poznaniu rozważył, co następuje:

3. Skarga ma usprawiedliwione podstawy i dlatego podlega uwzględnieniu.

W niniejszej sprawie zastosowanie znajduje przepis art. 57a ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2026 r., poz. 143 ze zm. - dalej w skrócie: "p.p.s.a."), zgodnie z którym skarga na pisemną interpretację przepisów prawa podatkowego, wydaną w indywidualnej sprawie, może być oparta wyłącznie na zarzucie naruszenia przepisów postępowania, dopuszczeniu się błędu wykładni lub niewłaściwej oceny co do zastosowania przepisu prawa materialnego. Sąd administracyjny jest zatem związany zarzutami skargi oraz powołaną podstawą prawną. Kontrolując w tak zakreślonej kognicji zaskarżoną interpretację, Sąd uznał, iż skarga jest uzasadniona, co rodzi konieczność wyeliminowania jej z obrotu prawnego, na podstawie art. 146 § 1 p.p.s.a.

3.1. Z istoty postępowania dotyczącego udzielenia indywidualnej interpretacji przepisów prawa podatkowego (art. 14b i art. 14c o.p.) wynika, że organ interpretacyjny, a następnie także i sąd administracyjny w ramach kontroli zaskarżonej interpretacji są związani przedstawionym we wniosku opisem stanu faktycznego lub zdarzenia przyszłego. Specyfika postępowania w sprawie wydania interpretacji indywidualnej polega przede wszystkim na tym, że organ wydający interpretację porusza się niejako tylko i wyłącznie w ramach stanu faktycznego/zdarzenia przyszłego przedstawionego przez wnioskodawcę oraz wyrażonej przez niego oceny prawnej.

Oś sporu w niniejszej sprawie koncentruje się na możliwości prowadzenia wspólnej ewidencji przychodów z tytułu działalności gospodarczej prowadzonej na terenie SSE na podstawie zezwoleń strefowych oraz z tytułu działalności gospodarczej prowadzonej na podstawie decyzji o wsparciu nowej inwestycji, a w tle także sposobu rozliczania dostępnej pomocy publicznej, przysługującej w związku z zezwoleniami strefowymi oraz decyzją o wsparciu nowej inwestycji. W ocenie skarżącej spółki, rozliczenie pomocy publicznej powinno nastąpić zgodnie z kolejnością przyznanych zezwoleń strefowych i decyzji o wsparciu, a w tym celu, aby tego dokonać, podatnik powinien prowadzić jedną łączną ewidencję dla działalności podlegającej zwolnieniu, tak by umożliwić chronologiczne rozliczanie pomocy. Zdaniem strony brak jest jakichkolwiek uregulowań prawnych, które bezpośrednio nakładałyby na przedsiębiorców obowiązek wydzielenia organizacyjnego działalności prowadzonej na podstawie różnych zezwoleń strefowych oraz decyzji o wsparciu, jak również samego wyodrębniania wyniku podatkowego, który został osiągnięty w ramach poszczególnych projektów inwestycyjnych, objętych poszczególnymi odrębnymi zezwoleniami nr [...], nr [...], nr [...] i nr [...] oraz decyzją nr [...] o wsparciu. W związku z tym, że przedmiotowy obowiązek nie został bezpośrednio sformułowany przez ustawodawcę, nie można go domniemywać i wymagać jego wypełniania przez przedsiębiorców. Według skarżącej zwolnieniu z podatku dochodowego od osób prawnych powinien podlegać dochód uzyskiwany z działalności gospodarczej prowadzonej na podstawie zezwoleń i decyzji o wsparciu chronologicznie, w ten sposób, że w pierwszej kolejności wykorzystany zostanie limit dostępnej pomocy publicznej w ramach zezwolenia wydanego najwcześniej, a po jego wyczerpaniu limity dostępne w ramach zezwoleń wydanych później, a następnie dochód z działalności wskazanej w decyzji o wsparciu.

Odmiennego zdania jest natomiast Dyrektor KIS, który wykluczył możliwość prowadzenia łącznej ewidencji dla celów działalności zwolnionej prowadzonej na terenie SSE na podstawie zezwoleń, a także decyzji o wsparciu oraz nie zgodził się ze stanowiskiem spółki, że dochód uzyskiwany z działalności gospodarczej prowadzonej na podstawie zezwoleń nr [...], nr [...], nr [...] i nr [...] oraz w oparciu o decyzję, nr [...], o wsparciu może podlegać zwolnieniu z opodatkowania chronologicznie.

3.2. Rację w niniejszym sporze należy przyznać stronie skarżącej. Sąd zauważa, że zagadnienie prawne stanowiące przedmiot zaskarżonej indywidualnej interpretacji przepisów prawa było wielokrotnie przedmiotem oceny przez Naczelny Sąd Administracyjny (m.in. w wyrokach NSA z dnia: 4 lipca 2023 r., o sygn. akt II FSK 78/21; 14 czerwca 2023 r., o sygn. akt II FSK 2872/20; 19 lipca 2016 r., o sygn. akt II FSK 1849/14; 28 maja 2024 r., o sygn. akt II FSK 1119/21 oraz 26 marca 2026 r., o sygn. akt II FSK 841/23 - publ. CBOSA). W powyższych orzeczeniach Naczelny Sąd Administracyjny przesądził o tym, jak należy interpretować przepisy prawa podatkowego, które znajdują zastosowanie w niniejszej sprawie. Stanowisko wyrażone w powyższych judykatach Sąd w składzie orzekającym podziela i skorzysta w dalszej części rozważań z zawartej w nich argumentacji.

W pierwszej kolejności Sąd zwraca uwagę, że koszty i przychody z działalności gospodarczej wykonywanej w ramach zezwolenia i decyzji nie są uwzględniane przy obliczaniu dochodu na zasadach ogólnych, co wprost wynika z art. 7 ust. 3 pkt 1 i 3 u.p.d.o.p. Obowiązujące przepisy nie nakładają takiego obowiązku wyodrębnienia w odniesieniu do działalności zwolnionej na podstawie posiadanych zezwoleń i z tytułu decyzji o wsparciu. Stosownie do regulacji z art. 9 ust. 1 u.p.d.o.p. podatnicy tego podatku są obowiązani do prowadzenia ewidencji rachunkowej, zgodnie z odrębnymi przepisami, w sposób zapewniający określenie wysokości dochodu (straty), podstawy opodatkowania i wysokości należnego podatku za rok podatkowy, a także do uwzględnienia w ewidencji środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych informacji niezbędnych do obliczenia wysokości odpisów amortyzacyjnych zgodnie z przepisami art. 16a-16m. Na podstawie powyższego przepisu skarżąca spółka ma jedynie obowiązek wyodrębnić przychody i koszty z działalności, z której dochody są zwolnione z podatku. Wynikający z owej regulacji obowiązek prowadzenia ewidencji rachunkowej, zapewnić ma możliwość obliczenia dochodu (straty), kosztów uzyskania przychodów i obliczenie należnego podatku. Co istotne, nie odnosi się on jednak do ewidencji dotyczącej przychodów i kosztów ich uzyskania, pochodzących ze źródeł, z których dochód podlega zwolnieniu. Nie ma zatem zastosowania do dochodów osiągniętych z działalności gospodarczej objętej zezwoleniem lub prowadzonej na podstawie decyzji o wsparciu.

Nie ulega wątpliwości, że ewidencję dotyczącą działalności prowadzonej w ramach czy to zezwolenia, czy lub na podstawie decyzji o wsparciu podatnik jest obowiązany prowadzić, aby możliwe było ustalenie zakresu i prawidłowości wykorzystania pomocy publicznej. Obowiązek taki można jednakże wyprowadzić z art. 12a ust. 1 u.s.s.e. oraz z art. 19 u.w.n.i. Choć przepisy te nakazują przedsiębiorcy prowadzenie ksiąg podatkowych, nie wymagają jednak, wbrew twierdzeniom Dyrektora KIS, aby prowadzone one były odrębnie dla działalności prowadzonej na podstawie każdego zezwolenia oraz odrębnie dla decyzji o wsparciu. Z powyższych regulacji nie wynika także zakaz prowadzenia jednej ewidencji dla działalności prowadzonej na podstawie zezwoleń i na podstawie decyzji o wsparciu. Przepisy te odnoszą się bowiem do określenia przedmiotu zwolnienia (mają to być dochody uzyskane wyłącznie z działalności na terenie strefy lub na terenie określonym w decyzji o wsparciu), a nie do prowadzenia ewidencji lub sposobu rozliczania pomocy publicznej.

Zdaniem Sądu, nie ma przy tym także znaczenia w tym zakresie przepis art. 17 ust. 6a u.p.d.o.p., który nakazuje organizacyjne wydzielenie działalności prowadzonej na terenie strefy lub na terenie określonym w decyzji o wsparciu od działalności gospodarczej prowadzonej przez tego przedsiębiorcę również poza terenem specjalnej strefy ekonomicznej określonym w zezwoleniu lub terenem określonym w decyzji o wsparciu, oraz określenie wielkość zwolnienia w oparciu o przychody i koszty uzyskania przychodów jednostki organizacyjnej prowadzącej działalność określoną w zezwoleniu lub w decyzji o wsparciu. Powyższy przepis nie odnosi się także do prowadzenia ewidencji dotyczącej działalności, której dochód objęty jest zwolnieniem, a jedynie wskazuje na obowiązek wydzielenia organizacyjnie takiej jednostki i uwzględniania tylko jej kosztów i przychodów przy obliczaniu wielkości pomocy publicznej.

Obowiązku prowadzenia odrębnych ewidencji dla działalności prowadzonej na podstawie zezwoleń i na podstawie decyzji o wsparciu nie należy także wyprowadzać z treści art. 12 ust. 2 ustawy u.s.s.e. i art. 13 ust. 6 u.w.n.i. Oba przepisy nie odnoszą się do sposobu dokumentowania przychodów i kosztów ich uzyskania, a do sposobu rozliczenia pomocy publicznej (jej wielkości i właściwego wykorzystania, zgodnie z zezwoleniem albo decyzją o wsparciu). Jednocześnie art. 12 ust. 2 u.s.s.e. i art. 13 ust. 6 u.w.n.i. nakazują wykorzystanie pomocy publicznej zgodnie z kolejnością wydawania zezwolenia lub decyzji o wsparciu, jeżeli w odniesieniu do danego przedsiębiorcy wydano więcej niż jedno zezwolenie lub decyzję o wsparciu, czyli tak jak to miejsce w niniejszej sprawie. Nie nakazują one jednak rozdzielnego jej obliczenia lub wykorzystywania pomocy przyznanej odrębnie na podstawie różnych zezwoleń lub decyzji równolegle, ale sekwencyjnie, według kolejności ich wydania, a zatem tak jak oczekuje skarżąca spółka.

Sąd zauważa, że po wejściu w życie regulacji u.w.n.i. zezwolenia na działanie w SSE zachowały ważność w zakresie i przez czas w nich określony (art. 40 ust. 2 u.w.n.i.). Możliwe zatem było prowadzenie działalności gospodarczej przez jednego przedsiębiorcę na podstawie zezwolenia i na podstawie decyzji o wsparciu, a nadto dotyczyć one mogły tego samego rodzaju działalności i na tym samym terenie (np. poprzez zwiększenie zdolności produkcyjnej zakładu - art. 2 pkt 1 lit. a) u.w.n.i.). Ustawodawca zachował zatem zasadę, przyjętą w odniesieniu do przedsiębiorców prowadzących działalność tylko na podstawie więcej niż jednego zezwolenia albo tylko na podstawie więcej niż jednej decyzji o wsparciu, stanowiąc w art. 13 ust. 7 u.w.n.i., że w przypadku gdy przedsiębiorca korzysta z pomocy publicznej na podstawie decyzji o wsparciu oraz na podstawie zezwolenia, o którym mowa w art. 16 ust. 1 u.s.s.e, dla rozliczenia łącznej pomocy publicznej przyznanej temu przedsiębiorcy przepis art. 16 ust. 6 stosuje się odpowiednio. Odpowiednio zatem, zdaniem Sądu, należy stosować zasadę o rozliczeniu pomocy publicznej zgodnie z kolejnością wydania zezwoleń i decyzji o wsparciu. Przepis ten potwierdza dodatkowo prawidłowość tezy, że w takim przypadku nie ma potrzeby prowadzenia dwóch odrębnych ewidencji. Mimo odmiennych zasad obliczania limitu pomocy publicznej udzielonej z tytułu działalności w SSE i na terenie objętym decyzją o wsparciu, sposób obliczania dochodu, który podlega zwolnieniu w ramach przyznanej pomocy publicznej, jest taki sam. Stąd też podnoszona w zaskarżonej interpretacji argumentacja dotycząca rożnych reżimów prawnych pozostaje na gruncie niniejszej sprawy bez znaczenia.

3.3. Odnosząc się do sposobu wykorzystywania udzielonej pomocy publicznej w postaci zezwoleń strefowych i decyzji o wsparciu, czyli możliwości chronologicznego rozliczania dostępnej pomocy publicznej wynikającej z udzielonych zezwoleń i decyzji o wsparciu, co akcentuje skarżąca spółka, należy wskazać na regulacje art. 12 ust. 2 u.s.s.e. oraz art. 13 ust. 6 i ust. 7 u.w.n.i. W orzecznictwie sądowoadministracyjnym utrwalona jest już linia orzecznicza, zgodnie z którą zasadne jest rozliczanie pomocy zgodnie z chronologią wydanych zezwoleń, przy uwzględnieniu dochodu ustalanego łącznie z całej działalności gospodarczej prowadzonej przez podatnika na terenie specjalnej strefy ekonomicznej w oparciu o wszystkie posiadane przez niego zezwolenia, aż do wysokości ograniczeń wynikających z tych zezwoleń, bez konieczności przyporządkowania poszczególnych limitów pomocy publicznej do poszczególnych inwestycji określonych w kolejno wydawanych zezwoleniach (por. wyroki NSA z dnia: 26 marca 2026 r., o sygn. akt II FSK 841/23; 19 lipca 2016 r., o sygn. akt II FSK 1849/14 i 20 marca 2018 r., o sygn. akt II FSK 696/16). Sąd w składzie orzekającym podziela powyższy pogląd, uznając słuszność stanowiska skarżącej spółki w kwestii metodologii chronologicznego rozliczania przyznanej pomocy. W tym zakresie Sąd zauważa, że unormowania prawne dotyczące sposobu rozliczania pomocy publicznej przyznanej na podstawie decyzji o wsparciu są analogiczne do tych, które dotyczą zezwoleń. Wprost stanowi o takiej sytuacji brzmienie przepisu art. 13 ust. 7 u.w.n.i. Odmiennego wniosku nie można wyprowadzić z treści art. 13 ust. 8 u.w.n.i., zgodnie z którym rozliczenie pomocy publicznej przyznanej przedsiębiorcy na podstawie decyzji o wsparciu ma zastosowanie wyłącznie do decyzji, w ramach której rozpoczęto inwestycję, w oparciu o którą jest prowadzona działalność gospodarcza. Z powyższego przepisu wynika jedynie zakaz rozliczania pomocy publicznej z uwzględnieniem inwestycji, które nie są objęte decyzją o wsparciu obejmującą nową inwestycję w rozumieniu art. 2 pkt 1 u.w.n.i., w oparciu o którą jest prowadzona działalność gospodarcza. Przepis ten nie jest sprzeczny z art. 13 ust. 6 i art. 13 ust. 7 u.w.n.i. i nie pozbawia rzeczywistego, wcześniej omówionego, znaczenia powyższych przepisów.

Kluczowym jest, że ewidencja prowadzona przez przedsiębiorcę ma pozwolić zarówno na określenie dochodu, jak i na przypisanie go do działalności prowadzonej na terenie SSE lub terenie objętym decyzją o wsparciu, czyli w zakresie obydwu zwolnień, o których stanowi art. 17 ust. 1 pkt 34 i pkt 34a u.p.d.o.p. Forsowana zatem przez organ interpretacyjny konieczność odrębnego rozliczania wyniku podatkowego dla zezwoleń i dla decyzji osobno powodowałaby pozbawienie art. 12 ust. 2 u.s.s.e. oraz art. 13 ust. 6 u.w.n.i. treści normatywnej, czyniąc normy wyrażone w tych przepisach pustymi. Odnosi się to również do przepisu art. 13 ust. 7 u.w.n.i. Odnosząc się do stanowiska zawartego w zaskarżonej interpretacji, w realiach rozpoznawanej sprawy nie budzi wątpliwości, że skarżącej spółce przysługuje uprawnienie do prowadzenia jednej, wspólnej ewidencji i chronologicznego (kolejnego) wykorzystania dostępnych limitów i to nie tylko w ramach jednej Specjalnej Strefy Ekonomicznej. Prowadzenie bowiem jednej wspólnej ewidencji i chronologicznego rozliczania pomocy publicznej to zasady znajdujące zastosowanie w przypadku podatników dysponujących zezwoleniami strefowymi i decyzją o wsparciu (por. wyrok NSA z dnia 28 maja 2024 r., o sygn. akt II FSK 1119/21, publ. CBOSA). Wobec powyższego Sąd stwierdza, że nieuprawnione jest kwestionowanie prawa skarżącej do prowadzenia jednej wspólnej ewidencji oraz chronologicznego rozliczania pomocy publicznej wobec posiadania zezwoleń nr [...], nr [...], nr [...] i nr [...] na działalność w strefie oraz decyzji nr [...] o wsparciu na terenie specjalnej strefy ekonomicznej.

Stosownie do przepisu art. 17 ust. 1 pkt 34 u.p.d.o.p. wolne od podatku są dochody, z zastrzeżeniem ust. 4-6d, uzyskane z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie specjalnej strefy ekonomicznej na podstawie zezwolenia, o którym mowa w art. 16 ust. 1 ustawy z dnia 20 października 1994 r. o specjalnych strefach ekonomicznych (Dz. U. z 2019 r. poz. 482 i 2020 oraz z 2020 r. poz. 284 i 1086), przy czym wielkość pomocy publicznej udzielanej w formie tego zwolnienia nie może przekroczyć wielkości pomocy publicznej dla przedsiębiorcy, dopuszczalnej dla obszarów kwalifikujących się do uzyskania pomocy w największej wysokości, zgodnie z odrębnymi przepisami. W świetle zaś art. 17 ust. 1 pkt 34a u.p.d.o.p. dochody podatników, z zastrzeżeniem ust. 4-6d, uzyskane z działalności gospodarczej określonej w decyzji o wsparciu, o której mowa w ustawie z dnia 10 maja 2018 r. o wspieraniu nowych inwestycji (Dz. U. poz. 1162, z 2019 r. poz. 1495 oraz z 2020 r. poz. 1086), przy czym wielkość pomocy publicznej udzielanej w formie tego zwolnienia nie może przekroczyć wielkości pomocy publicznej dla przedsiębiorcy, dopuszczalnej dla obszarów kwalifikujących się do uzyskania pomocy w największej wysokości, zgodnie z odrębnymi przepisami. Przepis art. 17 ust. 6a u.p.d.o.p. stanowi, że w przypadku prowadzenia przez przedsiębiorcę działalności gospodarczej również poza terenem specjalnej strefy ekonomicznej określonym w zezwoleniu lub terenem określonym w decyzji o wsparciu, działalność prowadzoną na terenie strefy lub na terenie określonym w decyzji o wsparciu wydziela się organizacyjnie, a wielkość zwolnienia określa się w oparciu o przychody i koszty uzyskania przychodów jednostki organizacyjnej prowadzącej działalność określoną w zezwoleniu lub w decyzji o wsparciu.

Reasumując nie można się zatem zgodzić z twierdzeniem organu interpretacyjnego, że w każdym wypadku, gdy przedsiębiorca (podatnik) posiada zezwolenie (zezwolenia) na prowadzenie działalności gospodarczej na terenie specjalnej strefy ekonomicznej oraz decyzję o wsparciu nowej inwestycji, dochody osiągnięte z tych dwóch źródeł zwolnionych z opodatkowania nie podlegają łączeniu. Przedmiotem badania organu interpretacyjnego powinno być podstawowe kryterium wyznaczające obowiązki ewidencyjne przedsiębiorcy dysponującego obydwoma źródłami zwolnienia z podatku dochodowego określonymi w art. 17 ust. 1 pkt 34 i pkt 34a u.p.d.o.p., to jest czy działalność w oparciu o zezwolenie (zwolnienia) strefowe i decyzję o wsparciu nowej inwestycji prowadzona jest na tym samym obszarze, zarządzanym przez tego samego zarządzającego.

Wobec powyższego przyjąć należy, że skarżąca spółka, wbrew twierdzeniom organu interpretacyjnego, nie jest zobowiązana do odrębnego ustalania osiągniętego dochodu lub poniesionej straty (za dany rok podatkowy) w odniesieniu do zezwoleń nr [...], nr [...], nr [...] i nr [...] oraz w oparciu o decyzję, nr [...], o wsparciu, także w odniesieniu do różnych miejsc - zakładów, w których prowadzi ona działalność na podstawie zezwoleń strefowych oraz decyzji o wsparciu. Skarżąca ma jedynie obowiązek wyodrębnić przychody i koszty z działalności, z której dochody są zwolnione z podatku. Przepisy nie nakładają jednak obowiązku prowadzenia odrębnej ewidencji w odniesieniu do przychodów i kosztów z działalności objętej zezwoleniami strefowymi i decyzją o wsparciu, ani zakazu wykorzystywania limitu pomocy zgodnie z kolejnością wydawanych zezwoleń i decyzji o wsparciu. Obowiązek taki istnieje, ale w przypadku prowadzenia przez przedsiębiorcę działalności gospodarczej również poza obszarem strefy lub objętym decyzją o wsparciu. Co istotne, ewidencja prowadzona przez przedsiębiorcę ma pozwolić zarówno na określenie dochodu, jak i na przypisanie go do działalności prowadzonej na terenie SSE lub terenie objętym decyzją o wsparciu, czyli w zakresie kilku zwolnień, o których stanowi art. 17 ust. 1 pkt 34 i pkt 34 a u.p.d.o.p. Mając na uwadze powyższe na uwzględnienie zasługują zarzuty obrazy prawa materialnego, a mianowicie art. 7 ust. 3 pkt 1 i 3, art. 9 ust. 1, art. 17 ust. 1 pkt 34 i pkt 34a u.p.d.o.p. w zw. z art. 12a ust. 1 u.s.s.e. i art. 19 ust. 1 u.w.n.i. oraz art. 12 ust. 1 u.s.s.e. i art. 13 ust. 6 i ust. 7 u.w.n.i. poprzez błędną ich wykładnię.

3.4. Kwestionując możliwość łączenia przez przedsiębiorcę przychodu (dochodu) z tytułu działalności gospodarczej prowadzonej na podstawie zezwoleń strefowych nr [...], nr [...], nr [...] i nr [...] oraz w oparciu o decyzję nr [...] o wsparciu nowej inwestycji organ interpretacyjny w sposób istotny naruszył powołane powyżej przepisy prawa materialnego poprzez ich błędną i niepełną interpretację, czym także naruszył przepisy art. 14c § 1 i 2 o.p. Zdaniem Sądu, wprawdzie organ przywołał brzmienie szeregu przepisów prawa materialnego, jednakże nie wyjaśnił, który z tych przepisów stanowi w istocie podstawę twierdzeń organu. W realiach niniejszej sprawy organ interpretacyjny dokonał zatem niepełnej wykładni przepisów prawa materialnego stanowiących podstawę wydanej interpretacji, kwestionując prawidłowość stanowiska spółki i wywodząc obowiązek prowadzenia odrębnych ewidencji w oparciu o tezy zawarte w Objaśnieniach MF, które nie stanowią przepisów powszechnie obowiązujących, ani też do takich przepisów się nie odwołują. Trudno doszukać się w konkluzji przyjętego stanowiska Dyrektora KIS oparcia na przepisach powszechnie obowiązującego prawa oraz przyjąć, że uzasadnienie interpretacji ma charakter wyczerpujący. Uzasadnienie zaskarżonej interpretacji jest w istocie lakoniczne, a w rezultacie nie wyjaśniono w nim należycie powodów, które legły u podstaw uznania stanowiska spółki za nieprawidłowe. Również oparcie się w przeważającej części na powyższych Objaśnieniach MF nie wyczerpuje przywołanej powyżej normy prawnej, w zakresie w jakim dotyczy to wskazania przez organ prawidłowego stanowiska wraz z uzasadnieniem prawnym. W tym stanie rzeczy Sąd za usprawiedliwione uznał zarzuty skargi dotyczące naruszenia prawa procesowego, tj. art. 120, art. 121 § 1 w zw. z art. 14h oraz art. 14c § 1 i 2 o.p.

3.5. Za chybiony uznać należy zarzut skargi naruszenia art. 2a o.p., bowiem przewidziana w jego treści zasada "in dubio pro tributario" nie znajduje zastosowania w sprawach dotyczących interpretacji indywidualnych. Ustawodawca jednoznacznie sprecyzował bowiem w art. 14h o.p., jakie przepisy o.p. stosuje się w sprawach dotyczących interpretacji indywidualnych i nie ujął w owej regulacji przepisu art. 2a o.p. Co więcej, interpretacji przepisu prawa dokonuje się przy zastosowaniu wszystkich jej kontekstów (językowego, systemowego, funkcjonalnego) i dlatego do zasady z art. 2a o.p. można się odwołać tylko, gdy owa wyczerpująca wykładnia nie daje zadowalających rezultatów, a zatem tylko gdy istnieją niedające się usunąć wątpliwości co do treści przepisów prawa podatkowego, co w niniejszej sprawie nie miało miejsca. Bezpośrednim adresatem normy wynikającej z art. 2a o.p. jest organ, rozstrzygający sprawę podatkową i to on w ramach rozstrzygania przyjmuje określone znaczenie przepisów prawa mających znaczenie w sprawie. Pośrednim (wtórnym) adresatem powyższej normy jest podatnik, a następnie sądy administracyjne, przy czym jak wspomniano nie można odnosi owej normy bezpośrednio do interpretacji indywidualnych. Zamierzonego rezultatu nie mógł również odnieść zarzut uchybienia art. 169 § 1 o.p., albowiem brak było podstaw do wezwania spółki do uzupełnienia wniosku w niniejszej sprawie.

Ponownie rozpoznając wniosek spółki o udzielenie interpretacji indywidualnej organ uwzględni wiążącą ocenę prawną zawartą w uzasadnieniu niniejszego wyroku, stosownie do art. 153 p.p.s.a. i dokona pełnej i prawidłowej wykładni przepisów u.s.s.e. i u.w.n.i., co będzie miało przełożenie na stanowisko na gruncie przepisów u.p.d.o.p.

3.6. Mając na uwadze powyższe okoliczności Sąd, na podstawie art. 146 § 1 w zw. z art. 145 § 1 pkt 1 lit. a) i c) p.p.s.a., uchylił zaskarżoną interpretację indywidualną w całości. W przedmiocie kosztów postępowania sądowego orzeczono w oparciu o przepisy art. 200 i 205 § 2 w zw. z § 4 p.p.s.a., uwzględniając uiszczony wpis od skargi (200 zł) oraz wynagrodzenie (480 zł), wynikające z § 2 ust. 1 pkt 2 rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z dnia 16 sierpnia 2018 r. w sprawie wynagrodzenia za czynności doradcy podatkowego w postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. 2018 r., poz. 1687 ze zm.), a także koszt opłaty skarbowej od złożonego do akt pełnomocnictwa (17 zł).