Deweloper przeniósł lokal po terminie przez COVID. Sąd uchylił odmowę nadpłaty

Decyzją z 2 kwietnia 2026 r. znak 1201-IOP1-3.4102.11.2026 Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w Krakowie (dalej: Dyrektor) utrzymał w mocy decyzję Naczelnika Urzędu Skarbowego Kraków-Prądnik (dalej: Naczelnik) nr 1211-SPV.4102.1.27.2025 z 16 grudnia 2025 r. odmawiającą E.N. (dalej: Skarżąca) stwierdzenia nadpłaty w podatku dochodowym od osób fizycznych za 2019 rok z tytułu odpłatnego zbycia nieruchomości.

Rozstrzygnięcia te zapadły w następującym stanie faktycznym i prawnym.

Skarżąca 24 października 2014 r. na podstawie umowy darowizny otrzymała dwie nieruchomości: działkę nr [...] o powierzchni 5a 40m² (dalej: Działka) oraz samodzielny lokal mieszkalny o powierzchni 55,7 m² wraz przynależnościami. Łączna wartość darowizny została określona na kwotę 550.000 zł, w tym lokalu mieszkalnego na kwotę 300.000 zł, a działki nr [...] na kwotę 250.000,00 zł.

Skarżąca 27 czerwca 2019 r. sprzedała Działkę za kwotę 490.000 zł. Skarżąca złożyła zeznanie PIT-39 za 2019 r. o wysokości osiągniętego dochodu, w którym wykazany został przychód w kwocie 490.000 zł, dochód zwolniony w wysokości 490.000 zł i należny podatek dochodowy 0,00 zł. Następnie 13 czerwca 2025 r. Skarżąca złożyła korektę zeznania PIT-39 za 2019 r. wykazując przychód i dochód z odpłatnego zbycia nieruchomości w kwocie 490.000 zł i należny podatek dochodowy w wysokości 93.100 zł.

Skarżąca 24 września 2025 r. złożyła kolejną korektę zeznania PIT-39, w którym wykazany został przychód w kwocie 490.000 zł, dochód zwolniony w wysokości 490.000 zł i należny podatek dochodowy w kwocie 0,00 zł oraz wniosek o stwierdzenie nadpłaty i zwrot nadpłaty oraz odsetek na rachunek bankowy. W uzasadnieniu wniosku Skarżąca wskazała, że cały przychód uzyskany ze sprzedaży Działki został wydatkowany na zakup i remont nieruchomości przeznaczonej na własne cele mieszkaniowe. Skarżąca wraz z mężem zawarła 16 grudnia 2019 r. umowę deweloperską, zgodnie z którą deweloper zobowiązał się do wybudowania budynku mieszkalnego jednorodzinnego nr [...] przy ul. [...] w K., a w nim lokalu mieszkalnego i przeniesienia prawa własności ww. lokalu mieszkalnego oraz praw niezbędnych do korzystania z niego na nabywców tj. Skarżącą i męża, pozostających w małżeńskiej wspólności ustawowej. Tą samą umową deweloper sprzedał Skarżącej i jej mężowi na odrębną własność ww. lokal mieszkalny wraz ze związanym z nim udziałem w nieruchomości wspólnej za cenę w kwocie 573.000 zł. Umowę wyodrębniającą własność lokalu mieszkalnego i przenoszącą jego własność wraz z udziałem w nieruchomości wspólnej strony zobowiązały się zawrzeć w ciągu 14 dni roboczych po uzyskaniu prawnej możliwości użytkowania budynku – w terminie do dnia 4 czerwca 2021 r.

Na poczet ceny nabycia Skarżąca z mężem uiściła na rzecz dewelopera zaliczkę w kwocie 5 000 zł, natomiast resztę świadczenia pieniężnego w wysokości 568.000 zł na poczet ceny nabycia zobowiązali się uiszczać przelewami na wskazany przez dewelopera numer rachunku bankowego przeznaczony w ramach obsługi tej inwestycji na wpłaty z przedmiotowej umowy deweloperskiej. Świadczenie to miało być wypłacane deweloperowi ze środków zgromadzonych na przedmiotowym rachunku po zakończeniu konkretnego etapu realizacji przedsięwzięcia deweloperskiego. Pierwsza rata w kwocie 80.950 zł została uiszczona 18 grudnia 2019 r., zaś druga rata w kwocie 87.050 zł została uiszczona 18 grudnia 2019 r. Ponadto Skarżąca podała, że w okresie od 2020 r. do 2022 r. wydatkowała pieniądze ze sprzedaży Działki na koszty związane z wykończeniem mieszkania w łącznej wysokości 317.186,35 zł.

Na skutek szeregu zdarzeń leżących po stronie dewelopera związanych z epidemią koronawirusa COVID-19, pomimo że z umowy deweloperskiej wynikało, iż przeniesienie własności przedmiotowego lokalu nastąpi nie później niż do dnia 4 czerwca 2021 r., do zawarcia ostatecznej umowy przeniesienia własności w wykonaniu umowy deweloperskiej doszło 15 lipca 2025 r.

Naczelnik 16 grudnia 2025 r. wydał decyzję odmawiającą Skarżącej stwierdzenia nadpłaty w podatku dochodowym od osób fizycznych za 2019 rok w żądanym zakresie. Naczelnik uznał, że złożony przez Skarżącą wniosek o stwierdzenie nadpłaty jest niezasadny, bowiem do przeniesienia własności doszło aktem notarialnym z 15 lipca 2025 r., a więc po upływie terminu do skorzystania z przedmiotowego zwolnienia.

Dyrektor po rozpoznaniu odwołania od tej decyzji, utrzymał ją w mocy wskazując w uzasadnieniu, że warunkiem skorzystania z ulgi mieszkaniowej jest nie tylko wydatkowanie środków ze sprzedaży nieruchomości na cele mieszkaniowe, lecz także uzyskanie tytułu prawnego do takiego lokalu mieszkalnego w okresie, o którym mowa w art. 21 ust. 1 pkt 131 ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych (Dz.U. z 2025 r. poz. 163 ze zm. – dalej: u.p.d.o.f.), tj. nie później niż w okresie trzech lat od końca roku podatkowego, w którym nastąpiło odpłatne zbycie.

Dyrektor wskazał, że w przedmiotowej sprawie Skarżąca uzyskała indywidualną interpretację Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej nr 0115-KDIT3.4011.708.2024.4.KP z 7 listopada 2024 r. stwierdzającą, że stanowisko Skarżącej przedstawione we wniosku jest nieprawidłowe. Oznacza to, że stanowisko Dyrektora jest tożsame ze stanowiskiem zawartym w ww. interpretacji.

Skarżąca w złożonej do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Krakowie skardze, zarzuciła naruszenie:

1/ art. 21 ust. 1 pkt 131 w zw. z ust. 25 pkt 1 lit. lit. d) w zw. z ust. 26 u.p.d.o.f. poprzez ich niewłaściwą wykładnię i uzależnienie prawa Skarżącej do skorzystania ze zwolnienia podatkowego określonego w art. 21 ust. 1 pkt 131 od nabycia przez nią prawa własności lokalu mieszkalnego w terminie trzech lat tj. do końca 2022 r., podczas gdy wydatki na budowę lokalu mieszkalnego dokonane na podstawie umowy deweloperskiej były wydatkami, o których mowa w art. 21 ust. 1 pkt 131 w związku z ust. 25 pkt 1 lit. d) u.p.d.o.f. niezależnie od tego, w jakim momencie Skarżąca nabyła prawo własności tego lokalu, a w szczególności niezależnie od spełnienia przesłanek określonych w art. 21 ust. 26 u.p.d.o.f.;

2/ art. 120 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz.U. z 2025 r. poz. 111 ze zm. – dalej: O.p.) polegające na wydaniu decyzji wbrew obowiązującym przepisom prawa materialnego, co stanowi naruszenie zasady legalizmu;

3/ art. 121 § 1 oraz art. 124 O.p. poprzez pominięcie przy wykładni prawa podatkowego ugruntowanego stanowiska prezentowanego w orzeczeniach sądów administracyjnych, na które Skarżąca powoływała się zarówno we wniosku o stwierdzenie i zwrot nadpłaty jak i w odwołaniu od decyzji Naczelnika, co stanowi naruszenie zasady prowadzenia postępowania podatkowego w sposób budzący zaufanie do organów podatkowych oraz zasady przekonywania.

W oparciu o tak postawione zarzuty, Skarżąca wniosła o uchylenie zaskarżonej decyzji w całości oraz o zasądzenie zwrotu kosztów postępowania, w tym kosztów zastępstwa procesowego.

Odpowiadając na skargę Dyrektor podtrzymał swoje dotychczasowe stanowisko i wniósł o jej oddalenie.

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Krakowie zważył, co następuje.

Problem prawny powstały w niniejszej sprawie, był już w ostatnich latach przedmiotem rozważań sądów administracyjnych i ukształtowała się jednolita linia orzecznicza, zaprezentowana między innymi w wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego z 22 maja 2026 r., sygn. akt II FSK 97/26 (powoływane orzeczenia dostępne są na stronie: orzeczenia.nsa.gov.pl). Orzekający w sprawie Sąd podziela argumentację zawartą w tym wyroku i wykorzysta ją w dalszej części uzasadnienia.

W stanie prawnym właściwym w sprawie, a zatem obowiązującym od 1 stycznia 2019 r., zgodnie z art. 21 ust. 1 pkt 131 u.p.d.o.f. wolne od podatku dochodowego są między innymi dochody z odpłatnego zbycia nieruchomości i praw majątkowych, o których mowa w art. 30e, w wysokości, która odpowiada iloczynowi tego dochodu i udziału wydatków poniesionych na własne cele mieszkaniowe w przychodzie z odpłatnego zbycia nieruchomości i praw majątkowych, jeżeli począwszy od dnia odpłatnego zbycia, nie później niż w okresie trzech lat od końca roku podatkowego, w którym nastąpiło odpłatne zbycie, przychód uzyskany ze zbycia tej nieruchomości lub tego prawa majątkowego został wydatkowany na własne cele mieszkaniowe; udokumentowane wydatki poniesione na te cele uwzględnia się do wysokości przychodu z odpłatnego zbycia nieruchomości i praw majątkowych. Jak natomiast stanowi ust. 25a powołanego wyżej przepisu, wydatki, o których mowa w ust. 25 pkt 1 lit. a-c, uznaje się za wydatki poniesione na cele mieszkaniowe, jeżeli przed upływem okresu, o którym mowa w ust. 1 pkt 131, nastąpiło nabycie własności rzeczy lub praw wymienionych w ust. 25 pkt 1 lit. a-c, w związku z którymi podatnik ponosił wydatki na nabycie.

W świetle powołanych przepisów, należy przyznać rację Dyrektorowi, że w stanie prawnym mającym zastosowanie w sprawie niniejszej (po zmianach wprowadzonych do ustawy od 1 stycznia 2019 r.) warunkiem skorzystania z ulgi mieszkaniowej jest nie tylko wydatkowanie środków ze sprzedaży nieruchomości na cele mieszkaniowe, lecz także uzyskanie tytułu prawnego do takiego lokalu mieszkalnego w okresie, o którym mowa w art. 21 ust. pkt 131 u.p.d.o.f.

Konieczne jest przy tym jednak poczynienie uwag dotyczących charakteru prawnego umowy deweloperskiej. Instytucja ta została unormowana m.in. w ustawie z dnia 20 maja 2021 r. o ochronie praw nabywcy lokalu mieszkalnego lub domu jednorodzinnego oraz Deweloperskim Funduszu Gwarancyjnym (Dz.U. z 2024 r. poz. 695 ze zm. – dalej: Ustawa o ochronie). Jak wynika z art. 2 ust. 1 tej ustawy, jej przepisy stosuje się do umów zawartych między nabywcą a deweloperem, w których deweloper zobowiązuje się do: (1) wybudowania budynku oraz ustanowienia odrębnej własności lokalu mieszkalnego i przeniesienia własności tego lokalu oraz praw niezbędnych do korzystania z tego lokalu na nabywcę; (2) ustanowienia odrębnej własności lokalu mieszkalnego i przeniesienia własności tego lokalu oraz praw niezbędnych do korzystania z tego lokalu na nabywcę; (3) przeniesienia na nabywcę własności lokalu mieszkalnego oraz praw niezbędnych do korzystania z tego lokalu; (4) zabudowania nieruchomości gruntowej stanowiącej przedmiot własności lub użytkowania wieczystego domem jednorodzinnym i przeniesienia na nabywcę własności tej nieruchomości lub użytkowania wieczystego nieruchomości gruntowej i własności domu jednorodzinnego na niej posadowionego stanowiącego odrębną nieruchomość lub przeniesienia ułamkowej części własności tej nieruchomości wraz z prawem do wyłącznego korzystania z części nieruchomości służącej zaspokajaniu potrzeb mieszkaniowych; (5) przeniesienia na nabywcę własności nieruchomości zabudowanej domem jednorodzinnym lub użytkowania wieczystego nieruchomości gruntowej i własności domu jednorodzinnego na niej posadowionego stanowiącego odrębną nieruchomość lub przeniesienia ułamkowej części własności tej nieruchomości wraz z prawem do wyłącznego korzystania z części nieruchomości służącej zaspokajaniu potrzeb mieszkaniowych. Z kolei przez umowę deweloperską należy rozumieć umowę zawartą między nabywcą a deweloperem, na podstawie której deweloper zobowiązuje się do wybudowania budynku oraz ustanowienia odrębnej własności lokalu mieszkalnego i przeniesienia własności tego lokalu oraz praw niezbędnych do korzystania z tego lokalu na nabywcę albo zabudowania nieruchomości gruntowej stanowiącej przedmiot własności lub użytkowania wieczystego domem jednorodzinnym i przeniesienia na nabywcę własności tej nieruchomości lub użytkowania wieczystego nieruchomości gruntowej i własności domu jednorodzinnego na niej posadowionego stanowiącego odrębną nieruchomość lub przeniesienia ułamkowej części własności tej nieruchomości wraz z prawem do wyłącznego korzystania z części nieruchomości służącej zaspokajaniu potrzeb mieszkaniowych, a nabywca zobowiązuje się do spełnienia świadczenia pieniężnego na poczet nabycia tego prawa (art. 5 pkt 6 Ustawy o ochronie).

Z przywołanej regulacji można wysnuć wniosek, że w istocie kwoty płacone deweloperowi na podstawie umowy deweloperskiej stanowią wydatki na nabycie lokalu mieszkalnego stanowiącego odrębną nieruchomość lub udziału w takim lokalu w rozumieniu art. 21 ust. 25 pkt 1 lit. a) u.p.d.o.f., co nie budzi zresztą sporu w orzecznictwie (por. wyroki NSA: z 8 listopada 2018 r., sygn. akt II FSK 3163/16; z 3 kwietnia 2019 r., sygn. akt II FSK 52/19; z 3 grudnia 2020 r., sygn. akt II FSK 2013/18).

Sąd stoi na stanowisku, że w szczególnych okolicznościach niniejszej sprawy Skarżącej przysługuje prawo do skorzystania z przedmiotowej ulgi i tym samym jej wniosek o stwierdzenie nadpłaty co do zasady uznać należy za uzasadniony.

Zgodnie z pierwotnie zawartą umową deweloperską do nabycia lokalu mieszkalnego przez Skarżącą miało dojść do dnia 4 czerwca 2021 r., czyli przed upływem 3-letniego terminu o którym mowa w art. 21 ust. 1 pkt 131 w zw. z ust. 25a u.p.d.o.f., liczonego od końca 2019 r. Skarżąca wywiązała się z postanowień tejże umowy, uiszczając zaliczkę oraz wymagalne raty. Z uwagi jednak na przyczyny tkwiące po stronie dewelopera nie doszło do zawarcia umowy przenoszącej własność. Podkreślić należy, że przyczyny dla których nie została zawarta umowa przenosząca własność zależne były jedynie od dewelopera. Gdyby deweloper wywiązał się ze swojego zobowiązania, Skarżąca nabyłaby lokal w ustawowym terminie do skorzystania z ulgi mieszkaniowej. Skarżąca dopełniła zatem wszelkich aktów staranności warunkujących zaistnienie przesłanek do skorzystania z preferencji podatkowej, w tym odnoszących się do nabycia własności lokalu. Sama okoliczność, że ostatecznie, z przyczyn niezależnych od Skarżącej, umowa przenosząca własność nieruchomości nie doszła do skutku w zakreślonym terminie, nie może niweczyć możliwości uzyskania ulgi.

Przyczynę, dla której umowa przenosząca własność została zawarta z opóźnieniem, czyli po upływie ustawowego terminu do skorzystania z ulgi, zależna była od dewelopera. Brak wywiązania się przez dewelopera z obowiązku przeniesienia prawa własności lokalu, choć własność lokalu powinna zostać przeniesiona do 4 czerwca 2021 r., w żaden sposób nie było uzależnione od woli, winy, działania bądź zaniechania Skarżącej.

Jak wynika z przepisów Ustawy o ochronie, Skarżąca nie miała w relacji z deweloperem statusu podmiotu decyzyjnego w realizacji przedsięwzięcia deweloperskiego, mogącego wpływać na przebieg, warunki procesu budowlanego oraz podjęcie czynności zmierzających bezpośrednio do przeniesienia własności lokalu. Harmonogram przedsięwzięcia deweloperskiego określał bowiem wyłącznie deweloper. Skarżąca zaś jako nabywca lokalu mieszkalnego, spełniała wyłącznie świadczenie pieniężne według postanowień umowy z deweloperem. Konsekwentnie uznać zatem należy, że przesłanki do zastosowania ulgi mieszkaniowej dotyczą podatnika, jako potencjalnego beneficjenta ulgi, nie zaś dewelopera. Jeśli więc Skarżąca-podatnik wykonała postanowienia umowy deweloperskiej, a jednocześnie zachowała warunki przyznania ulgi mieszkaniowej, to ostateczne nieziszczenie się tych przesłanek powodowane nieterminowością dewelopera, nie powinno skutkować pozbawieniem Skarżącej prawa do preferencji podatkowej.

Wypada również przypomnieć, że w uzasadnieniu do rządowego projektu ustawy o zmianie ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych, ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych oraz niektórych innych ustaw (Druk nr 2854), w kontekście zmiany brzmienia art. 21 ust. 1 pkt 131 u.p.d.o.f. i dodania ust. 25a, uzasadniono projektowane zmiany umożliwieniem skorzystania z ulgi mieszkaniowej przez większą grupę podatników, którzy środki uzyskane z odpłatnego zbycia nieruchomości i określonych praw majątkowych wydatkują na własne cele mieszkaniowe; mowa w tym wypadku o "złagodzeniu warunków" korzystania z ulgi, która niewątpliwie ma cel społeczny. Choć zatem trzeba zgodzić się z tym, że od 1 stycznia 2019 r. warunkiem koniecznym skorzystania z ulgi jest także uzyskanie tytułu prawnego do lokalu mieszkalnego w okresie, o którym mowa w art. 21 ust. pkt 131 u.p.d.o.f., to jednak w sytuacji, gdy spełnione zostały wszystkie przesłanki materialne – zależne od podatnika – to niespełnienie warunku o charakterze czysto formalnym – nie z winy podatnika – nie powinno niweczyć możliwości uzyskania ulgi. Odmienne stanowisko byłoby przejawem nadmiernego formalizmu.

Dlatego też w ocenie Sądu, przy prawidłowej wykładni przepisu art. 21 ust. 1 pkt 131 u.p.d.o.f. trzeba zachować symetrię w tym znaczeniu, że podatnik, który ze swej strony prawidłowo realizował umowę deweloperską przez dokonywanie wpłat według harmonogramu, jest w konsekwencji uprawniony do powołania się na datę nabycia własnego lokalu mieszkalnego określoną w umowie deweloperskiej wykonanej przez podatnika, jeśli termin ten nie został dochowany przez dewelopera z przyczyn, które pozostawały poza sferą uprawnień i obowiązków podatnika. Tym samym nieprawidłowo (z opóźnieniem) wykonana przez dewelopera umowa deweloperska nie kształtuje sytuacji prawnej podatnika z punktu widzenia art. 21 ust. 1 pkt 131 u.p.d.o.f. (por. wyrok WSA w Gdańsku z 16 lipca 2025 r., sygn. akt I SA/Gd 249/25). Wskazać również należy, że przyjęcie wykładni zaprezentowanej przez Dyrektora, w sposób nieuzasadniony różnicowałaby sytuację tych podatników, którzy samodzielnie budują (są samodzielnymi inwestorami) budynki od tych, którzy korzystają z mechanizmu umowy deweloperskiej (por. wyrok WSA w Gdańsku z 7 lipca 2025 r., sygn. akt I SA/Gd 341/26).

Z tych wszystkich powodów, Sąd działając na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. a) ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz.U. z 2026 r. poz. 143 ze zm. – dalej: p.p.s.a.), uchylił zaskarżoną decyzję Dyrektora. Biorąc pod uwagę, że również decyzja Naczelnika dotknięta jest tożsamymi wadami, podlegała ona uchyleniu na podstawie art. 135 p.p.s.a. Ponownie rozpatrując sprawę, Naczelnik weźmie pod uwagę zaprezentowaną wykładnię przepisów prawa materialnego i w konsekwencji przyjmie, że Skarżącej przysługuje przedmiotowa ulga mieszkaniowa.

O kosztach postępowania orzeczono na podstawie art. 200 w zw. z art. 200 §2 p.p.s.a. Na zasądzone koszty składa się wpis w kwocie 2 000 zł, wynagrodzenie pełnomocnika Skarżącej (5 400 zł) o wysokości którego orzeczono na podstawie §14 ust. 1 pkt 1 lit. a) w zw. z § 2 pkt 6 rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z dnia 22 października 2015 r. w sprawie opłata za czynności radcowskie (Dz.U. z 2026 r. poz. 118) oraz opłata skarbowa od pełnomocnictwa (17 zł).