Ponowna korekta VAT po kontroli celno-skarbowej bezskuteczna. Skarga oddalona

W piśmie z 11 sierpnia 2025 r. T. Sp. z o.o. w T. ("Skarżąca", "Spółka", "Strona") zwróciła się do Naczelnika Kujawsko-Pomorskiego Urzędu Skarbowego w Bydgoszczy z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty w podatku od towarów i usług za miesiące od grudnia 2019 r. do sierpnia 2020 r. oraz od listopada 2020r. do sierpnia 2021r. w łącznej kwocie 1.378.670 zł wraz z odsetkami za zwłokę w łącznej kwocie 630.272 zł. Spółka złożyła również korekty deklaracji VAT-7 m.in. za wskazane okresy rozliczeniowe.

Naczelnik Kujawsko-Pomorskiego Urzędu Skarbowego w Bydgoszczy, działając na podstawie art. 165a § 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2025 r., poz. 111 ze zm., dalej: "O.p."), postanowieniem z 10 września 2025 r. odmówił Spółce wszczęcia postępowania w sprawie stwierdzenia wnioskowanej nadpłaty. Nie zgadzając się z powyższym rozstrzygnięciem Spółka złożyła w ustawowym terminie zażalenie na wskazane postanowienie, wnosząc o jego uchylenie w całości oraz o zobligowanie Naczelnika do merytorycznego rozstrzygnięcia sprawy zainicjowanej żądaniem.

Postanowieniem z dnia 14 listopada 2025 r. Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w Bydgoszczy utrzymał w mocy postanowienie organu pierwszej instancji.

W uzasadnieniu organ wskazał, że spór dotyczy ustalenia, czy Naczelnik Kujawsko-Pomorskiego Urzędu Skarbowego w Bydgoszczy zasadnie stwierdził, że w świetle art. 83 ust. 1c ustawy z 16 listopada 2016 r. o Krajowej Administracji Skarbowej

(Dz.U. z 2025 r., poz. 1131, dalej: "uKAS" , "ustawa o KAS"), złożenie przez Spółkę korekt deklaracji dla podatku od towarów i usług m.in. za miesiące od grudnia 2019 r. do sierpnia 2020 r. oraz od listopada 2020 r. do sierpnia 2021 r. na podstawie art. 62 ust. 4 ustawy o KAS (uwzględnionych przez Naczelnika Kujawsko-Pomorskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Toruniu), skutkuje brakiem uprawnienia Spółki do – wywołującego skutki prawne – ponownego złożenia korekt deklaracji za wskazane miesiące, a tym samym, czy zasadnie stwierdził, że zaistniała przesłanka odmowy wszczęcia postępowania.

Z akt sprawy wynika, iż 9 maja 2024 r. Naczelnik Kujawsko-Pomorskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Toruniu wszczął wobec Spółki kontrolę celno-skarbową w zakresie podatku od towarów i usług za okresy rozliczeniowe od grudnia 2019 r. do grudnia 2020 r. oraz w zakresie podatku od towarów i usług za miesiące od stycznia 2021 r. do września 2021 r. Spółka 23 maja 2024 r. złożyła korekty deklaracji dla podatku od towarów i usług za okresy rozliczeniowe objęte kontrolą celno- skarbową. Złożone korekty deklaracji były dobrowolne i spowodowały zakończenie kontroli celno-skarbowej. Naczelnik Kujawsko-Pomorskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Toruniu pismami z 10 czerwca 2024 r. zawiadomił Spółkę o uwzględnieniu złożonych 23 maja 2024 r. korekt deklaracji oraz poinformował Spółkę, iż doręczenie zawiadomienia o uwzględnieniu korekty deklaracji kończy kontrolę celno-skarbową. W dniu 19 listopada 2024 r. Naczelnik Kujawsko-Pomorskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Toruniu wszczął postępowania podatkowe w zakresie ustalenia Spółce dodatkowego zobowiązania w podatku od towarów i usług za okresy rozliczeniowe odpowiednio od grudnia 2019 r. do grudnia 2020 r. oraz od stycznia 2021 r. do sierpnia 2021 r. W dniu 11 sierpnia 2025 r., w toku prowadzonych przez Naczelnika postępowań podatkowych, Spółka złożyła ponowne korekty deklaracji VAT-7 za wskazane okresy rozliczeniowe oraz wystąpiła z żądaniem stwierdzenia nadpłaty w podatku od towarów i usług za miesiące od grudnia 2019 r. do sierpnia 2020 r. oraz od listopada 2020 r. do sierpnia 2021 r. Pismem z 19 sierpnia 2025 r. Naczelnik Kujawsko-Pomorskiego Urzędu Skarbowego w Bydgoszczy, powołując się na art. 83 ust. 1c uKAS, zawiadomił Spółkę, iż złożone 11 sierpnia 2025 r. korekty deklaracji dla podatku od towarów i usług za wskazane okresy rozliczeniowe, objęte zakończonymi kontrolami celno-skarbowymi są bezskuteczne i nie wywołują skutków prawnych.

Zdaniem Dyrektora Izby Administracji Skarbowej, organ pierwszej instancji trafnie uznał, że wobec uprzedniego złożenia przez Spółkę korekt deklaracji w trybie art. 62 ust. 4 uKAS (uwzględnionych przez Naczelnika Kujawsko-Pomorskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Toruniu), Spółka nie była uprawniona do ponownego złożenia korekt deklaracji dla podatku od towarów i usług za okresy objęte zakończoną kontrolą celno-skarbową. Tym samym złożone przez Spółkę 11 sierpnia 2025 r. korekty deklaracji są korektami, o których mowa w art. 83 ust. 1c uKAS, przewidującym ich bezskuteczność, przy czym w sprawie nie zachodzą przesłanki wymienione w art. 83 ust. 1d uKAS, wyłączające stosowanie ust. 1c.

W tym stanie rzeczy, w ocenie Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w sprawie zaistniała przesłanka uniemożliwiająca wszczęcie na wniosek Spółki postępowania w sprawie stwierdzenia nadpłaty, którą stanowią szczególne regulacje prawne ograniczające możliwość dokonywania korekt deklaracji zawarte w art. 83 ust. 1c uKAS. Zdaniem Dyrektora Izby Administracji Skarbowej niezasadna jest argumentacja Spółki, że "zakaz ponownej korekty deklaracji" dotyczy wyłącznie sytuacji, w której po zawiadomieniu o przeprowadzeniu kontroli, była ona faktycznie prowadzona i został wydany wynik kontroli, po doręczeniu którego kontrolowany skorygował deklaracje zgodnie z ustaleniami kontroli, natomiast omawiany zakaz nie ma zastosowania do ponownej korekty deklaracji, dokonanej po pierwotnej korekcie deklaracji, o której mowa w art. 62 ust. 4 uKAS, albowiem taka ponowna korekta nie powoduje "cofnięcia ustaleń kontroli celno-skarbowej".

Organ wskazał, iż w art. 83 ust. 1c uKAS ustawodawca wyłącza prawo do wywołującego skutki prawne ponownego korygowania deklaracji podatkowych po zakończeniu kontroli celno-skarbowej, bez wskazania na sposób jej zakończenia. Innymi słowy art. 83 ust. 1c uKAS nie wskazuje wprost na sposób zakończenia kontroli celno-skarbowej, lecz na sam fakt jej zakończenia. Zatem wbrew twierdzeniom Spółki powyższa regulacja odnosi się do każdego sposobu zakończenia kontroli celno- skarbowej, w tym również do zakończenia kontroli celno-skarbowej, tak jak w niniejszej sprawie, w trybie art. 62 ust. 4c uKAS, przez doręczenie Spółce zawiadomienia o uwzględnieniu korekt deklaracji, tj. bez sporządzenia wyniku kontroli. Słuszność takiego stanowiska organów podatkowych obu instancji znajduje potwierdzenie w uzasadnieniu do projektu ustawy o zmianie uKAS (druk 1231 z 6 maja 2025 r.). Tym samym zarzut dotyczący naruszenia art. 83 ust. 1c uKAS przez jego bezpodstawne zastosowanie w sprawie jest w ocenie organu niezasadny. Z tych samych względów niezasadna jest argumentacja Spółki, że umiejscowienie przepisu dotyczącego zakazu dokonania ponownej korekty tylko wśród przepisów określających sytuację prawną po doręczeniu wyniku kontroli oraz fakt, że ustawodawca nie ustanowił wprost zakazu złożenia ponownej korekty deklaracji po zakończeniu kontroli celno-skarbowej w trybie art. 62 ust. 4c ustawy o KAS – powoduje, że taka powtórna korekta deklaracji (korygująca deklarację skorygowaną pierwotnie po otrzymaniu zawiadomienia o wszczęciu kontroli celno-skarbowej) jest możliwa i skuteczna.

Dyrektor Izby Administracji Skarbowej nie podzielił również argumentacji, iż w Spółce zakończyła się kontrola celno-skarbowa w trybie art. 62 ust. 4c uKAS, a w ustawie Ordynacja podatkowa nie ma zakazu korekt po zakończeniu kontroli. Zgodnie z art. 81 § 1 O.p., jeżeli odrębne przepisy nie stanowią inaczej podatnicy (...) mogą skorygować uprzednio złożoną deklarację. Taką szczególną regulacją są m.in. sporne przepisy art. 83 uKAS. Wskazują one bowiem na sytuacje, w których nie mogą być składane korekty deklaracji. Jeśli zatem strona nie ma uprawnienia do złożenia korekty deklaracji, a swoje uprawnienie z tej korekty wywodzi, to oczywistym jest, że wniosek o stwierdzenie nadpłaty nie może być rozpoznany na korzyść wnioskodawcy, gdyż stanowiłoby to obejście przepisów dotyczących skuteczności korekt. Organ pwołał się na pogląd wyrażony w wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego z 7 czerwca 2023r., sygn. akt II FSK 3016/20. W świetle powyższego, za taki odrębny przepis należy uznać powołany art. 83 ust. 1c uKAS.

W ocenie Dyrektora Izby Administracji Skarbowej niezasadne jest również stanowisko Spółki, iż żądanie, do którego powtórne korekty deklaracji są tylko "załącznikiem/dodatkiem do pisma procesowego – Żądania" winno być przez Naczelnika rozpatrzone merytorycznie, ponieważ nie istnieją przyczyny, o jakich mowa w art. 165a § 1 O.p., zarówno w sferze prawa materialnego, jak i procesowego, które stanowiłyby ku temu przeszkodę. Odnosząc się do powyższej argumentacji organ wskazał, iż zgodnie z art. 75 § 3 O.p., jeżeli z przepisów prawa podatkowego wynika obowiązek złożenia deklaracji, to podatnik równocześnie z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty jest obowiązany złożyć skorygowaną deklarację. Złożenie korekty deklaracji stanowi więc element konieczny wniosku o stwierdzenie nadpłaty w przypadku zobowiązań podatkowych, które powstają w sposób przewidziany w art. 21 § 1 pkt 1 O.p. Jeżeli zatem uprawnienie podatnika do złożenia korekty jest ograniczone, z jakiegoś powodu wyłączone, to tym samym nie może on skutecznie uruchomić postępowania w sprawie stwierdzenia nadpłaty. Innymi słowy wniosek o stwierdzenie nadpłaty, któremu nie towarzyszy złożenie skutecznej korekty deklaracji, gdyż taka korekta nie mogłaby być przez podatnika skutecznie złożona, nie może skutecznie wszcząć postępowania w sprawie stwierdzenia nadpłaty. Taka sytuacja wystąpiła w przedmiotowej sprawie. Złożenie przez Spółkę wraz z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty ponownych korekt deklaracji za wskazane okresy rozliczeniowe, nie wywołujących – w świetle art. 83 ust. 1c uKAS – skutków prawnych, stanowi przyczynę uniemożliwiającą wszczęcie w tej sprawie postępowania. Tym samym wbrew twierdzeniom Spółki brak jest podstaw do merytorycznego rozpatrzenia przedmiotowego wniosku Spółki o stwierdzenie nadpłaty.

W niniejszej sprawie czynności organu pierwszej instancji sprowadzały się wyłącznie do oceny skuteczności złożonych przez Spółkę korekt deklaracji, nie wkraczały w żaden etap/aspekt merytoryczny w zakresie zasadności procedowania w przedmiocie istnienia nadpłaty lub jej braku. Tym samym wobec stwierdzenia, że zaistniała przeszkoda procesowa do merytorycznego rozpoznania wniosku Spółki o stwierdzenie nadpłaty w postaci braku złożenia przez Spółkę skutecznych korekt deklaracji, organ pierwszej instancji zasadnie stwierdził, że należało wydać postanowienie o odmowie wszczęcia postępowania na podstawie art. 165a § 1 O.p., a więc rozstrzygnięcie o charakterze formalnym. Na skutek odmowy wszczęcia postępowania, organ podatkowy nie prowadzi postępowania podatkowego i nie rozstrzyga sprawy co do jej istoty (co do zgłoszonego żądania). Odmowa wszczęcia postępowania podatkowego w przypadku braku podstaw prawnych do merytorycznego rozpatrzenia żądania, w świetle art. 165a § 1 O.p., ma charakter obligatoryjny i nie jest pozostawiona uznaniu organu podatkowego.

Ponadto organ wskazał, że zażalenie Spółki z 9 września 2025 r. na pismo/zawiadomienie Naczelnika Kujawsko-Pomorskiego Urzędu Skarbowego w Bydgoszczy w przedmiocie bezskuteczności korekt deklaracji, otrzymane przez Spółkę 2 września 2025 r., podlegało rozpatrzeniu w ramach odrębnego postępowania, zakończonego postanowieniem Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Bydgoszczy z 29 października 2025 r. nr 0401-IOV2.4103.62.2025, wydanym na podstawie art. 228 § 1 pkt 1 O.p.

W skardze wniesiono o uchylenie postanowień organów obu instancji, zarzucając naruszenie:

- art. 165a § 1 O.p. przez jego bezpodstawne zastosowanie na skutek błędnego przyjęcia, iż złożone przez Spółkę żądanie stwierdzenia nadpłaty, złożone wraz korektami JPK/deklaracji VAT za miesiące wskazane w tym żądaniu, nie mogło skutecznie wszcząć postępowania podatkowego z tego powodu, iż w ocenie Dyrektora art. 83 ust. 1c uKAS, jest przeszkodą dla powtórnych korekt deklaracji VAT, czyli jest ową inną przyczyną uniemożliwiającą prowadzenie postępowania podatkowego wymienioną w art. 165a § 1 O.p. – w sytuacji, kiedy (w ocenie Spółki) istnieje przedmiot postępowania podatkowego i nie ma prawnych przeszkód, także na gruncie art. 83 ust. 1c uKAS, aby taki wniosek o wszczęcie postępowania podatkowego we skazanym zakresie uznać za zasadny i godny rozpatrzenia,

- art. 83 ust. 1c uKAS przez jego bezpodstawne zastosowanie w sprawie, z uwagi na brak analizy warunków jego stosowania w sprawie.

W odpowiedzi na skargę organ wniósł o jej oddalenie.

Wojewódzki Sąd Administracyjny zważył co następuje.

Na podstawie art. 1 § 1 i § 2 ustawy z 25 lipca 2002 r. Prawo o ustroju sądów administracyjnych (tekst jedn. Dz. U. z 2024 r., poz. 1267), sąd administracyjny sprawuje wymiar sprawiedliwości m.in. przez kontrolę działalności administracji publicznej. Kontrola ta sprawowana jest pod względem zgodności z prawem, jeżeli ustawy nie stanowią inaczej – a w sprawach podatkowych, sprawowana jest pod względem legalności, tj. oceny działań administracji podatkowej pod kątem przestrzegania przepisów postępowania i prawidłowości stosowanej wykładni przepisów prawa. Rola sądu administracyjnego sprowadza się do badania i ewentualnego korygowania działania lub zaniechania organów administracji publicznej, a nie zastępowania ich w załatwianiu spraw przez wydawanie końcowego rozstrzygnięcia w sprawie. Przepis art. 145 § 1 ustawy z dnia z 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz.U. z 2026 r., poz. 143, dalej "p.p.s.a."), ogranicza podstawy prawne uwzględnienia skargi do stwierdzenia naruszenia prawa materialnego, które miało wpływ na wynik sprawy, naruszenia prawa dającego podstawę do wznowienia postępowania administracyjnego oraz innego naruszenia przepisów postępowania, jeżeli mogło ono mieć istotny wpływ na wynik sprawy. Sąd administracyjny w oparciu o art. 134 § 1 p.p.s.a. rozstrzyga w granicach sprawy, nie będąc związany zarzutami i wnioskami skargi oraz powołaną podstawą prawną, z zastrzeżeniem art. 57a p.p.s.a., które to ograniczenie nie ma zastosowania, w rozpatrywanym przypadku (odnosi bowiem się do skarg dotyczących wydanych interpretacji indywidualnych).

Na wstępie należy zauważyć, że Sąd rozpoznał niniejszą sprawę na posiedzeniu niejawnym, w trybie uproszczonym. Jak stanowi art. 119 pkt 3 p.p.s.a. sąd może rozpoznać sprawę w trybie uproszczonym, gdy przedmiotem skargi jest postanowienie wydane w postępowaniu administracyjnym, na które służy zażalenie albo kończące postępowanie, a także postanowienie rozstrzygające sprawę co do istoty oraz postanowienie wydane w postępowaniu egzekucyjnym i zabezpieczającym, na które służy zażalenie. W kontrolowanej sprawie zaistniała przesłanka do rozpoznania sprawy w trybie uproszczonym. Przedmiot skargi kwalifikował sprawę do kategorii, o jakich mowa w art. 119 pkt 3 p.p.s.a. Rozpoznanie sprawy w trybie uproszczonym, na podstawie tego przepisu, jest przy tym niezależne od woli stron (por. wyrok NSA z dnia 11 czerwca 2019r., sygn. akt II OSK 1867/17).

Spór między stronami w swojej istocie dotyczy skuteczności ponownych korekt deklaracji podatkowych złożonych przez Stronę w dniu 11 sierpnia 2025r. i skuteczności złożonego wraz z tymi korektami wniosku o stwierdzenie nadpłaty w podatku od towarów i usług za miesiące od grudnia 2019r. do sierpnia 2020r. oraz od listopada 2020r. do sierpnia 2021r.

Z akt sprawy wynika, że Skarżąca po wszczęciu kontroli celno-skarbowej korzystając z uprawnienia wynikającego z art. 62 ust. 4 ustawy o KAS w dniu 23 maja 2024 r. dokonała korekty deklaracji podatkowych dla podatku od towarów i usług za okresy objęte kontrolą tj. za miesiące od grudnia 2019r. do sierpnia 2020r. oraz od listopada 2020r. do sierpnia 2021r. Naczelnik Kujawsko – Pomorskiego Urzędu Celno – Skarbowego w Toruniu pismami z dnia 10 czerwca 202r. zawiadomił Stronę o uwzględnieniu złożonych korekt deklaracji oraz poinformował, iż zawiadomienie to kończy kontrolę celno-skarbową. Następnie wnioskiem z dnia 11 sierpnia 2025 r. Skarżąca wystąpiła o stwierdzenie nadpłaty składając kolejne korekty powyższych rozliczeń, których efektem było przywrócenie ich do postaci sprzed korekty z dnia 23 maja 2024 r. W ocenie organów złożone w dniu 11 sierpnia 2025r. korekty były bezskuteczne, ponieważ prowadziły do cofnięcia ustaleń kontroli celno-skarbowej, co w efekcie oznacza, że nie było podstaw do wszczęcia postępowania w przedmiocie stwierdzenia nadpłaty, której Spółka żądała we wniosku z dnia 11 sierpnia 2025 r. Z tym stanowiskiem nie zgodziła się Skarżąca wskazując, że z uwagi na złożenie pierwotnych korekt w trybie art. 62 ust. 4 uKAS nie ma do nich zastosowania art. 83 ust. 1c uKAS wobec czego wniosek o stwierdzenie nadpłaty powinien być merytorycznie procedowany przez organ.

W ocenie Sądu w zaistniałym sporze należy przychylić się do stanowiska organów podatkowych.

Zgodnie z art. 62 ust. 1 uKAS wszczęcie kontroli celno-skarbowej następuje z urzędu, na podstawie upoważnienia do przeprowadzenia kontroli celno-skarbowej udzielonego kontrolującemu. Datą wszczęcia kontroli celno-skarbowej jest dzień doręczenia kontrolowanemu upoważnienia do przeprowadzenia kontroli celno-skarbowej (art. 62 ust. 2 uKAS). Z art. 62 ust. 4 ustawy o KAS wynika, natomiast, że w zakresie kontroli, o której mowa w art. 54 ust. 1 pkt 1, kontrolowanemu przysługuje w terminie 14 dni od dnia doręczenia upoważnienia do przeprowadzenia kontroli celno-skarbowej uprawnienie do skorygowania deklaracji w zakresie objętym tą kontrolą. Korekta deklaracji złożona po upływie tego terminu, a przed zakończeniem kontroli celno-skarbowej nie wywołuje skutków prawnych. Naczelnik urzędu skarbowego właściwy dla kontrolowanego niezwłocznie informuje naczelnika urzędu celno-skarbowego prowadzącego kontrolę celno-skarbową o złożonej korekcie deklaracji (art. 62 ust. 4a uKAS). Z kolei zgodnie z art. 62 ust. 4b uKAS w przypadku, gdy naczelnik urzędu celno-skarbowego uwzględnił złożoną przez kontrolowanego korektę deklaracji, kontrolowanemu doręcza się zawiadomienie o uwzględnieniu korekty deklaracji. Zawiadomienie o uwzględnieniu korekty deklaracji przesyła się do właściwego dla kontrolowanego naczelnika urzędu skarbowego. W myśl art. 62 ust. 4c. ustawy o KAS doręczenie kontrolowanemu zawiadomienia o uwzględnieniu korekty deklaracji kończy kontrolę celno-skarbową. W tym przypadku przepisów art. 82 ust. 1-5 nie stosuje się.

Po zakończeniu czynności kontrolnych dokonywanych w czasie kontroli celno-skarbowej prowadzonej w zakresie, o którym mowa w art. 54 ust. 1 pkt 1, sporządza się, z zastrzeżeniem art. 82a ust. 1, wynik kontroli. Doręczenie wyniku kontroli kończy kontrolę celno-skarbową (art. 82 ust. 1 uKAS). W terminie 14 dni od dnia doręczenia wyniku kontroli kontrolowany może skorygować w zakresie objętym kontrolą celno-skarbową uprzednio złożoną deklarację podatkową. Korekta deklaracji złożona po upływie tego terminu, a przed doręczeniem postanowienia, o którym mowa w art. 83 ust. 3, nie wywołuje skutków prawnych (art. 82 ust. 3 k.a.s.). Natomiast z art. 83 ust. 1c uKAS wynika, że ponowne skorygowanie deklaracji po zakończeniu kontroli celno-skarbowej nie wywołuje skutków prawnych w zakresie, w jakim dokonana korekta przewiduje cofnięcie ustaleń kontroli celno-skarbowej. Organ zawiadamia na piśmie składającego korektę o jej bezskuteczności.

Przenosząc powyższe na grunt kontrolowanej sprawy wskazać należy, że z uwagi na złożenie przez Stronę korekt deklaracji w terminie o jakim stanowi art. 62 ust. 4 uKAS brak było podstaw do sporządzenia wyniku kontroli. Zatem zgodzić się należy ze Stroną, iż nie istnieje dokument, który zawierałby informacje o stwierdzonych nieprawidłowościach. Nie oznacza to jednak, zdaniem Sądu, że brak jest ustaleń kontroli celno-skarbowej. Korekta deklaracji VAT-7 dotyczyła faktur wystawionych przez firmę B. Sp. z o.o. w zakresie podatku naliczonego odliczonego przez Skarżącą. Zatem Strona sama uznała, że faktury wystawione przez wskazany podmiot nie mogły stanowić podstawy do obniżenia podatku należnego o podatek naliczony w nich wykazany. Natomiast organ, aby zawiadomić Spółkę o uwzględnieniu korekt (pismo z dnia 10 czerwca 2024r., k. 11 akt admin.) musiał w pierwszej kolejności zweryfikować ich zasadność, ustalić czy faktycznie istniały podstawy do zmiany rozliczenia podatku od towarów i usług za miesiące od grudnia 2019r. do sierpnia 2020r. oraz od listopada 2020r. do sierpnia 2021r.

Jak wynika z przytoczonego wcześniej art. 83 ust. 1c ustawy o KAS bezskuteczne jest ponowne skorygowanie deklaracji po zakończeniu kontroli celno-skarbowej w zakresie, w jakim miałoby nastąpić cofnięcie ustaleń kontroli celno-skarbowej. Zamknięty katalog wyłączeń od zastosowania tego przepisu zawiera art. 83 ust. 1d ustawy o KAS, który przewiduje, że przepisu ust. 1c nie stosuje się do skorygowania deklaracji ani ponownego skorygowania deklaracji, jeżeli po zakończeniu kontroli celno-skarbowej zawiadomieniem o uwzględnieniu deklaracji lub korekty deklaracji:

1) skorygowanie deklaracji lub ponowne skorygowanie deklaracji wynika z orzeczenia wydanego po zakończeniu kontroli celno-skarbowej, które ma wpływ na ustalenia kontroli celno-skarbowej zawarte w wyniku kontroli;

2) ustalenia kontroli celno-skarbowej zawarte w wyniku kontroli były oparte na podstawie przepisu, o którego niezgodności z Konstytucją Rzeczypospolitej Polskiej, ustawą lub ratyfikowaną umową międzynarodową orzekł Trybunał Konstytucyjny;

3) skorygowanie deklaracji lub ponowne skorygowanie deklaracji ma na celu uniknięcie podwójnego opodatkowania tego samego dochodu lub majątku podatnika na terytorium Rzeczypospolitej Polskiej i terytorium innego państwa członkowskiego Unii Europejskiej lub terytorium innego państwa.

Jak zasadnie wskazały organy, w rozpoznawanej sprawie żadna z powyższych okoliczności nie wystąpiła.

Ustosunkowując się do zasadniczego zarzutu skargi w zakresie naruszenia art. 83 ust. 1c ustawy o KAS Sąd uznaje, że przepis ten znajduje zastosowanie także do zakończenia kontroli celno-skarbowej na podstawie art. 62 ust. 4c uKAS. Wskazuje na to jednoznaczne brzmienie przepisu art. 83 ust. 1c ustawy o KAS. Regulacja ta ma charakter ogólny i dotyczy każdego przypadku skorygowania deklaracji po zakończeniu kontroli celno-skarbowej. Jak już wyżej wyjaśniono, także w sytuacji złożenia korekt w terminie 14 dni od zawiadomienia podatnika o wszczęciu kontroli (art. 62 ust. 4 uKAS) organ musi dokonać weryfikacji, ustalenia poprawności złożonych korekt czego wynikiem jest zawiadomienie podatnika o uwzględnieniu złożonych korekt co jednoczenie stanowi zakończenie kontroli celno – skarbowej (art. 62 ust. 4c uKAS). Zdaniem Sądu słusznie w tym zakresie organ wskazuje, że na tego rodzaju rozumienie wymienionego przepisu powołano się w projekcie nowelizacji ustawy o Krajowej Administracji Skarbowej (por. prawomocny wyrok WSA w Krakowie z dnia 30 marca 2026 r., sygn. akt I SA/Kr 42/26, publ. Centralna Baza Orzeczeń Sądów Administracyjnych, https://orzeczenia.nsa.gov.pl – podobnie jak pozostałe orzeczenia sądów administracyjnych powołane w dalszej części uzasadnienia). Również w orzecznictwie jednolicie wskazuje się, że ponowne skorygowanie deklaracji po zakończeniu kontroli celno-skarbowej nie wywołuje skutków prawnych w zakresie, w jakim dokonana korekta przewiduje cofnięcie ustaleń kontroli celno-skarbowej. Ustawodawca pozostawił podatnikowi wybór: może złożyć korektę deklaracji lub wejść w spór z organem podatkowym. Decyzja taka jest jednak nieodwracalna w skutkach (por. wyrok NSA z dnia 20 listopada 2024 r., sygn. akt II FSK 309/22).

W ocenie Sądu w świetle dokumentów zebranych w aktach sprawy, nie budzi wątpliwości, że ponowna – dokonana w 2025 r. – korekta rozliczeń w podatku od towarów i usług za miesiące od grudnia 2019 r. do sierpnia 2020 r. oraz od listopada 2020r. do sierpnia 2021r. prowadziła do cofnięcia ustaleń kontroli celno-skarbowej wynikających z uwzględnienia przez organ korekt deklaracji złożonych w dniu 23 maja 2024r. Ponadto z treści wniosku o stwierdzenie nadpłaty wynika, że sama Spółka zmierzała do przywrócenia stanu rozliczeń w podatku od towarów i usług za okres objęty wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty z dnia 11 sierpnia 2025 r. do stanu sprzed korekt deklaracji z dnia 23 maja 2024 r.(k. 1-3 akt admin.).

Biorąc powyższe pod uwagę uznać należy, że w rozpoznawanej sprawie organy podatkowe zasadnie odmówiły wszczęcia postępowania w przedmiocie stwierdzenia nadpłaty w podatku od towarów i usług za miesiące od grudnia 2019 r. do sierpnia 2020r. oraz od listopada 2020r. do sierpnia 2021r. Spółka nie miała bowiem uprawnienia do złożenia korekt deklaracji za wskazane okresy (korekty te nie wywołują skutków prawnych) wobec czego nie może z faktu ich złożenia wywodzić jakichkolwiek uprawnień. Wobec zatem zasadnego stwierdzenia przez organy, że zaistniała przeszkoda procesowa do merytorycznego rozpoznania wniosku Skarżącej o stwierdzenie nadpłaty prawidłowo zastosowano art. 165 a § 1 O.p.

Mając powyższe na uwadze, wobec niezasadności podniesionych w skardze zarzutów, Sąd na podstawie art. 151 p.p.s.a. oddalił skargę.