Decyzja wymiarowa za 2014 r. zastąpiła deklaracje VAT spółki. Skarga spółki oddalona

Zaskarżonym postanowieniem z 13 kwietnia 2026 r. Dyrektor Izby Administracji Skarbowej utrzymał w mocy postanowienie Naczelnika Urzędu Skarbowego P. z 16 grudnia 2025 r. odmawiające wszczęcia postępowania podatkowego w sprawie wniosku T. sp. z o.o. z 17 listopada 2025 r. o zwrot nadwyżki podatku naliczonego nad należnym w podatku VAT za czerwiec 2014 r. w wysokości 204.558 zł, za lipiec 2014 r. w wysokości 435.645 zł i sierpień 2014 r. w wysokości 35.635 zł.

Organ odwoławczy uznał, że Naczelnik Urzędu Skarbowego P. zgodnie z przepisami odmówił wszczęcia postępowania we wnioskowanej sprawie, ponieważ w dniu 22 października 2025 r. została wydana decyzja przez Naczelnika Urzędu Skarbowego P. w przedmiocie podatku od towarów i usług za okres od czerwca 2014 r. do sierpnia 2014 r., tym samym organ zakończył weryfikację rozliczenia T. sp. z o.o. w ramach postępowania podatkowego, określając: nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym za czerwiec 2014 r. do odliczenia w następnym okresie rozliczeniowym w kwocie 2.504 zł, kwotę zobowiązania podatkowego w podatku od towarów i usług za lipiec 2014 r. w wysokości 203.999 zł, nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym za sierpień 2014 r. do zwrotu na rachunek bankowy podatnika w kwocie 2.677 zł. Od powyższej decyzji strona złożyła odwołanie. Zdaniem organu zakwestionowanie deklaracji i wydanie decyzji skutkowało nieistnieniem kwot zadeklarowanych w złożonych deklaracjach. Tym samym zaistniały przesłanki z art. 165 a § 1 i 2 O.p., tzn. że żądanie strony z tych przyczyn nie może być procedowane.

Spółka złożyła skargę na powyższe postanowienie, w której zarzuciła naruszenie:

1) art. 165a § 1 O.p. - odmowa wszczęcia postępowania w sprawie zwrotu była niezasadna, ponieważ organ I instancji nie nabył ponownie prawa do przedłużenia zwrotu VAT w postępowaniu prowadzonym wskutek uchylenia decyzji organów I i II instancji w wyniku wyroku NSA,

2) art. 87 ust. 2 ustawy z 11 marca 2004 r. poprzez nieprawidłową wykładnię tego przepisu, zgodnie z którą organ podatkowy rozpoznający sprawę po uchyleniu jego pierwotnej decyzji w wyniku kontroli sądowej, ponownie nabywa uprawnienia do przedłużenia terminu zwrotu VAT, mimo że powołany przepis takiego uprawnienia nie przewiduje,

3) art. 121 § 1 w zw. z art. 127 oraz 210 § 4 O.p. poprzez brak merytorycznego odniesienia się do zarzutów dotyczących zasadności oraz skuteczności przedłużenia zwrotu VAT, wynikające z błędnego uznania przez organ, że wniosek spółki jest bezprzedmiotowy, co skutkowało pominięciem w uzasadnieniu oceny tych zarzutów oraz argumentacji skarżącej, a tym samym naruszeniem zasady dwuinstancyjnego postępowania poprzez brak rzeczywistej kontroli instancyjnej rozstrzygnięcia,

4) art. 87 ust. 2 u.p.t..u. (w przypadku nieuwzględnienia zarzutu wskazanego w pkt 2 ) poprzez bezzasadną odmowę wszczęcia postępowania w sprawie zwrotu VAT wynikającą z błędnej wykładni tego przepisu, polegającej na przyjęciu, że obowiązek informowani podatnika przed upływem terminu zwrotu, że zwrot nie zostanie dokonany w terminie dotyczy wyłącznie postanowień o przedłużeniu termin zwrotu, natomiast w przypadku decyzji wystarczające jest jej wydanie przed upływem tego terminu, a nie jej doręczenia.

W związku z powyższym skarżąca spółka wniosła o uchylenie zaskarżonego postanowienia i postanowienia organu I instancji.

W odpowiedzi na skargę Dyrektor Izby Administracji Skarbowej wniósł o oddalenie skargi, podtrzymując stanowisko zawarte w zaskarżonym postanowieniu.

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Poznaniu zważył, co następuje:

Przystępując do rozpoznania sprawy, Sąd miał na uwadze, że zgodnie z art. 1

§ 1 i 2 ustawy z dnia 25 lipca 2002 r. - Prawo o ustroju sądów administracyjnych (Dz. U. z 2024 r. poz. 1267), sądy administracyjne sprawują wymiar sprawiedliwości przez kontrolę działalności administracji publicznej, przy czym kontrola ta sprawowana jest pod względem zgodności z prawem (legalności), jeżeli ustawy nie stanowią inaczej. Sądy administracyjne, kierując się wspomnianym kryterium legalności, dokonują oceny zgodności treści zaskarżonego aktu oraz procesu jego wydania z normami prawnymi – ustrojowymi, proceduralnymi i materialnymi – przy czym ocena ta jest dokonywana według stanu prawnego i zasadniczo na podstawie akt sprawy istniejących w dniu wydania zaskarżonego aktu.

W świetle art. 3 § 2 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2026 r. poz. 143; w skrócie: "p.p.s.a.") kontrola działalności administracji publicznej przez sądy administracyjne obejmuje m.in. orzekanie w sprawach skarg na decyzje administracyjne (pkt 1).

Stosownie do art. 134 § 1 p.p.s.a. sąd rozstrzyga w granicach danej sprawy, nie będąc jednak związany zarzutami i wnioskami skargi oraz powołaną w niej podstawą prawną. Oznacza to, że bierze pod uwagę wszelkie naruszenia prawa, a także wszystkie przepisy, które powinny znaleźć zastosowanie w rozpoznawanej sprawie, niezależnie od żądań i wniosków podniesionych w skardze – w granicach sprawy, wyznaczonych przede wszystkim rodzajem i treścią zaskarżonego aktu.

W ocenie Sądu skarga nie zasługuje na uwzględnienie.

Wobec podniesionych zarzutów skargi, należy podkreślić, że przedmiotem sporu w niniejszej sprawie jest, czy organ mógł merytorycznie rozpoznać wniosek T. sp. z o.o. z 17 listopada 2025 r. o zwrot nadwyżki podatku naliczonego nad należnym wykazany w deklaracji za czerwiec, lipiec i sierpień 2014 r.

Jak wynika z akt niniejszej sprawy oraz sprawy ze skargi skarżącej spółki zarejestrowanej w WSA w Poznaniu pod sygn. akt I SA/Po 1086/26 w przedmiocie podatku od towarów i usług za miesiące od czerwca do sierpnia 2014 r., deklaracje złożone przez spółkę T. za wskazane miesiące roku 2014, w których wykazano zwrot nadwyżki podatku naliczonego nad należnym na rachunek bankowy podatnika w kwotach 204.558 zł za czerwiec 2014 r., 435.645 zł za lipiec 2014 r., i 35.635 zł za sierpień 2014 r. i którego zwrotu strona domaga się wnioskiem z 17 listopada 2017 r. podlegała weryfikacji w ramach kontroli podatkowej oraz postępowania podatkowego.

Naczelnik Urzędu Skarbowego P. pierwszą decyzję w przedmiocie określenia podatku VAT za te miesiące wydał 6 czerwca 2018 r. Dyrektor Izby Administracji Skarbowej decyzją 3 grudnia 2019 r. utrzymał w mocy decyzję organu I instancji. NSA wyrokiem z 28 sierpnia 2024 r. sygn. akt I FSK 1617/20 uchylił wyrok WSA w Poznaniu (I SA/Po 90/20) oddalający skargę oraz decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej z 3 grudnia 2019 r. Następnie Dyrektor Izby Administracji Skarbowej na podstawie art. 233 § 2 O.p. uchylił decyzję organu I instancji i przekazał sprawę do ponownego rozpoznania. Naczelnik Urzędu Skarbowego P. 22 października 2025 r. wydał ponownie decyzję w zakresie podatku od towarów i usług za czerwiec, lipiec i sierpień 2014 r. Decyzja została doręczona ustanowionemu pełnomocnikowi 30 października 2025 r., strona od tej decyzji wniosła odwołanie, rozpoznane decyzją Dyrektora Izby Administracji Skarbowej z 28 kwietnia 2026 r., od której z kolei strona złożyła skargę do WSA w Poznaniu (sygn. akt I SA/Po 1086/26).

Z opisanego przebiegu postępowania wynika, że na dzień złożenia wniosku o zwrot nadwyżki podatku naliczonego nad należnym wynikającego z deklaracji za czerwiec, lipiec i sierpień 2024 r. w obrocie prawnym istniała decyzja Naczelnika Urzędu Skarbowego P. , która korygowała rozliczenie zawarte w deklaracji. W świetle art. 99 ust 12 u.p.t.u. zobowiązanie podatkowe, zwrot różnicy podatku, zwrot podatku naliczonego, różnicę podatku, o której mowa w art. 87 ust. 1, oraz podatek naliczony do odliczenia w następnych okresach rozliczeniowych przyjmuje się w wysokości wynikającej z deklaracji podatkowej, chyba że organ podatkowy określi je w innej wysokości. Zgodnie z art. 212 O.p. organ podatkowy, który wydał decyzję jest nią związany od chwili jej doręczenia. W związku z powyższym należy przyjąć, że doręczenie decyzji określającej zobowiązanie podatkowe, zwrot różnicy podatku , zwrot podatku naliczonego, różnicę podatku, o której mowa w art. 87 ust. 1, oraz podatek naliczony do odliczenia w następnych okresach rozliczeniowych obala domniemania zgodności z prawem złożonej deklaracji podatkowej. Decyzja nieostateczna nie podlega wykonaniu, ale wiąże organ w tym zakresie, że określa zobowiązanie, czy nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym, czy też zwrot podatku w innej wysokości niż wynika to z deklaracji.

W związku z powyższym wniosek o zwrot podatku wynikający z deklaracji, która została "zastąpiona" decyzją jest bezprzedmiotowy, tym samym zarzut naruszenia art. 165a O.p. jest niezasadny.

Podnoszone zarzuty dotyczące kwestii braku prawidłowego przedłużania terminu zwrotu podatku VAT nie mogą w tej sprawie być poddane analizie, pozostają bowiem poza przedmiotem postępowania, ponieważ wniosek o zwrot podatku VAT wynikający z deklaracji został złożony po wydaniu decyzji wymiarowej. Deklaracje nie mogą być już podstawą zwrotu podatku w świetle art. 99 ust. 12 u.p.t.u.

W tym stanie rzeczy, Sąd na podstawie art. 151 p.p.s.a. skargę oddalił