Nowa ewidencja IP Box po ostatecznej decyzji nie otworzyła ponownie sporu o nadpłatę za 2019 r.

Zaskarżonym postanowieniem z 13 kwietnia 2026 r., nr [...] Dyrektor Izby Administracji Skarbowej, po rozpatrzeniu zażalenia Z. M., utrzymał w mocy postanowienie Naczelnika Urzędu Skarbowego w P. z 16 stycznia 2026 r., nr [...]

w przedmiocie odmowy wszczęcia postępowania.

Zaskarżone postanowienie Dyrektora Izby Administracji Skarbowej zapadło w następującym stanie faktycznym

i prawnym sprawy.

Skarżący pismem z 17 grudnia 2025 r. złożył do Urzędu Skarbowego

w P. wniosek o stwierdzenie nadpłaty w podatku dochodowym od osób fizycznych za 2019 r. w kwocie 45.166,00 zł. W przedmiotowym wniosku skarżący wskazał, że przyczyną złożenia korekty jest skorzystanie z ulgi IP BOX. Do wniosku skarżący załączył: kserokopię pełnomocnictwa szczególnego wraz z opłatą, kserokopię korekty zeznania PIT-36L za 2019 r., ewidencję IP BOX - rok podatkowy 2019 (przychody z kwalifikowanego IP), ewidencję IP za 2019 r., tabelaryczne zestawienie przychodów z kwalifikowanego IP osiągniętych w 2019 r. - kotły, tabelaryczne zestawienie przychodów z kwalifikowanego IP osiągniętych w 2019 r. - regulatory, tabelaryczne zestawienie przychodów z kwalifikowanego IP osiągniętych w 2019 r.

– palniki i sterowniki, tabelaryczne zestawienie przychodów z kwalifikowanego IP osiągniętych w 2019 r. - licencje, wydruk indywidualnej interpretacji z 10.10.2024 r.

Naczelnik Urzędu Skarbowego w P. postanowieniem z 16 stycznia

2026 r. odmówił wszczęcia postępowania podatkowego na wniosek skarżącego.

W uzasadnieniu organ I instancji wskazał, że skarżący złożył kolejny raz wniosek o stwierdzenie nadpłaty w podatku dochodowym za 2019 r. z tytułu skorzystania z tej samej ulgi, tj. IP BOX.

Skarżący pierwszy wniosek złożył 24 października 2024 r. Wówczas w wyniku przeprowadzonego postępowania podatkowego Naczelnik decyzją z 24 stycznia

2025 r., nr [...] odmówił stwierdzenia nadpłaty w podatku dochodowym od osób fizycznych za 2019 r. w kwocie 45.570,00 zł. W uzasadnieniu tej decyzji organ I instancji zauważył, że prowadzone przez skarżącego ewidencje dla potrzeb IP nie spełniają najważniejszego warunku jakim jest sprawdzalność

i prawidłowość zawartych w nich informacji oraz, że nie odzwierciedlały one rzeczywistego stanu. Ponadto stan faktyczny przedstawiony przez skarżącego we wniosku do Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej o wydanie indywidualnej interpretacji nie potwierdził się w dokumentach źródłowych. Naczelnik ustalił, że skarżący nie prowadził dodatkowej ewidencji, która spełniałaby wymogi określone w art. 30cb ust. 1 pkt 1-5 u.p.d.o.f. Skarżący złożył odwołanie od ww. decyzji. Dyrektor Izby Administracji Skarbowej decyzją z 7 maja 2025 r., nr [...] utrzymał w mocy decyzję Naczelnika z 24 stycznia 2025 r. W ocenie Naczelnika, złożony przez skarżącego ponowny wniosek o stwierdzenie nadpłaty

w podatku dochodowym od osób fizycznych za 2019 r. dotyczył kwestii, która została już rozstrzygnięta ostateczną decyzją.

Naczelnik wskazał, że Wojewódzki Sąd Administracyjny w Poznaniu wyrokiem z 14 listopada 2025 r. sygn. akt I SA/Po 495/25 oddalił skargę skarżącego na decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej z 7 maja 2025 r. Skarżący wniósł skargę kasacyjną od ww. wyroku.

Skarżący w toku prowadzonego wówczas postępowania podatkowego w sprawie stwierdzenia nadpłaty nie posiadał ewidencji IP BOX za rok podatkowy 2019, którą załączył do wniosku z 17grudnia 2025 r.

W ocenie Naczelnika Urzędu Skarbowego w P. została ona sporządzona po wydaniu orzeczeń organu II instancji oraz WSA w Poznaniu.

Organ I instancji stwierdził, że w powyższej sytuacji zachodzi tożsamość spraw ponieważ:

- występuje w nich ten sam podmiot,

- taki sam jest przedmiot sprawy tj. wniosek o stwierdzenie nadpłaty w podatku dochodowym od osób fizycznych za 2019 r. z uwagi na ujęcie ulgi IP BOX,

- taki sam jest stan prawny - dotyczy przepisów prawnych w zakresie podatku dochodowego od osób fizycznych za 2019 r. w zakresie możliwości skorzystania

z ulgi IP BOX.

Zażalenie na powyższe postanowienie Naczelnika z 16 stycznia 2026 r. wniósł skarżący, zarzucając naruszenie:

1) art. 165a § 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (Dz. U.

z 2025 r. poz. 111 z późn. zm.; w skrócie: "o.p.") poprzez jego błędne zastosowanie i przyjęcie, że zachodzi przeszkoda do wszczęcia postępowania z uwagi na tożsamość sprawy, podczas gdy w niniejszej sprawie brak jest tożsamości stanu faktycznego mającego znaczenie prawotwórcze,

2) art. 128 o.p. poprzez nadanie zasadzie trwałości decyzji ostatecznych charakteru absolutnego i wykorzystanie jej jako instrumentu blokującego możliwość rozpoznania nowego stanu faktycznego oraz nowego materiału dowodowego,

3) art. 122 oraz art. 187 § 1 o.p. poprzez zaniechanie wszechstronnego wyjaśnienia stanu faktycznego i całkowite pominięcie analizy nowo przedłożonej ewidencji IP BOX,

4) art. 121 § 1 o.p. (zasady zaufania) poprzez takie prowadzenie postępowania, które czyni ulgę IP BOX instytucją iluzoryczną, niemożliwą do zastosowania w praktyce,

5) art. 75 § 1 i 2 o.p. poprzez jego błędną wykładnię i niewłaściwe zastosowanie skutkujące bezpodstawnym przyjęciem, że wniosek o stwierdzenie nadpłaty jest niedopuszczalny.

W zażaleniu skarżący podnosi m.in., że sporządził nową ewidencję na potrzeby ulgi IP BOX i tym samym powstał nowy stan faktyczny. Zdaniem skarżącego wniosek

z 17 grudnia 2025 r. został złożony w oparciu o inny stan faktyczny, gdyż podstawą tego wniosku jest na nowo sporządzona ewidencja przychodów i kosztów dotyczących ulgi IP BOX. Na podstawie tej nowej ewidencji koszty są ustalane fakturowo a nie według klucza przychodowego. W ten sposób został wyznaczony zakres postępowania o stwierdzenie nadpłaty, inny od wcześniej rozpoznawanego. Wcześniejsza ewidencja była przedmiotem negatywnej oceny organu podatkowego i to wyłącznie ona stanowiła podstawę wcześniejszych rozstrzygnięć. Aktualnie przedłożona ewidencja nie była nigdy przedmiotem oceny organu, a zatem, w ocenie skarżącego, nie można twierdzić, że sprawa została już rozpoznana co do istoty.

Dyrektor Izby Administracji Skarbowej postanowieniem z 13 kwietnia 2026 r. utrzymał w mocy zaskarżone postanowienie Naczelnika z 16 stycznia 2026 r.

W uzasadnieniu wskazał, że w rozpoznawanej sprawie prawda materialna, rzeczywistość, bieg zdarzeń mających miejsce w 2019 r. nie zmieniły się, tj.: występuje ten sam podmiot, taki sam stan faktyczny oraz identyczny stan prawny.

Zdaniem Dyrektora Izby Administracji Skarbowej , zarówno we wniosku o stwierdzenie nadpłaty w podatku dochodowym od osób fizycznych za 2019 r. z 21 października 2024 r. jak i we wniosku o stwierdzenie nadpłaty w podatku dochodowym od osób fizycznych za 2019 r.

z 17 grudnia 2025 r. skarżący, powołując się na przepisy art. 75 § 2 i 3 o.p., wskazuje, że nadpłata jest następstwem ujęcia w złożonych korektach PIT-36L za 2019 r., tzw. ulgi IP BOX.

Organ II instancji wskazał również na istotny fakt, że w toku wcześniej przeprowadzonych postępowań zarówno I jak i II instancji oraz na etapie składania skargi do WSA w Poznaniu skarżący podkreślał, że nie ma możliwości wyodrębnienia kosztów związanych z każdym kwalifikowanym prawem własności intelektualnej

w prowadzonej ewidencji rachunkowej, dlatego przyjął inne zasady ich ustalania. Skarżący wielokrotnie powoływał się przy tym na przepisy art. 22 ust. 3 i 3a u.p.d.o.f.

Zdaniem Dyrektora Izby Administracji Skarbowej , dopiero na etapie wnoszenia skargi kasacyjnej skarżący załączył inaczej prowadzoną ewidencję na potrzeby ulgi IP-BOX. Taką samą ewidencję skarżący przedłożył razem z wnioskiem z 17 grudnia 2025 r. o stwierdzenie nadpłaty

w podatku dochodowym od osób fizycznych za 2019 r.

W ocenie organu II instancji, rozstrzygnięcie sprawy inną decyzją ostateczną stanowi negatywną przesłankę dla wszczęcia postępowania. Tym samym, jest podstawą do odmowy wszczęcia postępowania w żądanym zakresie. Ponowne rozpoznanie sprawy i wydanie decyzji merytorycznej narusza jedną z podstawowych zasad postępowania, tj. powagę rzeczy osądzonej i stanowi kwalifikowaną wadę decyzji, która obliguje organ do stwierdzenia jej nieważności w trybie art. 247 § 1 pkt 4 o.p.

W skardze do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Poznaniu na opisane postanowienie skarżący zarzucił naruszenie:

1) art. 165a § 1 o.p. poprzez jego błędne zastosowanie i przyjęcie, że zachodzi przeszkoda do wszczęcia postępowania z uwagi na tożsamość sprawy, podczas gdy w niniejszej sprawie brak jest tożsamości stanu faktycznego mającego znaczenie prawotwórcze,

2) art. 128 o.p. poprzez nadanie zasadzie trwałości decyzji ostatecznych charakteru absolutnego i wykorzystanie jej jako instrumentu blokującego możliwość rozpoznania nowego stanu faktycznego oraz nowego materiału dowodowego,

3) art. 122 oraz art. 187 § 1 o.p. poprzez zaniechanie wszechstronnego wyjaśnienia stanu faktycznego i całkowite pominięcie analizy nowo przedłożonej ewidencji IP BOX,

4) art. 121 § 1 o.p. (zasady zaufania) poprzez takie prowadzenie postępowania, które czyni ulgę IP BOX instytucją iluzoryczną, niemożliwą do zastosowania w praktyce,

5) art. 75 § 1 i 2 o.p. poprzez jego błędną wykładnię i niewłaściwe zastosowanie, skutkujące bezpodstawnym przyjęciem, że wniosek o stwierdzenie nadpłaty jest niedopuszczalny.

Skarżący wniósł o:

1. uchylenie zaskarżonego postanowienia Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w całości oraz poprzedzającego go postanowienia Naczelnika, ewentualnie o uchylenie ww. postanowień w całości oraz przekazanie sprawy do ponownego rozpoznania;

2. zasądzenie na rzecz skarżącego od Dyrektora Izby Administracji Skarbowej kosztów postępowania, w tym kosztów zastępstwa procesowego według norm przepisanych.

W uzasadnieniu skargi jej autor rozwinął i umotywował podniesione w niej zarzuty.

W odpowiedzi na skargę organ II instancji wniósł o jej oddalenie, podtrzymując dotychczasowe argumenty.

Pismem procesowym z 4 września 2026 r. skarżący podtrzymał swoje stanowisko.

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Poznaniu zważył, co następuje:

Zgodnie z art. 1 § 1 i 2 ustawy z dnia 25 lipca 2002 r. - Prawo o ustroju sądów administracyjnych (Dz. U. z 2024 r. poz. 1267), sądy administracyjne sprawują wymiar sprawiedliwości przez kontrolę działalności administracji publicznej, przy czym kontrola ta sprawowana jest pod względem zgodności z prawem (legalności), jeżeli ustawy nie stanowią inaczej. Sądy administracyjne, kierując się wspomnianym kryterium legalności, dokonują oceny zgodności treści zaskarżonego aktu oraz procesu jego wydania z normami prawnymi – ustrojowymi, proceduralnymi i materialnymi – przy czym ocena ta jest dokonywana według stanu prawnego i zasadniczo na podstawie akt sprawy istniejących w dniu wydania zaskarżonego aktu.

Korzystając z uprawnienia, które przyznaje sądowi administracyjnemu art. 119 pkt 3 w zw. z art. 120 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2026 r. poz. 143 z późn. zm.; w skrócie: "p.p.s.a."), dopuszczający możliwość rozpoznania w postępowaniu uproszczonym skargi, której przedmiotem jest postanowienie wydane w postępowaniu administracyjnym, na które służy zażalenie albo kończące postępowanie, a także postanowienie rozstrzygające sprawę, co do istoty oraz postanowienia wydane w postępowaniu egzekucyjnym

i zabezpieczającym, na które służy zażalenie, Sąd procedował w niniejszej sprawie na posiedzeniu niejawnym w składzie trzech sędziów.

Stosownie do art. 134 § 1 p.p.s.a. sąd rozstrzyga w granicach danej sprawy, nie będąc jednak związany zarzutami i wnioskami skargi oraz powołaną w niej podstawą prawną. Oznacza to, że bierze pod uwagę wszelkie naruszenia prawa, a także wszystkie przepisy, które powinny znaleźć zastosowanie w rozpoznawanej sprawie, niezależnie od żądań i wniosków podniesionych w skardze – w granicach sprawy, wyznaczonych przede wszystkim rodzajem i treścią zaskarżonego aktu.

Dokonując tak rozumianej kontroli zaskarżonego postanowienia Dyrektora Izby Administracji Skarbowej , Sąd nie dopatrzył się przy jego wydaniu naruszeń prawa, które w świetle art. 145 § 1 p.p.s.a. skutkowałyby koniecznością uchylenia albo stwierdzenia nieważności tego aktu, względnie stwierdzenia jego wydania z naruszeniem prawa.

Zgodnie z art. 165 o.p. postępowanie podatkowe wszczyna się na żądanie strony lub z urzędu.

Stosownie do art. 165a o.p. gdy żądanie, o którym mowa w art. 165, zostało wniesione przez osobę niebędącą stroną lub z jakichkolwiek innych przyczyn postępowanie nie może być wszczęte, organ podatkowy wydaje postanowienie

o odmowie wszczęcia postępowania.

Użyty w treści naruszyły art. 165a § 1 o.p. zwrot "postępowanie nie może być wszczęte" należy odnieść przede wszystkim do sytuacji, gdy wszczęciu postępowania podatkowego stoi na przeszkodzie przepis prawa bądź poszczególne przepisy, których interpretacja uniemożliwia prowadzenie tego postępowania i rozpatrzenie treści żądania w sposób merytoryczny (por. wyrok NSA z 3 lipca 2026 r., I FSK 334/24, wszystkie powołane w uzasadnieniu niniejszego wyroku orzeczenia dostępne w internetowej Centralnej Bazie Orzeczeń Sądów Administracyjnych, publ. CBOSA;

w skrócie "CBOSA").

W literaturze wskazuje się, że przyczyny, które powodują, że postępowanie nie może być wszczęte, mogą dotyczyć:

1) braku w przepisach ustaw podatkowych podstawy do rozpatrzenia treści żądania

w trybie postępowania podatkowego;

2) sytuacji, gdy w danej sprawie toczy się postępowanie podatkowe, oraz

3) przypadków, gdy w sprawie zapadła już decyzja (również nieostateczna) (por.

P. Pietrasz [w:] Ordynacja podatkowa. Tom II. Procedury podatkowe. Art. 120-344. Komentarz aktualizowany, red. L. Etel, Gdańsk 2025, art. 165(a), LEX/el.).

Zgodnie natomiast z art. 128 o.p. decyzje, od których nie służy odwołanie

w postępowaniu podatkowym, są ostateczne. Uchylenie lub zmiana tych decyzji, stwierdzenie ich nieważności oraz wznowienie postępowania mogą nastąpić tylko

w przypadkach przewidzianych w niniejszej ustawie oraz w ustawach podatkowych.

Zasada trwałości decyzji ostatecznych ma służyć pewności obrotu prawnego, ponieważ chodzi o zapewnienie podmiotom stosunku prawnopodatkowego ochrony praw nabytych (por. wyrok NSA z 15 lipca 2025 r., I FSK 468/22, CBOSA).

W ocenie Sądu, pozostawanie w obrocie prawnym decyzji rozstrzygającej daną kwestię stanowi przeszkodę do wszczęcia postępowania w sprawie, w której decyzja ta została wydana. Skarżący nie może domagać się ponownego rozstrzygnięcia kwestii, jaka została już załatwiona w decyzji, która jest wiążąca.

Taka sytuacja zachodzi w rozpoznawanej sprawie, ponieważ nadal pozostaje

w obrocie ostateczna decyzja Dyrektora Izby Administracji Skarbowej z 7 maja 2025 r. (nr [...]) utrzymująca w mocy decyzję Naczelnika z 24 stycznia 2025 r. (nr [...]), którą to organ odmówił skarżącemu stwierdzenia nadpłaty

w podatku dochodowym od osób fizycznych za 2019 r. w kwocie 45.570,00 zł.

Jak wynika z akt sprawy powyższa decyzja Dyrektora Izby Administracji Skarbowej z 7 maja 2025 r. została zaskarżona do WSA w Poznaniu, który to wyrokiem z 14 listopada 2025 r. I SA/Po 495/25 oddalił skargę skarżącego. Nie zgadzając się z tym rozstrzygnięciem, skarżący 31 grudnia 2025 r. wniósł skargę kasacyjną.

Sąd w pełni podziela stanowisko organu, że zmodyfikowanie ewidencji po wydaniu decyzji ostatecznej, nie uprawnia skarżącego do złożenia kolejnego wniosku

o stwierdzenie nadpłaty, bo zmienia stan faktyczny i zakres prowadzonego wcześniej postępowania. Jeśli przedłożona ewidencja spełnia wymogi wskazane w art. 30cb ust. 1 i ust. 2 u.p.d.o.f. skarżący zobligowany był ją przedłożyć na etapie wcześniej prowadzonych postępowań, przed wydaniem ostatecznej decyzji w tej sprawie.

Zdaniem Sądu, przedłożenie innej wersji ewidencji sporządzonej na potrzeby skorzystania z ulgi IP BOX nie powoduje, że zmienił się zakres prowadzonego postępowania. Przy czym nie chodzi tu o to, że dotyczy nadpłaty za dany rok, ale że wniosek oparty jest na żądaniu uwzględnienia ulgi IP BOX, co zostało już rozstrzygnięte w ostatecznej decyzji.

W związku z powyższym organ prawidłowo zastosował art. 165a o.p. i odmówił wszczęcia postępowania na ponowny wniosek skarżącego (z 17 grudnia 2025 r.) o stwierdzenie nadpłaty w podatku dochodowym od osób fizycznych za 2019 r. w kwocie 45.166,00 zł, z uwagi na wcześniejsze rozstrzygnięcie sprawy inną decyzją ostateczną.

Zdaniem Sądu, treść uzasadnienia postanowienia obrazuje szczegółowy tok rozumowania organu, które doprowadziło do wydania postanowienia oraz wskazuje

i wyjaśnia przesłanki faktyczne, jakimi kierował się organ podejmując konkretne rozstrzygnięcie. Dotyczy to rozstrzygnięć organów obu instancji, przy czym uzasadnienie rozstrzygnięcia organu odwoławczego zawiera także ustosunkowanie się do zarzutów zawartych w zażaleniu.

W tym stanie rzeczy Sąd na podstawie art. 151 p.p.s.a. skargę oddalił.