Spółka A. chciała wznowienia CIT za 2016 r. Sąd oddalił skargę na zawieszenie

A. sp. z o.o. w W. wniosła skargę na postanowienie Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Łodzi z 19 marca 2026 r., utrzymujące w mocy postanowienie Naczelnika Łódzkiego Urzędu Celno-Skarbowego w Łodzi z 16 stycznia 2026 r. w przedmiocie zawieszenia wznowionego postępowania podatkowego, dotyczącego określenia spółce podatku dochodowego od osób prawnych za 2016 rok.

Z akt sprawy wynika, że Naczelnik Łódzkiego Urzędu Celno-Skarbowego w Łodzi decyzją z 7 września 2022 r. określił skarżącej spółce zobowiązanie w podatku dochodowym od osób prawnych za 2016 r. Po rozpoznaniu odwołania Naczelnik Łódzkiego Urzędu Celno-Skarbowego w Łodzi decyzją z 30 września 2024 r. utrzymał w mocy własne rozstrzygnięcie wydane w pierwszej instancji. Od tej decyzji spółka wniosła skargę do sądu administracyjnego.

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Łodzi wyrokiem z 25 lutego 2025 r., sygn. akt I SA/Łd 781/24 oddalił skargę. Strona wniosła skargę kasacyjną od tego orzeczenia, która obecnie oczekuje na rozpoznanie przez Naczelny Sąd Administracyjny.

Pełnomocnik spółki wniósł pismem z 10 września 2025 r. o wznowienie postępowania podatkowego, zakończonego ostateczną decyzją Naczelnika Łódzkiego Urzędu Celno-Skarbowego w Łodzi z 30 września 2024 r. Jako podstawę wznowienia powołał art. 240 § 1 pkt 5 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (tekst jednolity: Dz.U. z 2025 r., poz. 111 ze zm.; dalej: o.p.) przyjmując, że wyszły na jaw istotne dla sprawy nowe dowody istniejące w dniu wydania decyzji wymiarowej, a nieznane organowi, który wydał decyzję, w postaci dokumentów zgromadzonych w toku postępowania karnego, mających znaczenie dla wyniku sprawy, które to organ prowadzący postępowanie podatkowe powinien włączyć do materiału dowodowego sprawy.

Naczelnik Łódzkiego Urzędu Celno-Skarbowego w Łodzi 6 listopada 2025 r. wznowił postępowanie, a następnie postanowieniem z 16 stycznia 2026 r. zawiesił je, na podstawie art. 201 § 1 pkt 2 o.p., do czasu prawomocnego rozstrzygnięcia zagadnienia wstępnego przez sąd administracyjny.

Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w Łodzi postanowieniem z 19 marca 2026 r., utrzymał w mocy rozstrzygnięcie organu pierwszej instancji. Zdaniem Dyrektora nadzwyczajne postępowanie administracyjne nie może toczyć się równolegle do wszczętego uprzednio postępowania przed sądem administracyjnym, którego przedmiotem jest ta sama decyzja ostateczna. Oba postępowania odnoszą się do tożsamej sprawy, której granice wyznaczają te same normy prawa materialnego. W takiej sytuacji może się toczyć tylko jedno z konkurujących postępowań, mianowicie to, które zostało zainicjowane jako pierwsze. Skoro zatem decyzja ostateczna z 30 września 2024 r. została poddana kontroli sądowej, to do czasu prawomocnego zakończenia postępowania sądowego, organy podatkowe nie są uprawnione do prowadzenia wznowionego postępowania. Na poparcie swojego stanowiska Dyrektor przywołał poglądy doktryny prawa oraz orzecznictwa sądowego, między innymi wynikające z uchwały Naczelnego Sądu Administracyjnego z 5 czerwca 2017 r., sygn. akt II GPS 1/17.

W skardze do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Łodzi, spółka A. zakwestionowała postanowienie Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Łodzi w całości i wnosząc o jego uchylenie oraz uchylenie postanowienia wydanego w pierwszej instancji, a także o zasądzenie kosztów postępowania, podniosła zarzuty naruszenia:

(1) art. 245 § 1 pkt 1 i pkt 2 w zw. z art. 201 § 1 pkt 2 o.p., poprzez brak oceny merytorycznej wniosku o wznowienie postępowania i niezasadne uznanie przez Dyrektora, że zawieszenie postępowania z urzędu jest obligatoryjne dla organu podatkowego, ze względu na wystąpienie w niniejszej sprawie "zagadnienia wstępnego" w rozumieniu art. 201 § 1 pkt 2 o.p., to jest wydanie wyroku sądu administracyjnego w sprawie decyzji ostatecznej Dyrektora, podczas gdy obowiązkiem organu było przeprowadzenie postępowania wznowieniowego, podczas którego organ powinien rozpatrzeć samodzielnie przesłanki wznowienia oparte na nowych dowodach w postaci protokołów przesłuchań świadków wraz z załącznikami z postępowania karnego, które mogą mieć istotne dla sprawy znaczenie, i tylko ewentualne rozstrzygnięcie końcowe postępowania wznowieniowego powinno być odsunięte w czasie, jeśli organ uznałby, że w sprawie zachodzą przesłanki uchylenia decyzji ostatecznej lub ewentualnie mógłby odmówić uchylenia decyzji w trybie art. 245 § 1 pkt 1 i 2 o.p.;

(2) art. 201 § 1 pkt 2 w zw. z art. 120 o.p., w zw. z art. 269 § 1 p.p.s.a. w zw. z 187 § 2 p.p.s.a., poprzez odmowę przeprowadzenia postępowania wznowieniowego w sprawie i jego zawieszenie na mocy postanowienia, wyłącznie z uwagi na uchwałę NSA o sygn. akt II GPS 1/17, w świetle której w trakcie postępowania sądowoadministracyjnego można wszcząć postępowanie administracyjne w trybie nadzwyczajnym w sprawie kontrolowanego przez sąd rozstrzygnięcia, jednakże organ administracji publicznej obowiązany jest zawiesić to postępowanie na podstawie art. 97 § 1 pkt 4 k.p.a., podczas gdy:

- prawo podatkowe jest odrębne oraz autonomiczne w stosunku do innych gałęzi prawa, w szczególności prawa administracyjnego, co oznacza brak możliwości przenoszenia mechanizmu eliminowania zbiegu postępowań weryfikacyjnych wynikających z wykładni przepisów k.p.a. na grunt przepisów prawa podatkowego;

- ustawodawca nie zawarł w przepisach prawa podatkowego w sposób jednoznaczny i wyraźny odesłania do art. 97 § 1 pkt 4 k.p.a., w związku z czym, stosowanie uchwały wydanej w oparciu o ww. przepis stanowi samowolne działanie Dyrektora a polegało na uznaniu, iż mechanizm eliminowania zbiegów postępowań weryfikacyjnych ma charakter ogólnosystemowy, co stoi w sprzeczności z art. 120 o.p. oraz 121 § 1 o.p., to jest obowiązkiem działania organów podatkowych na podstawie przepisów prawa oraz obowiązkiem pogłębiania zaufania społeczeństwa do organów podatkowych;

- w przypadku zaistnienia wątpliwości co do istoty i zakresu prawa administracyjnego i jego demarkacji od prawa podatkowego, a w konsekwencji możliwości powołania się na uchwałę NSA o sygn. akt II GPS 1/17 w niniejszym postępowaniu, to ww. wątpliwość powinna zostać powiązana z zasadą in dubio pro tributario wyrażona jako reguła interpretacyjna w art. 2a o.p., co oznacza brak możliwości powołania się na ww. uchwałę;

- jedynie stanowisko zawarte w sentencji uchwały jest wiążące, natomiast poglądy prawne wyrażone w uzasadnieniu pozbawione są mocy wiążącej, jeśli nie mają bezpośredniego związku z "zajętym stanowiskiem", w związku z czym uchwała NSA o sygn. akt II GPS 1/17 jest wiążąca wyłącznie w zakresie możliwości zawieszenia postępowania administracyjnego na podstawie art. 97 § 1 pkt 4 k.p.a.;

- uchwała została wydana w odmiennym stanie faktycznym;

- uchwały nie wiążą organów podatkowych tylko sądy administracyjne, więc mogą one, mieć jedynie posiłkowe znaczenie dla oceny konkretnej sprawy, gdy dotyczą analogicznej sytuacji i tych samych regulacji prawnych,

w związku z czym, zaakceptowanie stanowiska Dyrektora, powołującego się na uchwałę Naczelnego Sądu Administracyjnego o sygn. akt II GPS 1/17, jest bezpodstawne i nieuprawnione w niniejszym postępowaniu, podczas gdy konieczne było uchylenie zaskarżonego postanowienia i poprzedzającego go postanowienia w całości, a w konsekwencji rozpatrzenie przez organ samodzielnie przesłanki wznowienia;

(3) art. 245 § 1 w zw. z art. 128 o.p., przez błędne przyjęcie, że dalszy tok postępowania wznowieniowego wymaga istnienia w obrocie prawnym decyzji prawomocnej, podczas gdy z art. 245 § 1 o.p. wprost wynika, że przesłanką wznowienia postępowania jest istnienie w obrocie prawnym decyzji ostatecznej;

(4) art. 127 w zw. z art. 233 § 2 w zw. z art. 229 o.p., przez błędne procedowanie przez Dyrektora, który działając jako organ pierwszej i drugiej instancji, w zaskarżonym postanowieniu powielił jedynie swoją argumentację przedstawioną w poprzedzającym je postanowieniu i tym samym nie dostrzegł, że zasada dwuinstancyjności w niniejszej sprawie była jedynie iluzoryczna, gdyż Dyrektor nie odniósł się w sposób kompleksowy do zarzutów sformułowanych w zażaleniu na pierwotne postanowienie w zaskarżonym postanowieniu, podczas gdy w świetle art. 127 o.p., działając jako organ drugiej instancji zobowiązany był do ponownego merytorycznego rozpoznania sprawy i odniesienia się do podniesionych zarzutów;

(5) art. 217 § 2 i art. 210 § 4 w zw. z art. 219 i art. 124 o.p., przez wydanie postanowienia przez Dyrektora w sposób sprzeczny z ww. przepisami, uniemożliwiający spółce poznanie faktycznych motywów rozstrzygnięcia, gdyż organ niezasadnie powołuje się na art. 201 § 1 pkt 2 o.p., pomijając jednocześnie okoliczności faktyczne sprawy oraz podstawy dla wznowienia postępowania podniesione przez spółkę we wniosku o wznowieniu postępowania z dnia 10 września 2025 r.

W odpowiedzi na skargę Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w Łodzi wniósł o jej oddalenie, podtrzymując argumentację zawartą w zaskarżonym postanowieniu.

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Łodzi zważył, co następuje:

Skarga nie zasługuje na uwzględnienie.

W myśl art. 3 § 1 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t.j.: Dz. U. z 2026 r. poz. 143 ze zm.), zwanej p.p.s.a., sądy administracyjne sprawują kontrolę działalności administracji publicznej i stosują środki określone w ustawie. Oznacza to, iż Sąd bada legalność zaskarżonej decyzji, tj. jej zgodność z prawem materialnym określającym prawa i obowiązki stron oraz prawem procesowym regulującym postępowanie przed organami administracji publicznej.

Sąd rozpoznający sprawę nie może zmienić zaskarżonej decyzji, a jedynie uwzględniając skargę może ją uchylić, stwierdzić jej nieważność lub niezgodność z prawem, a może to uczynić, stosownie do unormowania zawartego w art. 145 § 1 p.p.s.a., jeśli stwierdzi naruszenie prawa materialnego, które miało wpływ na wynik sprawy; naruszenie prawa dające podstawę do wznowienia postępowania administracyjnego; inne naruszenie przepisów postępowania, jeśli mogło ono mieć istotny wpływ na wynik sprawy. W przypadku zaś, gdy nie zachodzą okoliczności wskazane w art. 145 § 1 p.p.s.a., skarga zgodnie z art. 151 p.p.s.a. podlega oddaleniu. Wedle przepisu art. 134 § 1 p.p.s.a. rozstrzygając daną sprawę, sąd nie jest związany zarzutami i wnioskami skargi, może zastosować przewidziane ustawą środki w celu usunięcia naruszenia prawa w stosunku do aktów lub czynności wydanych lub podjętych we wszystkich postępowaniach, prowadzonych w granicach sprawy, której dotyczy skarga, jeżeli jest to niezbędne dla końcowego jej załatwienia (art. 135 p.p.s.a.).

Kontrolując w tak zakreślonej kognicji zaskarżone postanowienie Sąd stwierdza, że skarga nie zasługuje na uwzględnienie.

Na wstępie podnieść należy, że podobny problem prawny, sprowadzający się do odpowiedzi na pytanie, czy mogą toczyć się jednocześnie dwa postępowania: sądowe i podatkowe, których przedmiotem jest kontrola tej samej decyzji ostatecznej, był już wielokrotnie przedmiotem wypowiedzi sądów administracyjnych, wydających wyroki również ze skarg spółki A. na postanowienia o zawieszeniu postępowania podatkowego (m.in. wyroki z 12 kwietnia 2024 r., sygn. akt I SA/Łd 88/24; z 12 marca 2026 r., sygn. akt III SA/Wa 2827/25; z 26 marca 2026 r., sygn. akt III SA/Wa 2825/25; z 26 maja 2026 r., sygn. akt I SA/Łd 133/26, czy z 6 sierpnia 2026 r., sygn. akt I SA/Łd 210/26; wszystkie dostępne na stronie: www.orzeczenia.nsa.gov.pl). Problem ten był również szerzej rozważany w uchwale NSA z 5 czerwca 2017 r., sygn. akt II GPS 1/17, wydanej w odniesieniu do analogicznej podstawy zawieszenia postępowania administracyjnego, wynikającej z art. 97 § 1 pkt 4 k.p.a. Skład orzekający podziela poglądy i argumentację w zawartą w przywołanych rozstrzygnięciach i odwoła się do nich w dalszej części uzasadnienia.

W ocenie Sądu, organy podatkowe słusznie przyjęły, że toczące się postępowanie przed sądem administracyjnym, którego przedmiotem jest kontrola decyzji określającej zobowiązanie podatkowe, to jest decyzji wydanej w zwykłym trybie postępowania podatkowego, stanowi przeszkodę w prowadzeniu i rozstrzygnięciu przez organy podatkowe sprawy zainicjowanej wnioskiem o wznowienie postępowania podatkowego zakończonego tą decyzją. Rozstrzygnięcie wydane przez sąd stanowi zagadnienie wstępne w rozumieniu art. 201 § 1 pkt 2 o.p., które obliguje organ podatkowy do zawieszenia postępowania toczącego się w trybie nadzwyczajnym (postępowania wznowieniowego) do czasu zakończenia kontroli sądowoadministracyjnej.

Zgodnie z powołanym przepisem art. 201 § 1 pkt 2 o.p., organ podatkowy zawiesza postępowanie, gdy rozpatrzenie sprawy i wydanie decyzji jest uzależnione od rozstrzygnięcia zagadnienia wstępnego przez inny organ lub sąd. Przez pojęcie zagadnienia wstępnego należy tu rozumieć pewną kwestię o charakterze otwartym (tzn. jeszcze nieprzesądzoną), której treścią może być wypowiedź co do uprawnienia lub obowiązku, stosunku lub zdarzenia prawnego albo innej jeszcze okoliczności mającej znaczenie prawne. Wymóg obligatoryjnego zawieszenia postępowania na podstawie art. 201 § 1 pkt 2 o.p. ma miejsce tylko wówczas, gdy organ orzekający w sprawie nie jest władny samodzielnie rozstrzygnąć zagadnienia wstępnego, jakie wyłoniło się lub powstało w toku postępowania głównego. Zagadnienie wstępne ma bowiem charakter materialnoprawny; przedmiotem takiego zagadnienia nie mogą być zaś ustalenia faktyczne (zob. wyroki NSA z 21 stycznia 2016 r., sygn. akt II FSK 3042/13; z 22 lutego 2013 r., sygn. akt I FSK 524/12, a także M. Jaśkowska, A. Wróbel, Komentarz do ustawy Kodeks postępowania administracyjnego LEX/el., 2014; C. Kosikowski, E. Etel, J. Brolik, R. Dowgier, P. Pietrasz, M. Popławski, S. Presnarowicz, W. Stachurski, Ordynacja podatkowa. Komentarz, LEX).

Zagadnienie kolizji postępowania sądowoadministracyjnego i administracyjnego postępowania wznowieniowego było przedmiotem wspomnianej uchwały NSA z 5 czerwca 2017 r., sygn. akt II GPS 1/17. W uchwale tej NSA stwierdził, że "w trakcie postępowania sądowoadministracyjnego można wszcząć postępowanie administracyjne w celu zmiany, uchylenia, stwierdzenia nieważności aktu lub wznowienia postępowania w sprawie kontrolowanego przez sąd rozstrzygnięcia, jednakże organ administracji publicznej obowiązany jest zawiesić to postępowanie na podstawie art. 97 § 1 pkt 4 [k.p.a.] do czasu prawomocnego zakończenia postępowania sądowoadministracyjnego."

Z uwagi na tożsamość regulacji prawnej zawartej w obu unormowaniach, to jest w art. 201 § 1 pkt 2 o.p. oraz art. 97 § 1 pkt 4 k.p.a., nie można mieć wątpliwości, że pogląd wyrażony w cytowanej uchwale znajduje zastosowanie także w obecnie rozpatrywanej sprawie. Wykładnia systemowa wymaga bowiem uwzględnienia sposobu rozumienia analogicznej normy prawnej, która zawarta jest w innej ustawie procesowej, odnoszącej się do analogicznych stosunków prawnych – to jest stosunków o charakterze publicznoprawnym. Nawet jeśli wskazana wyżej uchwała nie ma mocy wprost wiążącej w niniejszej sprawie, to oddziałuje również na sposób rozumienia tożsamej normy prawnej, zawartej w art. 201 § 1 pkt 2 o.p. Przyjmując, że system prawny jest spójny i logiczny, nie jest dopuszczalne odmienne interpretowanie tożsamych instytucji prawnych, w tej sprawie instytucji zawieszenia postępowania administracyjnego i zagadnienia wstępnego, w zależności od charakteru sprawy administracyjnej. Nie jest zatem zrozumiałe pomijanie przez skarżącą spółkę płynących ze wskazanej uchwały konsekwencji dla wykładni art. 201 § 1 pkt 2 o.p. Sąd w składzie rozpoznającym przedmiotową sprawę w pełni podziela i akceptuje stanowisko wyrażone powyżej zarówno w uchwale NSA, jak i wyrokach WSA.

Podobne stanowisko, co do konieczności zawieszenia postępowania podatkowego wszczętego w trybie nadzwyczajnym podczas toczącego się postępowania sądowoadministracyjnego, wyraża doktryna prawa. Podnosi się w niej, że załatwienie sprawy i wydanie rozstrzygnięcia przez organ będzie możliwe dopiero po wydaniu przez sąd prawomocnego orzeczenia. Rozpatrzenie sprawy przez sąd powinno być traktowane, tak jak rozstrzygnięcie zagadnienia wstępnego w rozumieniu powołanych przepisów (zob. P. Daniel, Prawa i obowiązki organu administracji w postępowaniu sądowoadministracyjnym, Wrocław 2014, s. 166-167). Zatem "gdy w trakcie postępowania sądowoadministracyjnego wszczęto postępowanie podatkowe w celu zmiany, uchylenia, stwierdzenia nieważności aktu (decyzji podatkowej) lub wznowienia postępowania w sprawie kontrolowanego przez sąd rozstrzygnięcia, [...] organ podatkowy obowiązany jest zawiesić to postępowanie na podstawie art. 201 § 1 pkt 2 o.p. do czasu prawomocnego zakończenia postępowania sądowoadministracyjnego" (P. Pietrasz [w:] Ordynacja podatkowa. Tom II. Procedury podatkowe, red. L. Etel, Gdańsk 2025, art. 201).

Reasumując, bezzasadny okazał się zasadniczy zarzut skargi, naruszenia art. 201 § 1 pkt 2 o.p. Organy podatkowe miały bowiem w realiach sprawy nie tylko prawo, ale i obowiązek zawieszenia postępowania wznowieniowego do czasu zakończenia postępowania toczącego się przez sądem administracyjnym. Zawieszenie postępowania wznowieniowego znajdowało pełne uzasadnienie w przytoczonych unormowaniach, a zatem wypełniało powołane w skardze zasady legalizmu (art. 120 o.p.) i zaufania do organów podatkowych (art. 121 § 1 o.p.).

Bezzasadne są również wszystkie pozostałe zarzuty skargi. W ocenie Sądu, zarówno zaskarżone postanowienie Dyrektora, jak i poprzedzające je postanowienie organu pierwszej instancji, zostały uzasadnione w sposób trafny, wyczerpujący i merytorycznie prawidłowy. Żadne istotne argumenty i zarzuty zażalenia spółki nie zostały pominięte. Dyrektor w zaskarżonym postanowieniu słusznie skoncentrował się na kwestii dopuszczalności wszczęcia i kontynuowania postępowania nadzwyczajnego w razie wcześniejszego wszczęcia postępowania sądowego. Rozważania zawarte w uzasadnieniu zaskarżonego postanowienia są jasne, przekonujące i prawidłowe. Zatem za całkowicie bezzasadne uznać należy zarzuty skargi dotyczące naruszenia art. 217 § 2 i art. 210 § 4 w zw. z art. 219 i art. 124 o.p. Należy podkreślić, że odmienna ocena podstaw zawieszenia postępowania podatkowego, prezentowana przez skarżącą, nie oznacza naruszenia przez organ zasad sporządzania uzasadnień postanowień wydanych w toku tego postępowania. Zasady przekonywania, wyrażonej w art. 124 o.p., nie można – jak tego chce strona skarżąca – sprowadzać do obowiązku każdorazowego uwzględniania przez organy żądań i argumentów podatnika. Lektura zaskarżonego postanowienia prowadzi, w ocenie Sądu, do wniosku, że Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w pełni zrealizował tę zasadę. W tym kontekście organ odwoławczy nie naruszył również, wyrażonej w art. 127 o.p., zasady dwuinstancyjności, która nie zabrania powielenia trafnej argumentacji przytoczonej przez organ pierwszej instancji w kwestionowanym postanowieniu.

Za niezrozumiałe należy natomiast uznać zarzuty naruszenia przepisów, których organy podatkowe nie stosowały na obecnym etapie postępowania tj. art. 128, art. 229, art. 233 § 2, art. 245 § 1 o.p., a także których stosować w ogóle nie mogły – art. 187 § 2 i art. 269 § 1 p.p.s.a.

Mając powyższe na uwadze Sąd, na podstawie art. 151 p.p.s.a., oddalił skargę.

ds