Ponowna korekta VAT po kontroli celno-skarbowej bezskuteczna. Sąd oddalił skargę spółki

Pismem z dnia 11 sierpnia 2025 r. T. T. (dalej także: Skarżąca, Spółka, Strona) wniosła na podstawie art. 75 § 2 i § 3 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz.U. z 2025 r., poz. 111 ze zm.) o stwierdzenie nadpłaty w podatku od towarów i usług za: IV kwartał 2019 r. w kwocie 40.052 zł z odsetkami w kwocie 20.296 zł, za I kwartał 2020 r. w kwocie 92.901 zł z odsetkami w kwocie 45.224 zł; II kwartał 2020 r. w kwocie 83.104 zł z odsetkami w kwocie 38.797 zł oraz III kwartał 2020 r. w kwocie 80.904 zł z odsetkami w kwocie 36.156 zł.

Decyzją z dnia 29 października 2025 r. Naczelnik Drugiego Urzędu Skarbowego w Toruniu odmówił stwierdzenia nadpłaty w podatku od towarów i usług za IV kwartał 2019 r. oraz I, II, III kwartał 2020 r.

W wyniku rozpatrzenia wniesionego odwołania decyzją z dnia 29 stycznia 2026 r. Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w Bydgoszczy utrzymał w mocy decyzję organu I instancji. W uzasadnieniu w pierwszej kolejności dokonał analizy kwestii przedawnienia i w tym zakresie podał, że przedawnienie winno nastąpić, co do zasady, z upływem 31 grudnia 2025 r. Zatem wniosek Spółki z 11 sierpnia 2025 r. o stwierdzenie nadpłaty za IV kwartał 2019 r. oraz I, II, III kwartał 2020 r. (nadany 11 sierpnia 2025 r., wpływ do organu 14 sierpnia 2025 r.) został złożony przed upływem terminu przedawnienia.

Następnie organ wskazał, że spór dotyczy kwestii czy korekty deklaracji złożone przez Spółkę 9 września 2025 r. "przewidują cofnięcie ustaleń kontroli celno-skarbowej" i w związku z tym są bezskuteczne, a w konsekwencji, czy Naczelnik Drugiego Urzędu Skarbowego w Toruniu zasadnie stwierdził, że zaistniała przesłanka odmowy stwierdzenia nadpłaty w podatku od towarów i usług za wskazane okresy.

Organ podał, że z akt sprawy wynika, iż 9 maja 2024 r. Naczelnik Kujawsko-Pomorskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Toruniu wszczął wobec Spółki kontrolę celno-skarbową w zakresie podatku od towarów i usług za okresy rozliczeniowe od października 2019 r. do grudnia 2020 r. Jednocześnie pismem z 9 maja 2024 r. poinformował Spółkę, że w wyniku czynności analitycznych, skorelowanych z działaniami II Wydziału do Spraw Przestępczości Gospodarczej Prokuratury Okręgowej w Toruniu ustalono, że w okresie od października 2019 r. do grudnia 2020 r. Spółka mogła zawyżyć wartość netto z tytułu nabycia towarów i usług o łączną kwotę 1.458.520,50 zł oraz podatek naliczony o łączną kwotę 335.459,72 zł, co było wynikiem przyjęcia do rozliczenia 15 faktur VAT wystawionych przez B. O. i P. I. Sp. z o.o.

Spółka, w terminie 14 dni od dnia doręczenia upoważnienia do przeprowadzenia kontroli celno-skarbowej, tj. 23 maja 2024 r. złożyła korekty deklaracji dla podatku od towarów i usług za IV kwartał 2019 r. oraz I, II, III kwartał 2020 r. - okresy rozliczeniowe objęte następnie wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty. Jednocześnie 23 maja 2024 r. Spółka dokonała zapłaty podatku za ww. okresy rozliczeniowe wraz z należnymi odsetkami. Z kolei 29 maja 2024 r., tj. po upływie 14-dniowego terminu od wszczęcia kontroli, Spółka złożyła korekty deklaracji VAT-7 za X, XI i XII 2020 r.

Organ wskazał, że w niniejszej sprawie zakończenie kontroli nastąpiło poprzez doręczenie 19 czerwca 2024 r. wyniku kontroli z 18 czerwca 2024 r., w którym Spółka została poinformowana, iż korekty deklaracji dla podatku od towarów i usług z 23 maja 2024 r. za IV kwartał 2019 r. oraz I, II, III kwartał 2020 r. zostały przez Naczelnika Kujawsko-Pomorskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Toruniu uznane za skutecznie złożone. Natomiast w odniesieniu do nieskutecznie złożonych 29 maja 2024 r. korekt deklaracji VAT-7 za październik, listopad i grudzień 2020 r. Spółka została pouczona, że dla skuteczności tych korekt nieodzowne jest ich powtórne złożenie w terminie 14 dni od dnia doręczenia wyniku kontroli (korekty deklaracji VAT-7 za październik, listopad i grudzień 2020 r. złożone 24 czerwca 2024 r., zostały uwzględnione przez Naczelnika Kujawsko-Pomorskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Toruniu).

Ponadto w wyniku kontroli zostały zawarte ustalenia, iż przeprowadzona analiza danych wynikających z plików złożonych w strukturze logicznej JPK_VAT przez Spółkę za cały okres objęty kontrolą celno-skarbową, wykazała, że Spółka usunęła z ewidencji nabyć prowadzonych na potrzeby podatku od towarów i usług faktury wystawione przez B. O. i P. I. Sp. z o.o., opiewające na łączną wartość netto 1.458.520,50 zł oraz VAT 335.459,72 zł, tym samym ww. korekty deklaracji są zgodne z ustaleniami Naczelnika Kujawsko-Pomorskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Toruniu. Tym samy ustalenia dotyczące wszystkich okresów rozliczeniowych objętych zakresem kontroli celno-skarbowej, tj. od października 2019 r. do grudnia 2020 r. zostały ujęte w wyniku kontroli.

W związku z powyższym, zdaniem organu odwoławczego, nieuzasadnione jest stanowisko Spółki, wyrażone w odwołaniu, zgodnie z którym treść wyniku kontroli wskazuje, że okres objęty wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty nie był objęty ustaleniami kontroli obejmującymi wyłącznie okres od października do grudnia 2020 r., a kontrola nie poczyniła żadnych ustaleń w odniesieniu do okresu objętego żądaniem stwierdzenia nadpłaty.

W związku z zakończeniem kontroli celno-skarbowej oraz wystąpieniem ustawowych przesłanek do przekształcenia jej w postępowanie podatkowe, postanowieniem z 5 listopada 2024 r. Naczelnik Kujawsko-Pomorskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Toruniu wszczął wobec Spółki postępowanie podatkowe w zakresie ustalenia dodatkowego zobowiązania w podatku od towarów i usług za okresy rozliczeniowe od października 2019 r. do grudnia 2020 r. W treści uzasadnienia tego postanowienia ponownie zawiadomiono Spółkę o uwzględnieniu korekt deklaracji za objęte tym postępowaniem okresy rozliczeniowe oraz wskazano, że faktury wystawione przez B. O. i P. I. Sp. z o.o. na rzecz Spółki dotyczą czynności, które nie zostały dokonane przez wystawcę, a których celem było wygenerowanie dla jej odbiorców nieprawdziwych kwot podatku naliczonego w zakresie podatku od towarów i usług.

W toku ww. postępowania podatkowego prowadzonego przez Naczelnika Kujawsko-Pomorskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Toruniu, Spółka wnioskiem z dnia 11 sierpnia 2025 r. wystąpiła do Naczelnika Drugiego Urzędu Skarbowego w Toruniu z żądaniem stwierdzenia nadpłaty w podatku od towarów i usług za te same okresy rozliczeniowe, za które Spółka złożyła 23 maja 2024 r. skuteczne korekty deklaracji VAT w trybie art. 62 ust. 4 ustawy o KAS, tj. IV kwartału 2019 r. oraz I, II, III kwartału 2020 r. Wraz z wnioskiem o stwierdzeniem nadpłaty Spółka złożyła korekty JPK bez korekty deklaracji VAT. Natomiast dopiero w odpowiedzi na pismo Naczelnika Drugiego Urzędu Skarbowego w Toruniu z 1 września 2025 r. - wezwanie do usunięcia braku formalnego, Spółka 9 września 2025 r. złożyła korekty deklaracji VAT-7 za IV kwartał 2019 r. oraz I, II, III kwartał 2020 r.

Zgodnie z treścią wniosku o stwierdzenie nadpłaty bezpośrednim powodem dokonania korekt JPK była obawa Spółki przed zajęciem jej kont bankowych, jak również przyjęcie przez Spółkę narracji Kujawsko-Pomorskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Toruniu o tym, że faktury wystawione przez I. Sp. z o.o. nie dokumentują rzeczywistych transakcji gospodarczych. W ocenie Spółki, w świetle materiału dowodowego zgromadzonego w toku postępowań podatkowych w zakresie ustalenia dodatkowego zobowiązania w podatku od towarów i usług za okres od października 2019 r. do grudnia 2020 r. oraz za okres od stycznia 2021 r. do sierpnia 2021 r., bezsporny jest fakt wykonania na jej rzecz usług przez I. Sp. z o.o. Spółka wskazała, że dokonanie korekt JPK potwierdza istnienie i skorzystanie przez Spółkę z prawa do odliczenia podatku naliczonego w pierwotnie złożonych przez nią JPK.

Mając na uwadze powyższe, Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w Bydgoszczy podzielił stanowisko organu pierwszej instancji, że wobec uprzedniego złożenia przez Spółkę korekt deklaracji w trybie art. 62 ust. 4 ustawy o Krajowej Administracji Skarbowej (uwzględnionych przez Naczelnika Kujawsko- Pomorskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Toruniu), Spółka nie była uprawniona do ponownego złożenia korekt deklaracji dla podatku od towarów i usług za okresy objęte zakończoną kontrolą celno-skarbową. Tym samym złożone przez Spółkę 9 września 2025 r. korekty deklaracji są korektami, o których mowa w art. 83 ust. 1c powołanej ustawy, przewidującym ich bezskuteczność, przy czym w sprawie nie zachodzą przesłanki wymienione w art. 83 ust. 1d ww. ustawy, wyłączające stosowanie przepisu ust. 1c.

W tym stanie rzeczy, w ocenie Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Bydgoszczy, organ pierwszej instancji zasadnie odmówił stwierdzenia nadpłaty w podatku od towarów i usług za IV kwartał 2019 r. oraz ł, II, III kwartał 2020 r.

W związku z powyższym, zdaniem organu odwoławczego, nieuzasadnione są zarzuty dotyczące naruszenia art. 83 ust 1c ustawy o KAS w zw. z art. 122 § 1 Ordynacji podatkowej, poprzez przyjęcie, że złożone przez Stronę korekty z 9 września 2025 r. są niedopuszczalne, ponieważ przewidują cofnięcie ustaleń kontroli celno-skarbowej, a w konsekwencji również bezpodstawne są zarzuty naruszenia art. 72 § 1 pkt 1 i § 2 pkt 1, art. 73 § 1 pkt 1, art. 75 § 2 Ordynacji podatkowej, poprzez nieuzasadnione przyjęcie, że wpłaty dokonane przez Stronę nie stanowią nadpłaty.

Zdaniem Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Bydgoszczy niezasadna jest argumentacja Spółki, że nie istnieje "zakaz ponownej korekty" w sytuacji, gdy podatnik skorygował swoje rozliczenia w trybie art. 62 ust. 4 ustawy o KAS, albowiem ponowna korekta nie powoduje "cofnięcia ustaleń kontroli celno-skarbowej".

W szczególności nieuprawnione są wnioski Spółki, że skoro w przypadku korekty w trybie art. 62 ust. 4 ustawy o KAS nie stosuje się przepisów art. 82 ust. 1-5 tej ustawy, to oznacza, że nie stosuje się m.in. art. 83 ust. 1c ww. ustawy, a więc ponowne skorygowanie deklaracji po takim zakończeniu kontroli celno-skarbowej wywołuje skutki prawne w całym zakresie. Wbrew twierdzeniom zawartym w odwołaniu brzmienie przepisu art. 62 ust. 4b i 4c ustawy o KAS nie wyklucza możliwości zastosowania art. 83 ust. 1c tej ustawy. Przepis art. 83 ust. 1c zdanie pierwsze ustawy o KAS odnosi się do każdego sposobu zakończenia kontroli celno-skarbowej w drodze korekty (w trybie art. 62 ust. 4 lub art. 82 ust. 3 ustawy o KAS), gdyż ustawodawca nie zawarł żadnych ograniczeń w treści tego przepisu.

Tym samym, w ocenie organu odwoławczego, niezasadna jest argumentacja Spółki, że skoro ustawodawca nie ustanowił wprost zakazu złożenia ponownej korekty deklaracji po zakończeniu kontroli celno-skarbowej w trybie art. 62 ust. 4c powołanej ustawy - to taka powtórna korekta deklaracji (korygująca deklarację skorygowaną pierwotnie po otrzymaniu zawiadomienia o wszczęciu kontroli celno-skarbowej) jest możliwa i skuteczna.

Zdaniem Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Bydgoszczy, skoro ustawodawca przewidział w art. 62 ust. 4b i 4c ustawy o KAS zawiadomienie podatnika o uwzględnieniu korekty, oznacza to, że korekta deklaracji podlega ocenie organu i wówczas organ stwierdza nieprawidłowości w przestrzeganiu przepisów prawa podatkowego. Co więcej, złożenie korekt deklaracji w trybie art. 62 ust. 4 ustawy o KAS już świadczy o tym, że korygowane deklaracje dotknięte były wadą. Choć nie zostało przeprowadzone postępowanie zmierzające do określenia w prawidłowej wysokości zobowiązania w podatku od towarów i usług za poszczególne okresy rozliczeniowe - zgodnie z art. 21 § 3 Ordynacji podatkowej, to jednak sama Spółka uznała te konkretne faktury za takie, które nie mogły posłużyć do pomniejszenia podatku należnego.

W ocenie Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Bydgoszczy, jeżeli Spółka w związku z wszczętą kontrolą celno-skarbową dobrowolnie złożyła za przedmiotowe okresy rozliczeniowe korekty deklaracji, z których wyeliminowała podatek naliczony z faktur wystawionych przez I. Sp. z o.o., to sama uznała nieprawidłowość tych faktur.

Organ zauważył, że przywoływany przez Spółkę w odwołaniu art. 87 ust. 1 ustawy o KAS, odnosi się do podjęcia postępowania przez naczelnika urzędu celno-skarbowego, zatem nie ma zastosowania w postępowaniu podatkowym wszczętym z wniosku Spółki o stwierdzenie nadpłaty za IV kwartał 2019 r. oraz I-III kwartał 2020 r. skierowanym do Naczelnika Drugiego Urzędu Skarbowego w Toruniu. Niemniej jednak organ wyjaśnił, że wskazany przepis nie dotyczy sytuacji, w których podatnik nie ma uprawnienia do złożenia korekty deklaracji, a taką szczególną regulacją jest sporny przepis art. 83 ust. 1c ustawy o KAS.

Jednocześnie organ zgodził się ze stanowiskiem Spółki, że możliwa jest korekta deklaracji, która nie cofa ustaleń kontroli celno-skarbowej. Organ wskazał na uzasadnienie projektu ustawy z dnia 9 listopada 2018 r. o zmianie ustawy o Krajowej Administracji Skarbowej oraz niektórych innych ustaw, z którego wynika, że zmiany w art. 83 mają na celu doprecyzowanie i uzupełnienie norm dotyczących zakończenia kontroli celno-skarbowej realizowanej w celu sprawdzenia przestrzegania przepisów prawa podatkowego w przypadkach, w których istnieje konieczność wydania decyzji ustalających oraz wprowadzenie przepisu mającego na celu, aby uprawnienie do skorygowania deklaracji nie było wykorzystywane do cofania ustaleń kontroli. Z powyższego wynika, że zmiany te dotyczą przypadków, w których istnieje konieczność wydania decyzji ustalających.

Dyrektor stwierdził, że w świetle przepisu art. 83 ust. 1 pkt 3 ustawy o KAS, dla przekształcenia zakończonej kontroli celno-skarbowej w postępowanie podatkowe w zakresie ustalenia dodatkowego zobowiązania podatkowego w podatku od towarów i usług nie ma znaczenia, czy kontrola celno-skarbowa zakończona została wynikiem kontroli, o którym mowa w art. 82 ust. 1 ustawy o KAS, czy też zawiadomieniem o uwzględnieniu korekty deklaracji, o którym mowa w art. 62 ust. 4c ustawy o KAS. I jedna i druga czynność kończy kontrolę celno-skarbową w rozumieniu art. 83 ust. 1 ustawy o KAS.

Odnosząc się do argumentacji Spółki zawartej w odwołaniu, że bez względu na to, jak Spółka obecnie ocenia ustalenia kontroli celno-skarbowej w świetle "obrazu sytuacji" uzyskanego w toku postępowania dotyczącego nałożenia dodatkowego zobowiązania podatkowego, skoro złożyła korektę deklaracji podatkowej uwzględniającą te ustalenia, to sama zrezygnowała z możliwości ponownego badania kwestii prawidłowości rozliczenia w postępowaniu podatkowym organ odwoławczy podkreślił, że obowiązujące przepisy zasadniczo nie przewidują żadnego dodatkowego trybu weryfikacji ustaleń kontroli celno-skarbowej, jeżeli zostały zaakceptowane przez kontrolowany podmiot poprzez złożenie w odpowiednim terminie korekty deklaracji podatkowej. Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w Bydgoszczy nie podzielił zatem argumentacji, iż odmowa uwzględnienia korekty dokonanej przez Spółkę w niniejszej sprawie ma charakter rozszerzający.

Zdaniem organu odwoławczego, mając na uwadze art. 83 ust. 1c ustawy o KAS oraz ww. art. 81b § 2a Ordynacji podatkowej organ pierwszej instancji zasadnie stwierdził bezskuteczność korekt deklaracji VAT-7K złożonych przez Spółkę 9 września 2025 r. za IV kwartał 2019 r. oraz I, II, III kwartał 2020 r. W konsekwencji Naczelnik Drugiego Urzędu Skarbowego w Toruniu zasadnie odmówił stwierdzenia nadpłaty za IV kwartał 2019 r. oraz I, II, III kwartał 2020 r. w żądanych wysokościach.

Skarżąca pismem z 9 marca 2026 r. zaskarżyła do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Bydgoszczy decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Bydgoszczy z 29 stycznia 2026 r. Zaskarżonej decyzji zarzuciła naruszenie przepisów prawa procesowego mających istotny wpływ na wynik sprawy, tj.:

- art. 233 § 1 pkt 1 w zw. z art. 187 i art. 122, art. 124 oraz art. 125 Ordynacji podatkowej, poprzez utrzymanie w mocy przez Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Bydgoszczy decyzji organu pierwszej instancji, w konsekwencji przyjęcia, iż ustalenia poczynione w ramach postępowania podatkowego są zgodne z obowiązującymi przepisami, podczas gdy w sprawie dokonano nieprawidłowej interpretacji i zastosowania przepisów ustawy o Krajowej Administracji Skarbowej w zakresie art. 62 ust. 4, ust. 4b i ust. 4c tej ustawy, co w konsekwencji spowodowało nieuprawnioną odmowę stwierdzenia nadpłaty w podatku od towarów i usług. Powyższe spowodowało, że organy podatkowe nie dokonały merytorycznego rozstrzygnięcia w niniejszej sprawie, a w konsekwencji tego prawda obiektywna nie została ustalona i tym samym wydane decyzje należy ocenić, jako przedwczesne,

- art. 233 § 1 pkt 1 w zw. z art. 120, art. 121 § 1 Ordynacji podatkowej, wobec utrzymania w mocy decyzji organu pierwszej instancji w sytuacji, gdy organ ten przeprowadził postępowanie podatkowe w sposób podważający zaufanie do organów podatkowych, co przejawia się przede wszystkim w tym, że usilnie dążono do udowodnienia z góry przyjętej tezy mającej na celu nieuprawnioną odmowę stwierdzenia nadpłaty. Powyższe działanie wynikało z błędnej interpretacji oraz zastosowania przepisów ustawy o Krajowej Administracji Skarbowej. Na kanwie niniejszej sprawy Naczelnik Kujawsko-Pomorskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Toruniu zobowiązany był do wydania zawiadomienia o uwzględnieniu korekt, co jednak nie zostało uczynione, gdyż wydano wynik kontroli. W konsekwencji tego naruszenia organy podatkowe błędnie przyjmują, że Skarżąca nie miała prawa do ponownego złożenia korekt rozliczeń na potrzeby podatku od towarów i usług, co spowodowało brak merytorycznego rozpoznania wniosku o stwierdzenie nadpłaty,

- art. 210 § 4 w zw. z art. 187 § 1 i art. 191 oraz w zw. z art. 124 Ordynacji podatkowej, poprzez wadliwe uzasadnienia spornych decyzji polegające na niewskazaniu faktów, które organy podatkowe uznały za udowodnione, dowodów, którym dano wiarę oraz przyczyn, dla których innym dowodom odmówiły wiarygodności. Przedmiotowe naruszenie wynika z błędnego przyjęcia, jakoby Skarżąca nie posiadała prawa do złożenia korekt rozliczeń na potrzeby podatku od towarów i usług za okres od IV kwartału 2019 r. do III kwartału 2020 r.

- art. 210 § 1 pkt 6 i § 4 w zw. z art. 120, art. 121 § 1 i art. 124 Ordynacji podatkowej, z uwagi na to, że treść rozstrzygnięcia zarówno organu pierwszej, jak i drugiej instancji nie spełnia wymagań określonych w ww. przepisach, co przejawia się tym, że organy podatkowe: nie dokonały merytorycznej oceny w zakresie uwzględnionych w rozliczeniach faktur; w konsekwencji powyższych naruszeń - nie podjęły działań mających na celu ustalenie prawdy obiektywnej (czy to samodzielnie w ramach prowadzonego postępowania podatkowego w zakresie stwierdzenia nadpłaty, czy też poprzez wystąpienie do Naczelnika Kujawsko- Pomorskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Toruniu), w treści uzasadnienia skarżonych decyzji powołały się na błędną interpretację przepisów ustawy o Krajowej Administracji Skarbowej, co doprowadziło do nieprawidłowego, a przede wszystkim - w tych okolicznościach faktycznych - niezgodnego z prawem rozstrzygnięcia,

- art. 127 w zw. z art. 120 i art. 121 § 1 Ordynacji podatkowej, poprzez przeprowadzenie postępowania podatkowego w sposób rażąco naruszający zasadę dwuinstancyjności i zaufania do organów podatkowych przejawiające się przede wszystkim tym, że Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w Bydgoszczy w ramach ponownego i merytorycznego rozpatrzenia sprawy nie dokonał prawidłowej oceny argumentów wskazywanych przez Skarżącą w zakresie możliwości prawnych skutecznego złożenia korekt w podatku od towarów i usług. Lakonicznie i blankietowo bowiem powielone zostały argumenty zaprezentowane przez organ pierwszej instancji. Powyższe naruszenie miało istotny wpływ na wynik sprawy, albowiem spowodowało, że nie dokonano właściwej instancyjnej kontroli rozstrzygnięcia, a tym samym w sposób rażący i kwalifikowany doszło do naruszenia obowiązujących zasad ogólnych,

a także przepisów prawa materialnego, mających istotny wpływ na wynik sprawy, tj.:

- art. 72 § 1 pkt 1 i § 2 pkt 1, art. 72 § 1 pkt 1 i art. 75 Ordynacji podatkowej, wobec odmowy stwierdzenia nadpłaty w sytuacji, gdy organy podatkowe oparły swoje rozstrzygnięcie na nieprawidłowej interpretacji i zastosowaniu przepisów ustawy o Krajowej Administracji Skarbowej. Na kanwie niniejszej sprawy nie dokonano jednocześnie merytorycznej oceny złożonego wniosku, a tym samym uznać należało, że brak było podstaw do wydania kwestionowanych rozstrzygnięć.

Mając powyższe okoliczności na uwadze Skarżąca wniosła o uchylenie w całości decyzji Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Bydgoszczy z 29 stycznia 2026 r. oraz poprzedzającej ją decyzji Naczelnika Drugiego Urzędu Skarbowego w Toruniu z dnia 29 października 2025 r. i przekazanie sprawy do ponownego rozpoznania.

W odpowiedzi na skargę wniesiono o jej oddalenie.

Wojewódzki Sąd Administracyjny zważył, co następuje:

Zgodnie z art. 1 § 1 i § 2 ustawy z dnia 25 lipca 2002 r. – Prawo o ustroju sądów administracyjnych (Dz.U. z 2024 r., poz. 1267), sądy administracyjne kontrolują prawidłowość zaskarżonych aktów administracyjnych, między innymi decyzji ostatecznych, przy uwzględnieniu kryterium ich zgodności z prawem. Decyzja podlega uchyleniu, jeśli sąd stwierdzi naruszenie prawa materialnego w stopniu mającym wpływ na wynik sprawy, naruszenie prawa dające podstawę do wznowienia postępowania lub inne naruszenie przepisów postępowania, jeżeli mogło ono mieć istotny wpływ na wynik sprawy, o czym stanowi art. 145 § 1 pkt 1 lit. a) - c) ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz.U. z 2026 r. poz. 143) – dalej: "p.p.s.a." – lub też naruszenie prawa będące podstawą stwierdzenia nieważności decyzji (art. 145 § 1 pkt 2 p.p.s.a.). W myśl natomiast art. 134 § 1 p.p.s.a., sąd rozstrzyga w granicach danej sprawy nie będąc jednak związany zarzutami i wnioskami skargi oraz powołaną podstawą prawną, z zastrzeżeniem art. 57a, które to ograniczenie nie ma zastosowania w rozpatrywanej sprawie. W razie nieuwzględnienia skargi w całości albo w części, sąd oddala skargę odpowiednio w całości albo w części, na podstawie art. 151 p.p.s.a.

Oceniając zaskarżoną decyzję z punktu widzenia jej zgodności z prawem stwierdzić należy, że nie narusza ona prawa w stopniu nakazującym wyeliminowanie jej z obrotu prawnego.

Spór między stronami w niniejszej sprawie dotyczy zasadności odmowy Skarżącej stwierdzenia nadpłaty w podatku od towarów i usług za poszczególne kwartały od IV kw. 2019 r. do III kw. 2020 r., w wysokości wynikającej z wniosku z dnia 11 sierpnia 2025 r. jako następstwa uznania bezskuteczności korekt deklaracji dla tego podatku złożonych w dniu 9 września 2025 r. z tej przyczyny, że w ocenie organów przewidują one cofnięcie ustaleń kontroli celno-skarbowej.

Z akt sprawy wynika, że Skarżąca w toku kontroli celno-skarbowej w dniu 23 maja 2024 r. dokonała korekty deklaracji podatkowych dla podatku od towarów i usług za okresy kolejne rozliczeniowe od IV kw. 2019 r. do III kw. 2020 r., dokonując jednocześnie zapłaty podatku wraz z odsetkami za zwłokę. Następnie wnioskiem z dnia 11 sierpnia 2025 r. wystąpiła z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty dokonując na wezwanie organu kolejnych korekt powyższych rozliczeń, których efektem było przywrócenie ich do postaci sprzed korekty z dnia 23 maja 2024 r.

W ocenie organów złożone w dniu 9 września 2025 r. korekty były bezskuteczne, ponieważ prowadziły do cofnięcia ustaleń kontroli celno-skarbowej, co w efekcie oznacza, że nie było podstaw do stwierdzenia nadpłaty, której Spółka żądała we wniosku z dnia 11 sierpnia 2025 r.

Z tym stanowiskiem nie zgodziła się Skarżąca wskazując, że organy nie dokonały merytorycznego rozstrzygnięcia w sprawie i nie dokonując stosownych ustaleń uznały ponowną korektę za cofającą ustalenia kontroli celno-skarbowej. Jednocześnie organ kontroli wydał wynik kontroli, podczas, gdy był on zobowiązany do wydania jedynie zawiadomienia o uwzględnieniu korekt.

W ocenie Sądu w zaistniałym sporze należy przychylić się do stanowiska organów podatkowych.

Zgodnie z art. 62 ust. 4 ustawy o KAS w zakresie kontroli przestrzegania przepisów prawa podatkowego kontrolowanemu przysługuje uprawnienie do złożenia deklaracji lub korekty deklaracji w zakresie objętym tą kontrolą w terminie 14 dni od dnia doręczenia upoważnienia do przeprowadzenia kontroli celno-skarbowej. Deklaracja i korekta deklaracji złożone po upływie tego terminu, a przed zakończeniem kontroli celno-skarbowej nie wywołują skutków prawnych.

Jednocześnie w myśl art. 83 ust. 1c ustawy o KAS skorygowanie deklaracji ani ponowne skorygowanie deklaracji po zakończeniu kontroli celno-skarbowej nie wywołują skutków prawnych w zakresie, w jakim dokonana korekta przewiduje cofnięcie ustaleń kontroli celno-skarbowej. Organ zawiadamia na piśmie składającego korektę o jej bezskuteczności.

Skarżąca kwestionuje prawidłowość postępowania z uwagi na fakt wydania wyniku kontroli, mimo że złożone w 2024 r. korekty w trybie art. 62 ust. 4 ustawy o KAS, co w świetle art. 62 ust. 4b ustawy o KAS naczelnik urzędu celno-skarbowego uwzględniając złożone korekty winien poprzestać na doręczeniu Spółce zawiadomienia o uwzględnieniu korekty deklaracji.

W toku postępowania zainicjowanego wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty Naczelnik Drugiego Urzędu Skarbowego w Toruniu uzyskał informację, że Spółka została zawiadomiona o uwzględnieniu korekt deklaracji za okres od IV kw. 2019 r. do III kw. 2020 r. w treści doręczonych jej: wyniku kontroli z dnia 18 czerwca 2024 r. oraz postanowieniu z dnia 5 listopada 2024 r. o przekształceniu kontroli celno-skarbowej w postępowanie podatkowe.

Odnosząc się do zakwestionowania przez Spółkę wydania w ogóle wyniku kontroli należy zgodzić się z organem, że w okolicznościach sprawy, w których kontrola celno-skarbowa została wszczęta wobec Skarżącej w zakresie podatku od towarów i usług za okresy rozliczeniowe od października 2019 r. do grudnia 2020 r. Z kolei korekty deklaracji złożone 23 maja 2024 r., tj. w 14-dniowym terminie przewidzianym w art. 62 ust. 4 ustawy o KAS dotyczyły rozliczenia podatku od towarów i usług za IV kwartał 2019 r. oraz I, II, III kwartał 2020 r. (okresy rozliczeniowe objęte następnie wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty), podczas gdy korekty deklaracji VAT-7 za pozostałe miesiące: październik, listopad i grudzień 2020 r. zostały złożone dopiero 29 maja 2024 r., tj. po upływie ww. terminu. Zatem przedmiotowa kontrola celno-skarbowa nie mogła zakończyć się zawiadomieniem o uwzględnieniu korekt, bowiem skutecznie złożone korekty nie uwzględniały wszystkich okresów rozliczeniowych objętych zakresem tej kontroli. W związku z powyższym, wbrew stanowisku Skarżącej, istniała podstawa prawna do wydania wyniku kontroli. Nie budzi przy tym wątpliwości, że Spółka została zawiadomiona o uwzględnieniu korekt deklaracji za okresy rozliczeniowe objęte wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty.

Skarżąca podnosi także, że nie poczyniono żadnych ustaleń uzasadniających następcze przyjęcie, że korekty deklaracji z dnia 9 września 2025 r. przewidują cofnięcie ustaleń kontroli celno-skarbowej.

Jak wynika z treści wyniku kontroli w jej toku Spółka pismem z dnia 9 maja 2024 r. została poinformowana, że w następstwie przeprowadzonych czynności analitycznych ustalono, że mogła ona w okresie od października 2019 r. do grudnia 2020 r. zawyżyć wartość netto nabyć na kwotę 1.458.520,50 zł oraz podatku naliczonego w kwocie 335.459,72 zł w związku z przyjęciem do rozliczenia 15 faktur VAT wystawionych przez B. O. i P. I. Sp. z o.o. w T.. W ocenie Sądu należy podzielić stanowisko organu, że przytoczona treść tego pisma stanowiła wyraz ustaleń, które stały się podstawą do wszczęcia tej kontroli. Należy podkreślić, że 14-dniowy termin dla dokonania korekty deklaracji przewidziany w art. 62 ust. 4 ustawy o KAS biegnie od dnia doręczenia upoważnienia do przeprowadzenia kontroli celno-skarbowej. Jest to stosunkowo krótki termin na, jak wskazuje Skarżąca, poczynienie ustaleń, z którymi podatnik się zapozna i dokona ich oceny. Rozwiązanie przyjęte na gruncie powyższego przepisu, na co zasadnie zwraca organ uwagę z powołaniem na literaturę, zakłada przedstawienie kontrolowanemu racjonalnych argumentów przemawiających za złożeniem korekty deklaracji, z powołaniem się na stosowne przepisy prawa materialnego, które będą uzasadniały stanowisko organu, może umożliwić osiągnięcie pozytywnego skutku kontroli - przekonanie kontrolowanego do stanowiska organu oraz dobrowolnego skorygowania deklaracji. Jednocześnie złożenie korekty deklaracji, w tym trybie musi wynikać z działania niezgodnego z prawem, prawidłowo wskazanego przez organ kontrolny. Nie budzi przy tym wątpliwości, że działanie Spółki w zakresie złożenia korekt deklaracji w dniu 23 maja 2024 r. miało charakter dobrowolny.

Jak wynika z przytoczonego wcześniej art. 83 ust. 1c ustawy o KAS bezskuteczne jest ponowne skorygowanie deklaracji po zakończeniu kontroli celno-skarbowej w zakresie, w jakim miałoby nastąpić cofnięcie ustaleń kontroli celno-skarbowej. Zamknięty katalog wyłączeń od zastosowania tego przepisu zawiera art. 83 ust. 1d ustawy o KAS, który przewiduje, że przepisu ust. 1c nie stosuje się do skorygowania deklaracji ani ponownego skorygowania deklaracji, jeżeli po zakończeniu kontroli celno-skarbowej zawiadomieniem o uwzględnieniu deklaracji lub korekty deklaracji:

1) skorygowanie deklaracji lub ponowne skorygowanie deklaracji wynika z orzeczenia wydanego po zakończeniu kontroli celno-skarbowej, które ma wpływ na ustalenia kontroli celno-skarbowej zawarte w wyniku kontroli;

2) ustalenia kontroli celno-skarbowej zawarte w wyniku kontroli były oparte na podstawie przepisu, o którego niezgodności z Konstytucją Rzeczypospolitej Polskiej, ustawą lub ratyfikowaną umową międzynarodową orzekł Trybunał Konstytucyjny;

3) skorygowanie deklaracji lub ponowne skorygowanie deklaracji ma na celu uniknięcie podwójnego opodatkowania tego samego dochodu lub majątku podatnika na terytorium Rzeczypospolitej Polskiej i terytorium innego państwa członkowskiego Unii Europejskiej lub terytorium innego państwa.

Jak zasadnie wskazały organy, w rozpoznawanej sprawie żadna z powyższych okoliczności nie wystąpiła.

Wbrew zarzutom skargi art. 83 ust. 1c ustawy o KAS znajduje zastosowanie także do zakończenia kontroli celno-skarbowej na podstawie art. 62 ust. 4c ustawy o KAS. Wskazuje na to jednoznaczne brzmienie przepisu art. 83 ust. 1c ustawy o KAS. Regulacja ta ma charakter ogólny i dotyczy każdego przypadku skorygowania deklaracji po zakończeniu kontroli celno-skarbowej. Na marginesie wskazać należy, że na tego rodzaju rozumienie wymienionego przepisu powołano się w projekcie nowelizacji ustawy o Krajowej Administracji Skarbowej. Omawiane rozwiązanie legislacyjne jest zrozumiałe, jeżeli uwzględni się fakt, że brak jest racjonalnych podstaw ku temu, aby różnicować sytuację podatników, którzy swym działaniem, w pełni dobrowolnym, doprowadzili do zakończenia kontroli celno-skarbowej, jedynie z powołaniem się na fakt, że pierwsza grupa podatników złożyła deklarację na wcześniejszym etapie kontroli celno-skarbowej (por. prawomocny wyrok WSA w Krakowie z dnia 30 marca 2026 r., sygn. akt I SA/Kr 42/26, publ. Centralna Baza Orzeczeń Sądów Administracyjnych, https://orzeczenia.nsa.gov.pl – podobnie jak pozostałe orzeczenia sądów administracyjnych powołane w dalszej części uzasadnienia). Jak ponadto wskazuje się w orzecznictwie ponowne skorygowanie deklaracji po zakończeniu kontroli celno-skarbowej nie wywołuje skutków prawnych w zakresie, w jakim dokonana korekta przewiduje cofnięcie ustaleń kontroli celno-skarbowej. Ustawodawca pozostawił podatnikowi wybór: może złożyć korektę deklaracji lub wejść w spór z organem podatkowym. Decyzja taka jest jednak nieodwracalna w skutkach (por. wyrok NSA z dnia 20 listopada 2024 r., sygn. akt II FSK 309/22).

Jednocześnie w świetle zebranego materiału dowodowego nie budzi wątpliwości, że ponowna – dokonana w 2025 r. – korekta rozliczeń w podatku od towarów i usług za okres od IV kw. 2019 r. do III kw. 2020 r. prowadziła do cofnięcia ustaleń kontroli celno-skarbowej zaaprobowanych przez Spółkę złożeniem skorygowanych deklaracji w dniu 23 maja 2024 r. Ponadto z treści wniosku o stwierdzenie nadpłaty wynika, że sama Spółka zmierzała do przywrócenia stanu rozliczeń w podatku od towarów i usług za okres objęty wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty z dnia 11 sierpnia 2025 r. do stanu sprzed korekt deklaracji z dnia 23 maja 2024 r.

Biorąc powyższe pod uwagę uznać należy, że w rozpoznawanej sprawie organy podatkowe zasadnie odmówiły stwierdzenia nadpłaty w podatku od towarów i usług za poszczególne kwartały od IV kw. 2019 r. do III kw. 2020 r. Zatem nie znajdują uzasadnienia podniesione w skardze zarzuty naruszenia art. 72 § 1 pkt 1 i § 2 pkt 1, art. 72 § 1 pkt 1 i art. 75 Ordynacji podatkowej.

Zdaniem Sądu nie doszło także do naruszenia przepisów postępowania w stopniu uzasadniającym uchylenie zaskarżonej decyzji.

W ocenie Sądu stan faktyczny przyjęty w zaskarżonej decyzji jest prawidłowy i nie budził wątpliwości. Oceniając przeprowadzone w sprawie postępowanie Sąd zauważa, że na organy nałożony został obowiązek podjęcia wszelkich niezbędnych działań w celu dokładnego wyjaśnienia stanu faktycznego oraz załatwienia sprawy, czemu towarzyszy obowiązek zebrania i wyczerpującego rozpatrzenia całego materiału dowodowego (art. 122 i art. 187 § 1 Ordynacji podatkowej). Warunkiem prawidłowego ustalenia stanu faktycznego sprawy jest nie tylko zebranie wszystkich istotnych dla sprawy dowodów, ale również ich prawidłowa ocena. Poczynione ustalenia faktyczne, ocena dowodów oraz wskazanie podstawy prawnej decyzji powinny znaleźć swój wyraz w uzasadnieniach decyzji organów obu instancji zgodnie z wymogami art. 210 § 4 Ordynacji podatkowej.

Przede wszystkim należy stwierdzić, że postępowanie dowodowe w sprawach podatkowych ma na celu ustalenie rzeczywistego stanu faktycznego w kontekście określonej normy materialnego prawa podatkowego. Zasada zupełności materiału dowodowego z art. 187 § 1 Ordynacji podatkowej nie oznacza, że należy prowadzić postępowanie dowodowe nawet wówczas, gdy całokształt okoliczności ujawnionych w sprawie wystarcza do podjęcia rozstrzygnięcia. Jak wskazał organ w uzasadnieniu zaskarżonej decyzji postępowanie dowodowe w rozpoznawanej sprawie było ograniczone w zasadniczej mierze do weryfikacji, czy ponowna korekta deklaracji z dnia 9 września 2025 r., warunkująca rozpatrzenie wniosku o stwierdzenie nadpłaty z dnia 11 sierpnia 2025 r., spowodowała przywrócenie samoobliczenia tożsamego jak na dzień wszczęcie kontroli celno-skarbowej, tj. wprowadzenie do rozliczenia tych samych kwot zakupu oraz podatku naliczonego wykazanych w tych samych fakturach, które zostały uwzględnione w korekcie dokonanej 23 maja 2024 r. w trybie art. 62. ust. 4 ustawy o KAS. W ocenie Sądu postępowanie dowodowe w rozpoznawanej sprawie zasadnie było ograniczone do weryfikacji, czy ponowna korekta zeznania była dopuszczalna w świetle przepisów art. 83 ust. 1c i 1d ustawy KAS.

Jednocześnie zasadę przekonywania (art. 124 Ordynacji podatkowej), której naruszenie objęto zarzutami skargi, rozumieć należy w ten sposób, że uzasadnienie rozstrzygnięcia musi zawierać argumentację odzwierciedlającą sposób rozumowania organu – i wymóg ten w niniejszej sprawie został przez organ spełniony. Zasada ta nie polega natomiast na tym, że uzasadnienie decyzji lub postanowienia musi przekonać stronę do racji organu. Wystarczające jest to, aby organ w sposób jasny przedstawił swoją argumentację.

Mając powyższe na uwadze, wobec niezasadności podniesionych w skardze zarzutów, Sąd na podstawie art. 151 p.p.s.a. oddalił skargę.

T. Wójcik H. Adamczewska-Wasilewicz J. Ziołek