Spółka czekała 47 miesięcy na APA. NSA uchylił odmowę oprocentowania nadpłaty

1.1. Wyrokiem z 4 lutego 2026 r., sygn. akt I SA/Gd 836/25, w sprawie ze skargi F. z o.o. z siedzibą w T. (dalej: "Skarżąca"; "Spółka" lub "Strona") na decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w W. (dalej: "Dyrektor lAS", "DIAS" lub "organ") z dnia 12 czerwca 2025 r., w przedmiocie odmowy wypłaty oprocentowania nadpłaty w podatku dochodowym od osób prawnych za rok podatkowy od 1 kwietnia 2020 r. do 31 marca 2021 r., Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gdańsku na podstawie art. 151 ustawy z 30 sierpnia 2002 r. - Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t.j.: Dz. U. z 2024 r., poz. 1267 ze zm., dalej: "p.p.s.a.") oddalił skargę. Tekst powyższego wyroku wraz z uzasadnieniem dostępny jest w Centralnej Bazie Orzeczeń Sądów Administracyjnych (zwana w skrócie "CBOSA", adres: https://orzeczenia.nsa.gov.pl).

1.2. Sąd pierwszej instancji uzasadniając wyrok przedstawił następujący stan faktyczny sprawy. Pismem z 18 lipca 2022 r. Spółka wystąpiła do Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w W. (dalej: "NUS" lub "organ I instancji") o stwierdzenie i zwrot nadpłaty w kwocie 20.159.197 zł. Według Skarżącej nadpłata wynikała z korekty zeznania o wysokości osiągniętego dochodu (poniesionej straty) przez podatnika podatku dochodowego od osób prawnych za rok podatkowy od 1 kwietnia 2020 r. do 31 marca 2021 r., w związku z decyzją Szefa Krajowej Administracji Skarbowej (dalej: "Szef KAS") z 25 marca 2022 r. w sprawie jednostronnego uprzedniego porozumienia cenowego. Zwrot nadpłaty we wnioskowanej kwocie nastąpił 18 stycznia 2023 r., na podstawie art. 75 § 4 ustawy z dnia 29 sierpnia 2025 r. Ordynacja podatkowa (t.j.: Dz. U. z 2025 r., poz. 111 ze zm., dalej: "O.p."). Następnie pismem z 18 grudnia 2024 r. Strona powołując się na art. 80 § 1, art. 78a oraz art. 78 § 1 i § 4 O.p. w związku z art. 49 oraz art. 56 Traktatu o Funkcjonowaniu Unii Europejskiej (Dz. U. UE z 2016 r., C 202/1, dalej: "TFUE") oraz art. 2 i art. 32 Konstytucji Rzeczypospolitej Polskiej z dnia 2 kwietnia 1997 r. (dalej: "Konstytucja RP") oraz w związku z orzecznictwem Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej (dalej: "TSUE"), w szczególności z wyrokiem z 15 lipca 1964 r. w sprawie 6/64, [...]., wyrokiem z 28 kwietnia 2022 r. w sprawach połączonych C-415/20, C-419/20 i C-427/20 oraz wyrokiem z 8 czerwca 2023 r. w sprawie C-322/22, zwróciła się do organu pierwszej instancji o zwrot:

- pozostałej, niezwróconej części nadpłaty w podatku dochodowym od osób prawnych za lata podatkowe: 1 kwietnia 2017 r. do 31 marca 2018 r.; 1 kwietnia 2018 r. do 31 marca 2019 r., 1 kwietnia 2019 r. do 31 marca 2020 r. i 1 kwietnia 2020 r. do 31 marca 2021 r., której część zwrócono Stronie w wyniku prowadzonych przez organ podatkowy postępowań nadpłatowych oraz

- pozostałej części należnego oprocentowania nadpłat, o których mowa powyżej, za okres od dnia powstania nadpłaty do dnia jej zwrotu w całości.

W uzasadnieniu tego wniosku Skarżąca podniosła, że ponosiła wydatki z tytułu wynagrodzenia za produkcję na zlecenie na rzecz F.B.V. z siedzibą w Holandii, które były objęte limitowaniem na podstawie art. 15e ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych (t.j.: Dz. U. z 2018 r., poz. 1036 ze zm., dalej: "u.p.d.o.p."). Zdaniem Strony wyłączenie z kosztów uzyskania przychodów nie miało zastosowania do kosztów w zakresie, w jakim uprzednie porozumienie cenowe (dalej: "APA") obejmowało prawidłowość kalkulacji wynagrodzenia. W związku z tym 30 marca 2018 r. Strona złożyła wniosek o wydanie jednostronnego porozumienia cenowego dotyczącego transakcji z podmiotem powiązanym. Decyzja APA wobec Strony wydana została dopiero 25 marca 2022 r., tj. po trwającym ponad 47 miesięcy postępowaniu. W decyzji tej potwierdzono, że warunki transakcji pomiędzy Stroną a podmiotem powiązanym odpowiadają warunkom rynkowym. Według Skarżącej skoro uzyskanie decyzji APA było konieczne do odzyskania nadpłaty, to oprocentowanie powinno obejmować także okres prowadzenia postępowania analogicznie do sytuacji przedłużającego się postępowania nadpłatowego. Wobec tego Strona wskazywała, że oprocentowanie powinno być naliczane od dnia złożenia zeznania rocznego, gdyż na skutek przedłużania się postepowania w sprawie APA była pozbawiona możliwości dysponowania własnymi środkami niezgodnie z Konstytucją.

1.3. NUS decyzją z 17 marca 2025 r. odmówił wypłaty oprocentowania od zwróconej kwoty nadpłaty w podatku dochodowym od osób prawnych za okres podatkowy od 1 kwietnia 2020 r. do 31 marca 2021 r. DlAS decyzją z 12 czerwca 2025 r. utrzymał w mocy decyzję organu I instancji. Organ odwoławczy stwierdził, że przedmiotem tego postępowania jest ocena prawidłowości odmowy wypłaty oprocentowania od zwróconej nadpłaty w podatku dochodowym od osób prawnych za wskazany rok podatkowy. Według organu podstawowe znaczenie w sprawie miała kwestia przedłużającego się postępowania APA. Organ zwrócił uwagę, że w sprawie wystąpiła sytuacja normowana art. 78 § 3 pkt 3 lit. c) O.p, tj. przekroczenie wyznaczonego dwumiesięcznego terminu do zwrotu nadpłaty na skutek przyczynienia się Spółki poprzez złożenie niekompletnego wniosku i nieudzielenie wyczerpujących odpowiedzi na kolejne wezwania organu. DIAS zwrócił również uwagę, że po zwrocie nadpłaty Spółka nie kwestionowała wysokości zwrotu, tj. nie podnosiła, że kwota ta nie zawierała stosownego oprocentowania. Ponadto organ stwierdził, że nie istnieje podstawa prawna, która pozwalałaby na zwrot spółce oprocentowania od wskazywanej nadpłaty. Dyrektor IAS zauważał, że w art. 78 § 3 O.p. wskazano katalog oprocentowania nadpłat oraz ściśle określonych sposobów ich naliczania w zależności od przyczyn powstania i terminów dokonania zwrotów nadpłaty. W ramach tego katalogu ustawodawca nie przewidział natomiast odrębnego sposobu naliczania oprocentowania w przypadku nadpłaty powstałej w konsekwencji korekty zeznania, w związku z decyzją APA, w której potwierdzono rynkowy charakter transakcji. Organ podkreślił, że obowiązek zwrotu nadpłaty wynika ze złożenia odpowiedniego wniosku w tym zakresie oraz jeśli wymagają tego przepisy podatkowe także odpowiedniej deklaracji o korekcie zeznania. Decyzja APA w związku z tym stanowi podstawę zwrotu nadpłaty, ale bez złożenia wniosku i korekty zeznania po stronie organu nie powstaje obowiązek zwrotu nadpłaty. Według DIAS w niniejszym przypadku nie ma zastosowania również art. 78 § 3 pkt 3 lit. c) O.p., gdyż zwrot nadpłaty nastąpił po terminie 2 miesięcy od dnia złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty, a do opóźnienia zwrotu przyczyniła się Strona. Ponadto zdaniem organu nie ma w niniejszym przypadku potrzeby stosowania analogii do innych przepisów prawa podatkowego, gdyż w wystarczającym stopniu wskazywane przepisy rozstrzygają o zasadności żądań Strony. Niezasadny zdaniem organu był także zarzut sprzeczności art. 15e u.p.d.o.p. z prawem unijnym. W tym zakresie DIAS wskazał, że zgodność przywołanego przepisu nie była nigdy przedmiotem orzeczeń sądowych, a ponadto nie istnieją podstawy by przypuszczać, że nowelizacje tego przepisu spowodowane były uznaniem ich za niezgodne z prawem unijnym.

2.1. Powyższa decyzja została zaskarżona przez Spółkę, która wniosła o jej uchylenie oraz poprzedzającej ją decyzji organu pierwszej instancji zarzucając naruszenie:

I. art. 80 § 1, art. 78a oraz art. 78 § 1 i § 4 O.p. w zw. z wiążącym orzecznictwem TSUE oraz art. 49 i art. 56 TFUE oraz art. 2 i art. 32 Konstytucji RP - poprzez błędną wykładnię powyższych przepisów dokonaną z pominięciem prawa UE, w szczególności zasad swobody przedsiębiorczości oraz zasady swobody świadczenia usług, oraz wywodzonej z orzecznictwa TSUE zasady proporcjonalności - a w konsekwencji błędne uznanie, że prawo do oprocentowania nadpłaty nie przysługuje podatnikowi od momentu zapłaty podatku pomimo sprzeczności regulacji art. 15e u.p.d.o.f. z normami wyższego rzędu;

II. art. 97 ust. 1 ustawy z 16 października 2019 r. o rozstrzyganiu sporów dotyczących podwójnego opodatkowania oraz zawieraniu uprzednich porozumień cenowych (t.j.: Dz. U. z 2023 r, poz. 948 ze zm., dalej: "ustawa o DRM") w zw. z art. 77 § 1 i art. 78 § 1 i § 4 oraz art. 121 § 1 O.p. w zw. z art. 2 i art. 32 Konstytucji RP - poprzez błędną wykładnię powyższych przepisów dokonaną z pominięciem zasady proporcjonalności oraz zasady równego traktowania, jak również zasady zaufania do organów podatkowych, a w konsekwencji błędne uznanie, że prawo do oprocentowania nadpłaty nie przysługuje w odniesieniu do okresu oczekiwania na zakończenie postępowania w przedmiocie wydania APA, mając w tym względzie także stanowisko organu podatkowego (Ministra Finansów) przedstawiane w odpowiedzi na interpretacje poselską co do niedopuszczalności skorygowania rozliczeń z art. 15e ust. 15 u.p.d.o.p. do czasu otrzymania APA;

III. art. 120 O.p. w zw. z orzecznictwem TSUE, w szczególności z wyrokami z 28 kwietnia 2022 r. w sprawach połączonych C-415/20, C-419/20 i C-427/20 - poprzez działanie w sposób sprzeczny z zasadą legalizmu, która wymaga działania na podstawie i w granicach prawa, w tym prawa unijnego, a w konsekwencji, nieuwzględnienie orzecznictwa TSUE w przedmiocie oprocentowania nadpłat powstałych w związku z naruszeniem prawa Unii Europejskiej;

IV. art. 2a O.p. poprzez jego niezastosowanie i przyjęcie niekorzystnej dla Skarżącej interpretacji przepisów dotyczących oprocentowania nadpłaty, w sytuacji, gdy wystąpiły w sprawie wątpliwości co do właściwej wykładni spornych przepisów prawa podatkowego, w szczególności z uwagi na zgodność z prawem unijnym i konstytucyjnym;

V. art. 210 § 1 pkt 6 i § 4 w zw. z art. 121 § 1, art. 124 i art. 127 O.p. - poprzez wadliwe oraz lakoniczne uzasadnienie decyzji, czym naruszono zasadę zaufania, zasadę przekonywania oraz zasadę dwuinstancyjności, tj. brak odniesienia do argumentacji podnoszonej przez Spółkę w toku postępowania przed organami obu instancji, wskazujących na niezgodność regulacji art. 15e u.p.d.o.p. z normami wyższego rzędu oraz na przedłużające się postępowanie w przedmiocie wydania APA w kontekście zasady proporcjonalności oraz brak odniesienia się do argumentu Spółki, o odpowiednim zastosowaniu przepisów regulujących moment zwrotu nadpłaty oraz należnego oprocentowania, w przypadku przekroczenia terminów na wydanie APA.

2.2. W odpowiedzi na skargę Dyrektor lAS wniósł o jej oddalenie.

2.3. Wojewódzki Sąd Administracyjny oddalając skargę wskazał w pierwszej kolejności, że spór w sprawie koncentruje się wokół przesłanek leżących u podstaw wniosku o wypłatę oprocentowania w związku z przedłużającym się postępowaniem w przedmiocie APA oraz niezgodności regulacji art. 15e u.p.d.o.p. z normami wyższego rzędu, tj. Konstytucją RP i prawem unijnym. Odnosząc się najpierw do kwestii zgodności wyżej wskazanego przepisu z Konstytucją i regulacjami unijnymi Sąd zaznaczył, że jego zgodność z normami wyższego rzędu nie była dotąd kontestowana. Wojewódzki Sąd Administracyjny zauważył, że w dotychczasowym orzecznictwie dostrzegano problem braku przepisów pozwalających na oprocentowanie w przypadku nadpłaty spowodowanej wydaniem decyzji APA. Powołując się na wyroki Naczelnego Sądu Administracyjnego o sygnaturach: II FSK 910/25, III FSK 911/25, III FSK 912/25 Wojewódzki Sąd Administracyjny wskazał, że w zaistniałej w sprawie sytuacji należy przede wszystkim wyjaśnić czy przed złożeniem wniosku o zwrot nadpłaty podatek zapłacony przez spółkę był podatkiem nienależnym, zaś istotą jest wskazanie momentu powstania nadpłaty. Zwrócono również uwagę, że w niniejszym przypadku trzeba uwzględnić specyfikę postępowania w zakresie porozumienia cenowego, a także okoliczność wskazywaną przez organ podatkowy odnośnie do zakresu jego właściwości i braku podstaw prawnych do zbierania oraz stosowania informacji dotyczących działań podejmowanych przez Skarżącą i właściwy organ podatkowy (Szefa KAS), w tym także mających znaczenie dla ewentualnego zastosowania regulacji zawartych w art. 78 § 3 oraz 4 O.p., odnośnie do postępowania w sprawie uprzedniego porozumienia cenowego zakończonego decyzją Szefa KAS. Uwzględniając te czynniki Wojewódzki Sąd Administracyjny stwierdził, że błędne jest założenie, według którego samodzielną podstawą skutecznego żądania pełnego oprocentowania zwróconej nadpłaty stanowi w sprawie długotrwałe postępowanie zakończone decyzją APA wydaną przez Szefa KAS. Nie istnieją wyraźne podstawy prawne wskazujące, że jest to ustawowy etap dochodzenia nadpłaty. Sąd wskazał, że w świetle dotychczasowego orzecznictwa art. 78 § 3 O.p. zawiera zamknięty katalog przypadków, w których przysługuje oprocentowanie. Zdaniem Sądu oznacza to, że nie wszystkie nadpłaty korzystają z oprocentowania. Zastosowanie w tym przypadku analogii iuris według Sądu nie powinno mieć miejsca, gdyż może to nastąpić tylko w przypadkach gdy taka analogia nie rodzi wątpliwości co do słuszności jej zastosowania. W dalszej kolejności Sąd zauważył, że przepis art. 15e u.p.d.o.p. znajdował zastosowanie w znacznej liczbie orzeczeń sądowych i nie zdarzyło się, aby podważana była jego zgodność z aktami prawnymi wyższego rzędu. Również i Sąd rozstrzygający w sprawie nie znalazł żadnych podstaw do uznania, że norma ta jest niegodna z Konstytucją lub prawem unijnym. W dalszej kolejności Sąd podkreślił, że w opisanej sytuacji niezasadne byłoby nie tylko zastosowanie analogii iuris, ale też analogii legis, gdyż nie występuje w przepisach luka prawna, którą należałoby uzupełnić w drodze analogii. Brzmienie przepisów wskazuje jednoznacznie, że wolą ustawodawcy nie było objęcie oprocentowaniem nadpłat powstałych w sposób opisany przez Skarżącą. Za rozumieniem przedstawianym przez Stronę nie przemawiała również wykładnia systemowa, gdyż zdaniem Sądu oprocentowanie nadpłaty ma charakter wyjątku i może być zastosowane tylko w ściśle określonych, rygorystycznych warunkach. Następnie Sąd podkreślił, że sam fakt wydania APA nie potwierdza charakteru rynkowego transakcji kontrolowanej w określonym czasie, ale wskazuje ustalone wspólnie z podatnikiem zasady, na jakich podatnik winien realizować transakcję kontrolowaną, aby była traktowana przez organy podatkowe jako rynkowa. Tym samym funkcją APA nie jest określanie kosztów uzyskania przychodu, a APA w sposób bezpośredni nie reguluje kwestii związanych z opodatkowaniem. W trakcie postępowania APA nie można zbadać zasadności ponoszenia danych kosztów, gdyż nie ma możliwości określenia związku kosztów, które będą ewentualnie poniesione w przyszłości z przychodami, które również zostaną uzyskane w przyszłości. Takie badanie może być przeprowadzone wyłącznie następczo. Zdaniem Sądu stwierdzając brak ustawowych przesłanek wypłaty oprocentowania organ podatkowy działał w granicach prawa, realizując tym samym zasadę wyrażoną w art. 120 O.p. Wojewódzki Sąd Administracyjny nie uznał również zarzutu naruszenia art. 2a O.p., gdyż wyrażona w nim zasada rozstrzygania na korzyść podatnika dotyczy jedynie sytuacji wątpliwych, zaś w tym przypadku obowiązujące przepisy pozwalały na rozstrzygnięcie sporu istniejącego w sprawie bez powzięcia żadnych istotnych wątpliwości.

3.1. Na powyższe orzeczenie pełnomocnik Skarżącej wniósł skargę kasacyjną zaskarżając je w całości i zarzucając mu:

I. naruszenie prawa materialnego, tj.:

1) art. 78 § 1 i § 3 w zw. z art. 78 § 4 w zw. z art. 121 § 1 O.p. oraz art. 2, art. 32 i art. 64 ust. 1 i 2 w zw. z art. 31 ust. 3 Konstytucji RP - poprzez błędną wykładnię polegającą na przyjęciu, że art. 78 § 3 O.p. stanowi zamknięty katalog przypadków, w których przysługuje oprocentowanie nadpłaty, podczas gdy przepis ten jest jedynie uszczegółowieniem zasady ogólnej wyrażonej w art. 78 § 1 O.p., zgodnie z którą nadpłaty podlegają oprocentowaniu, a brak szczegółowej regulacji dotyczącej oprocentowania nadpłaty powstałej w związku z wydaniem decyzji APA stanowi lukę prawną, którą należy uzupełnić w drodze analogii legis;

2) art. 97 ust. 1 ustawy o DRM w zw. z art. 77 § 1 i art. 78 § 1 i § 4 oraz art. 121 § 1 O.p. w zw. z art. 2, art. 31 ust. 3, art. 32 oraz art. 64 ust. 1 i 2 Konstytucji RP – poprzez błędną wykładnię powyższych przepisów dokonaną z pominięciem zasady proporcjonalności oraz zasady równego traktowania, jak również zasady zaufania do organów podatkowych, a w konsekwencji błędne uznanie, że prawo do oprocentowania nadpłaty nie przysługuje w odniesieniu do okresu oczekiwania na zakończenie postępowania w przedmiocie wydania APA, co stanowi nieproporcjonalne obciążenie podatnika pozbawieniem możliwości dysponowania własnymi środkami pieniężnymi bez jakiejkolwiek rekompensaty;

3) art. 1 § 1 ustawy z dnia 25 lipca 2002 r. - Prawo o ustroju sądów administracyjnych (t.j.: Dz. U. z 2024 r., poz.1267 ze zm., dalej: "p.u.s.a.") w zw. z art. 1 ustawy z dnia 17 listopada 1964 r. Kodeks postępowania cywilnego (t.j.: Dz. U. z 2024, poz. 1568 ze zm., dalej: "k.p.c.") w zw. z art. 72 – 80 O.p.- poprzez błędną wykładnię prowadzącą do uznania, że Spółce pozostaje dochodzenie roszczeń na zasadach ogólnych, łącznie z pozwem do sądu powszechnego, podczas gdy roszczenie Spółki dotyczy w istocie danin publicznych i nie stanowi sprawy cywilnej, podlegającej rozpoznaniu przez sądy powszechne;

4) art. 15e, art. 80 § 1, art. 78a oraz art. 78 § 1, § 3 i § 4 O.p. w zw. z wiążącym orzecznictwem TSUE oraz art. 49 i art. 56 TFUE - poprzez błędną wykładnię powyższych przepisów dokonaną z pominięciem prawa Unii Europejskiej, w szczególności zasad swobody przedsiębiorczości oraz swobody świadczenia usług, a w konsekwencji błędne uznanie, że prawo do oprocentowania nadpłaty nie przysługuje podatnikowi za pełen okres od momentu zapłaty podatku do dnia zwrotu pomimo niezgodności regulacji art. 15e u.p.d.o.p. z prawem unijnym oraz normami Konstytucji RP;

5) art. 49 i art. 56 TFUE w zw. z art. 15e u.p.d.o.p. oraz art. 78 § 1, 3 i 4 O.p.- poprzez ich niezastosowanie i pominięcie, że art. 15e u.p.d.o.p. stanowił ograniczenie swobody przedsiębiorczości oraz swobody świadczenia usług wewnątrz Unii Europejskiej, co – w świetle orzecznictwa TSUE - powinno skutkować przyznaniem pełnego oprocentowania nadpłaty za okres od dnia zapłaty podatku do dnia zwrotu nadpłaty;

6) art. 31 ust. 3 w zw. z art. 64 oraz 32 Konstytucji RP - poprzez jego niezastosowanie i pominięcie, że art. 15e u.p.d.o.p. prowadził do odmiennego traktowania podatników nabywających usługi od podmiotów powiązanych w porównaniu z podatnikami nabywającymi identyczne usługi od podmiotów niepowiązanych, bez racjonalnego uzasadnienia dla takiego zróżnicowania oraz zachowania zasady proporcjonalności wprowadzanych ograniczeń prawa własności;

II. naruszenie prawa procesowego, które mogło mieć istotny wpływ na wynik sprawy, tj. art. 141 § 4 p.p.s.a. - poprzez sporządzenie uzasadnienia wyroku w sposób wadliwy, w szczególności z uwagi na: (a) brak szczegółowego odniesienia się do argumentacji Skarżącej, w szczególności w zakresie istnienia luki aksjologicznej w art. 78 § 3 O.p. i konieczności jej wypełnienia w drodze analogii legis; (b) lakoniczne odniesienie się do zarzutu niezgodności art. 15e z normami wyższego rzędu i prawem Unii Europejskiej, co miało istotny wpływ na wynik sprawy.

W oparciu o tak sformułowane zarzuty wniesiono o uchylenie zaskarżonego wyroku w całości, rozpoznanie skargi oraz uchylenie decyzji w całości oraz decyzji I instancji w całości i zasądzenie zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.

3.2. Organ nie złożył odpowiedzi na skargę kasacyjną, a w piśmie procesowym z dnia 28 sierpnia 2026 r. wniósł o jej oddalenie.

Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje:

4.1. Skarga kasacyjna zasługuje na uwzględnienie, choć nie wszystkie z podniesionych w niej zarzutów są uzasadnione.

4.2. Rozpatrywana skarga kasacyjna zawiera zarówno zarzuty naruszenia przepisów postępowania, jak i prawa materialnego. Co do zasady w takiej sytuacji w pierwszej kolejności należy odnieść się do podniesionych w skardze kasacyjnej zarzutów procesowych. W tym zakresie sformułowano w skardze kasacyjnej wyłącznie zarzut naruszenia art. 141 § 4 p.p.s.a. poprzez wadliwe sporządzenie uzasadnienia. Jest on niezasadny. Wskazać należy, iż art. 141 § 4 p.p.s.a. stanowi o elementach uzasadnienia wyroku, a mianowicie powinno ono zawierać zwięzłe przedstawienie stanu sprawy, zarzutów podniesionych w skardze, stanowisk pozostałych stron, podstawę prawną rozstrzygnięcia oraz jej wyjaśnienie. Zarzut naruszenia art. 141 § 4 p.p.s.a. może być skutecznie postawiony w dwóch przypadkach: gdy uzasadnienie wyroku nie zawiera wszystkich elementów, wymienionych w tym przepisie i gdy w ramach przedstawienia stanu sprawy wojewódzki sąd administracyjny nie wskaże, jaki i dlaczego stan faktyczny przyjął za podstawę orzekania. Naruszenie to musi być przy tym na tyle istotne, aby mogło mieć wpływ na wynik sprawy. Za jego pomocą nie można skutecznie zwalczać ustaleń sądu co do stanu faktycznego ani kwestionować stanowiska sądu co do wykładni bądź zastosowania prawa materialnego. W ramach rozpatrywania zarzutu naruszenia art. 141 § 4 p.p.s.a. Naczelny Sąd Administracyjny zobowiązany jest jedynie do kontroli zgodności uzasadnienia zaskarżonego wyroku z wymogami wynikającymi ze statuowanej tym przepisem normy prawnej. Wadliwość uzasadnienia orzeczenia może stanowić przedmiot skutecznego zarzutu kasacyjnego z art. 141 § 4 p.p.s.a. w sytuacji, gdy sporządzone jest ono w taki sposób, że niemożliwa jest kontrola instancyjna zaskarżonego wyroku. W ocenie Naczelnego Sądu Administracyjnego, uzasadnienie zaskarżonego wyroku spełnia wymogi określone w art. 141 § 4 p.p.s.a., wyjaśnia motywy podjętego przez Sąd pierwszej instancji rozstrzygnięcia i tym samym sprawia, że poddaje się ono kontroli instancyjnej. Wojewódzki Sąd Administracyjny wskazał na jakiej podstawie uznał, że w jego ocenie nie jest możliwe stosowanie wnioskowania z analogii legis, a tym samym odpowiedział na zarzuty sformułowane w skardze przez stronę w sposób wystarczający. Oddalając skargę Sąd pierwszej instancji, wprawdzie dość lapidarnie wypowiedział się co do zarzutów związanych ze zgodnością uregulowania z art. 15e u.p.d.o.p. z "normami wyższego rzędu", lecz tym samym wypowiedział jednoznaczny pogląd, że w jego ocenie taka niezgodność nie występuje. Co do zasady lakoniczne i ogólnikowe uzasadnienie wyroku, może być naruszeniem komentowanego przepisu, jeżeli występuje w takim stopniu, który może mieć istotny wpływ na wynik sprawy, czego wymaga art. 174 pkt 2 p.p.s.a. dla skuteczności naruszenia przepisów postępowania. Prawidłowość oceny co do tej kwestii spornej powoduje, że nie można uznać, aby skrótowość wypowiedzi Sądu meriti w tym zakresie stanowiła wadliwość wyroku, skutkującą koniecznością uchylenia wyroku na tejże podstawie prawnej.

4.3. Zasadniczym jednak spornym zagadnieniem w sprawie była prawidłowa wykładnia prawa materialnego. W szczególności to, czy Spółka mogła skutecznie ubiegać się o oprocentowania powstałej nadpłaty z uwagi na długotrwałe procedowanie w przedmiocie wydanej na jej wniosek decyzji APA, a jeżeli tak to za jaki okres i na jakiej podstawie prawnej i na jakich zasadach. Podobne zagadnienie prawne było już przedmiotem wypowiedzi w wyrokach Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 4 marca 2026 r. w sprawach o sygn. akt: II FSK 1022/25, II FSK 1023/25, II FSK 1026/25 i II FSK 1332/25 (publ. CBOSA), w których rozstrzygano o możliwości oprocentowania nadpłaty w podatku dochodowym od osób prawnych w kontekście toczącego się postępowania w sprawie wydania decyzji APA. Sąd w składzie rozpatrującym niniejszą skargę kasacyjną podziela co do zasadniczego kierunku wykładni prawa materialnego wyrażone w nich poglądy i posłuży się nimi w zakresie niezbędnym do rozpoznania sprawy. W pierwszej kolejności należy stwierdzić, że niezasadny jest zarzut naruszenia art. 78 § 1 i § 3 O.p. w kształcie wskazywanym przez Skarżącą, w ocenie której z zasady oprocentowaniu podlegają nadpłaty, a przepis art. 78 § 3 O.p. nie stanowi zamkniętego katalogu przypadków ich oprocentowania. Zgodnie z art. 78 § 1 O.p. nadpłaty podlegają oprocentowaniu w wysokości równej wysokości odsetek za zwłokę, o których mowa w art. 56 § 1, pobieranych od zaległości podatkowych. Norma wyrażona w tym przepisie nie ustanawia zasady oprocentowania wszystkich nadpłat podatku, lecz stanowi o wysokości oprocentowania tychże nadpłat, które jest równe wysokości odsetek za zwłokę. Przypadki oprocentowania wymieniono zaś taksatywnie, a nie egzemplifikacyjnie, w art. 78 § 3 O.p. Zasadą jest zatem oprocentowanie jedynie tych nadpłat podatku, które spełniają warunki wskazane w tym ostatnim przepisie. Nie oznacza to jednakże, że w przypadkach paralelnych do wymienionych w art. 78 § 3 O.p. brak jest możliwości dokonywania wykładni tej regulacji w drodze wnioskowania z analogii legis.

4.4. Pomimo tego że sytuacja prawnopodatkowa zaistniała w rozpatrywanej sprawie nie odpowiada żadnemu ze zdarzeń, od których powstania ustawodawca uzależnił oprocentowanie nadpłaty w art. 78 § 3 O.p., za zasadne należy uznać zarzuty naruszenia art. 78 § 3 O.p. w zw. z art. 2, art. 31 ust. 3, art. 32, art. 64 ust. 1 i 2 Konstytucji RP. Należy wskazać, że zgodnie z art. 72 § pkt 1 O.p. za nadpłatę uważa się kwotę nadpłaconego lub nienależnie zapłaconego podatku. Na podstawie art. 73 § 1 pkt 1 O.p. nadpłata powstaje z dniem zapłaty przez podatnika podatku nienależnego lub w wysokości większej od należnej. Z kolei w przepisach art. 78 § 3 O.p. ustawodawca określił przypadki, w których przysługuje oprocentowanie nadpłat podatku przede wszystkim w związku z wyeliminowaniem z obrotu prawnego orzeczeń, na podstawie których pobrano podatek i uczynił to przez odwołanie się do sytuacji wskazanych w art. 77 O.p. Stosownie do art. 78 § 3 pkt 3 lit. b) O.p. oprocentowanie przysługuje, jeżeli decyzja stwierdzająca nadpłatę nie została wydana w terminie 2 miesięcy od dnia złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty - chyba, że do opóźnienia w wydaniu decyzji przyczynił się podatnik, płatnik lub inkasent. W takim przypadku termin zwrotu nadpłaty podatku określony został w art. 77 § 1 pkt 6 lit. a), który wskazuje na okres 2 miesięcy od dnia złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty wraz ze skorygowanym zeznaniem (deklaracją) w przypadkach, o których mowa w art. 75 § 3 tej ustawy. W rozpoznanej sprawie nie jest sporne, że Szef KAS wydając decyzję APA potwierdził brak ograniczeń, o których mowa w art. 15e ust. 1 u.p.d.o.p. co do cen transferowych w transakcjach strony z podmiotem powiązanym i na skutek złożonego przez Skarżącą wniosku o stwierdzenie nadpłaty - już bez wydawania decyzji - dokonał zwrotu powstałej nadpłaty. Choć po stronie Spółki wystąpiła nadpłata, organ odmówił Spółce wypłaty oprocentowania niekwestionowanej przez siebie nadpłaty podatku, gdyż przepisy zamieszczone w art. 78 § 3 O.p. expressis verbis nie przewidują oprocentowania nadpłat powstałych w wyniku wydania pozytywnej dla podatnika decyzji APA, wydanej nawet po długotrwałym postępowaniu, przekraczającym wskazany w art. 97 ust. 1 ustawy o DRM termin 6 miesięcy od dnia wszczęcia postępowanie w sprawie wydania jednostronnego uprzedniego porozumienia cenowego. W ocenie Naczelnego Sądu Administracyjnego uzasadnieniem dla różnicowania tych sytuacji nie może być argumentacja, którą posługuje się organ, a wskazująca na odmienny charakter prawny wydawanych aktów. Fakt, że O.p. nie określa terminu zwrotu oprocentowania wskutek długoterminowego opóźnienia w wydaniu decyzji APA nie oznacza w żadnym razie, że takie oprocentowanie nie powinno zostać podatnikowi przyznane na zasadach podobnych do przewidzianych w art. 78 § 3 O.p. Nie ulega wątpliwości, że norma wynikająca wprost z treści art. 78 § 3 w zw. z art. 77 § 1 O.p. wskazuje na katalog oprocentowania nadpłat oraz ściśle określonych sposobów ich naliczania, w zależności od konkretnych przyczyn ich powstania i terminów dokonania zwrotów nadpłaty. Unormowanie to nie wskazuje na oprocentowanie nadpłaty powstałej w konsekwencji wydania decyzji APA z przekroczeniem terminu zakreślonego w art. 97 ust. 1 ustawy o DRM. Niemniej jednak art. 78 § 3 i art. 77 § 1 O.p. przewidują oprocentowanie nadpłaty od dnia jej powstania w przypadku zmiany, uchylenia albo stwierdzenia nieważności decyzji (art. 78 § 3 pkt 1 O.p.), czy też od dnia złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty wraz ze skorygowanym zeznaniem (deklaracją), jeżeli decyzja stwierdzająca nadpłatę nie została wydana w terminie 2 miesięcy od dnia złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty (art. 78 § 3 pkt 3 lit. b O.p.). Jak już wskazano powyżej oprocentowaniu podlegają nadpłaty jedynie w ściśle określonych sytuacjach, związanych m.in. z podważeniem wcześniejszej decyzji organu podatkowego, przekroczeniem przez ten organ terminu wydania decyzji stwierdzającej nadpłatę, terminu zwrotu nadpłaty lub też z wydaniem orzeczenia przez Trybunał Konstytucyjny i Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej. Oznacza to, że nie wszystkie nadpłaty korzystają z oprocentowania. Odrębności w ukształtowaniu zasad oprocentowania nadpłat są uzależnione od sposobu ich powstania oraz od realizacji przez organ podatkowy obowiązku zwrotu. W typowych sytuacjach, np. wykazania nadpłaty w zeznaniu na podatek dochodowy, co do zasady nie podlega ona oprocentowaniu, chyba że organ podatkowy nie zwróci jej w terminie. Podobnie jest przy nadpłacie powstałej w wyniku samodzielnego wyliczenia i opłacania podatku przez podatnika w składanych zeznaniach (deklaracjach). Jednak w ocenie składu orzekającego brak regulacji dotyczącej terminu zwrotu omawianej nadpłaty w art. 77 O.p. i okresu naliczania oprocentowania w art. 78 § 3-4 O.p. wskutek wydania opóźnionego o ponad 6 miesięcy porozumienia APA – nie może automatycznie negować istnienia uprawnień podatnika do oprocentowania nadpłaty, tak jak w przypadku nieprawidłowości decyzji określającej zobowiązanie podatkowe, czy korekty wadliwego samoobliczenia podatku przez podatnika, o ile wynika to nie tylko z błędu popełnionego przez samego podatnika, lecz jest ponadto uwarunkowane uzyskaniem stosownej decyzji. Istotne jest przede wszystkim to, że podatnik pozbawiony był, wskutek działania organów podatkowych, możliwości korzystania ze swoich środków. W tym miejscu należy zasygnalizować, że za naruszające konstytucyjną zasadę ochrony własności z art. 64 ust. 2 Konstytucji RP należy uznać sytuację pozbawienia możliwości uzyskania rekompensaty z tytułu rozliczeń związanych z uiszczonym podatkiem w sytuacji, gdy dany podatek w ogóle się nie należał (por. analogicznie wyrok Trybunału Konstytucyjnego z 21 czerwca 2004 r., sygn. akt SK 22/03, publ. OTK-A 2004/6/59). Podatnik otrzymując oprocentowanie nadpłaty liczone od dnia jej powstania, a więc od momentu pozbawienia go możliwości dysponowania własnymi środkami pieniężnymi – uzyskuje je bez względu na wysokość poniesionej szkody (tej w znaczeniu prawa cywilnego). Takie stanowisko zostało wyrażone w uzasadnieniu wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 13 grudnia 2017 r., I FSK 128/16 oraz w wyroku z dnia 15 stycznia 2026 r., sygn. akt II FSK 585/23 (publ. CBOSA).

4.5. Należy zwrócić uwagę, iż Naczelny Sąd Administracyjny orzekał już w sprawach dotyczących przypadków nieprzewidzianych w katalogu z art. 78 § 3 O.p., w których osią sporu była kwestia oprocentowania nadpłaty podatku powstałej wskutek zastosowania się strony do wadliwej interpretacji podatkowej organu (por. m.in. wyroki NSA: z dnia 4 września 2024 r., II FSK 1441/21; z dnia 5 czerwca 2024 r., II FSK 1135/21; z dnia 5 marca 2024 r., II FSK 1473/23; z dnia 20 kwietnia 2023 r., II FSK 2587/20; z dnia 1 czerwca 2022 r., II FSK 2683/19; z dnia 5 października 2021 r., II FSK 408/19; z dnia 20 stycznia 2015 r., I FSK 2050/13; publ. CBOSA). Wnioski zawarte ww. wyrokach potwierdzają, że nadpłata powstała w wyniku zastosowania się do uchylonej następnie interpretacji indywidualnej podlega - w drodze analogii legis - oprocentowaniu od nadpłaty na podstawie art. 78 § 3 pkt 1 O.p. Z orzeczeń tych wynika, że zaistniała sytuacja stanowi niezgodną z porządkiem konstytucyjnym lukę w przepisach, którą - w celu urzeczywistnienia tzw. zasady nieszkodzenia, wyrażonej w art. 14k §1 O.p. - należy uznać za możliwą do usunięcia per analogiam legis. Z kolei w wyroku z dnia 5 marca 2025 r., II FSK 1574/24 (publ. CBOSA), Naczelny Sąd Administracyjny zauważył, że brak jest racjonalnych podstaw do różnicowania podatników w zakresie ich prawa do jednakowego sposobu liczenia oprocentowania nadpłaty, wyłącznie w zależności od tego w oparciu o jaki wadliwie podjęty przez organ akt dokonali nienależnej wpłaty podatku. Tym samym brak wskazania w art. 78 § 3 O.p., że oprocentowanie nadpłaty przysługuje od dnia jej powstania, również w omawianym przypadku, stanowi niezgodną z porządkiem konstytucyjnym lukę w przepisach. Lukę tę należy wypełnić w drodze wykładni. Luka ta, zważywszy na jej wyraźny związek z preferowanym przez ustawodawcę systemem wartości, ma charakter luki aksjologicznej i jako taka podlega usunięciu w procesie stosowania prawa przez wnioskowanie z analogii legis. Kwestie powyższe związane są z postulowaną zasadą zupełności systemu prawnego i z zasadą jego niesprzeczności. W ich ramach wskazuje się m.in. ogólne reguły stosowania określonych metod rozumowania prawniczego, służących eliminowaniu luk w prawie, zwłaszcza poprzez wykorzystanie analogii legis. Luka aksjologiczna powstaje z porównania systemu prawa idealnego, postulowanego, z systemem istniejącym, obowiązującym. System, który faktycznie obowiązuje, może się różnić od postulowanego tym, że nie zawiera norm, które powinien zawierać ze względu na konieczność zapewnienia ochrony pewnym wartościom, lub też system obowiązujący może zawierać normy, których nie powinien zawierać, jeżeli dane wartości mają być chronione (por. J. Helios, W. Jedlicka, Podstawowe pojęcia z prawoznawstwa dla ekonomistów s. 40, Uniwersytet Wrocławski, Wrocław 2015 r.). Wnioskowanie przez analogię w powszechnym rozumieniu polega na "stosowaniu jakiegoś przepisu czy normy prawnej do przypadku podobnego, lecz przez przepisy prawa nienormowanego." (por. J. Nowacki, Analogia legis, Warszawa: PWN, 1966, s. 9.). Według Aleksandra Woltera analogia legis polega na tym, że do danego stosunku prawnego stosuje się normę prawną, która dotyczy wprawdzie innego, ale podobnego stanu faktycznego; chodzi przy tym o podobieństwo prawne, a więc o stwierdzenie, że różnice w stanie faktycznym dotyczą momentów nieistotnych z punktu widzenia celu dyspozycji prawnej, z punktu widzenia tzw. ratio legis, według znanej paremii: ubi eadern legis ratio ibi eadem dispositio (por. A. Wolter, J. Ignatowicz, K. Stefaniuk, Prawo cywilne. Zarys części ogólnej, Warszawa: Wolters Kluwer Polska 1996, s. 87). Pierwszym warunkiem, który musi zaistnieć, by można było podjąć wnioskowanie per analogiam, jest ustalenie, że rozstrzygany przypadek nie jest unormowany przepisami, czyli istnieje tzw. luka w prawie. Kolejnym warunkiem dopuszczalności stosowania analogii legis jest istnienie podobieństwa pomiędzy stanem faktycznym nieunormowanym przepisami, a stanem faktycznym unormowanym przepisami. Konieczne jest również stwierdzenie, że wybrany przepis w ogóle można odnieść do przypadku nieunormowanego, uznanego za podobny do unormowanego, chodzi zatem o brak okoliczności wykluczających stosowanie analogia legis (por. A. Kaźmierczyk, Zesz. Nauk. UEK, 2013; 911: 21–32). Z kolei w wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 15 stycznia 2026 r., sygn. akt II FSK 585/23 (publ. CBOSA), stosując analogię legis stwierdzono, że oprocentowanie nadpłaty podatku, o którym stanowi art. 78 § 3 pkt 1 O.p. przysługuje także w przypadku, jeżeli nadpłata powstała w związku z uchyleniem albo stwierdzeniem nieważności postanowienia o zaliczeniu wpłat dokonanych przez podatnika, wydawanym na podstawie art. 62 § 4 tej ustawy. Uznano w tym przypadku, że konsekwencje wydania błędnego postanowienia dla oprocentowania powstałej w jego efekcie nadpłaty powinny być identyczne jak w przypadku zmiany, uchylenia albo stwierdzenia nieważności decyzji. W wyroku tym wskazano, że zakaz stosowania analogii uzależniony jest od istoty konkretnej gałęzi prawa. Zasadnicze znaczenie ma fakt, czy dany system ze względu na swoją istotę powinien być systemem zamkniętym o wyraźnie zarysowanych konturach, czy też systemem otwartym. Przyjmowany w polskiej kulturze prawnej zakaz "tworzenia przez analogię" prawnopodatkowych stanów faktycznych dotyczy zaś przede wszystkim rozszerzania zakresu opodatkowania (zob. uchwała NSA z dnia 4 czerwca 2001 r., sygn. akt FPK 6/01, publ. CBOSA) i w tym sensie ma ścisły związek z uregulowaną w art. 217 Konstytucji RP zasadą wyłączności ustawy przy określaniu istotnych elementów stosunku daninowego. Nie obejmuje natomiast sytuacji, gdy w grę wchodzą gwarancje podatnika znajdujące umocowanie w zakładanej przez system podatkowy aksjologii wynikającej z unormowań Konstytucji RP (zob. wyrok NSA z 20 grudnia 2011 r., sygn. akt I FSK 481/11, publ. CBOSA). Jak wskazał Sąd Najwyższy w uchwale z dnia 22 września 1995 r., III CZP 119/95 (publ. OSNC 1995 nr 12, poz. 180): "analogia legis stanowi jedną z technicznych metod wykładni prawa sensu largo. Zachodzi ona wówczas, gdy przedmiotem rozstrzygnięcia ma być stan faktyczny nieprzewidziany w ustawie, lecz zawierający elementy podobne do innego stanu faktycznego, uregulowanego ustawą. W takich wypadkach mamy prawo zastosować ustawę do podobnego stanu faktycznego zgodnie z zasadą ubi eadem legis ratio, ibi eadem legis dispositio". Jak wskazano z kolei w wyroku NSA z dnia 5 kwietnia 2016 r., w sprawie II FSK 462/14 (publ. CBOSA): na gruncie prawa prywatnego sięganie do analogii z ustawy, a nawet analogii z prawa (analogia iuris), polegającej na sformułowaniu nowej normy, wypełniającej stan luki prawnej, w oparciu o pewne ogólne wartości (np. zasady prawa, domniemane preferencje aksjologiczne ustawodawcy) nie należy do odosobnionych przypadków. Inne reguły rządzą natomiast procesem wykładni przepisów prawa publicznego. W orzecznictwie Naczelnego Sądu Administracyjnego dopuszcza się, pod pewnymi warunkami, stosowanie wykładni przez analogię, a zgoda na stosowanie analogii legis (nawiązanie do konkretnego obowiązującego przepisu) i tworzenie norm prawnych, warunkowane jest nierozszerzaniem ani przedmiotowego, ani podmiotowego zakresu istniejących instytucji prawnych (analogia intra legem). Celem takich zabiegów jest wypełnienie luki w konstrukcji istniejących przepisów, pozwalające na ich poprawne funkcjonowanie.

4.6. Pozostawienie w obrocie prawnym zaskarżonej decyzji w ocenie Naczelnego Sądu Administracyjnego prowadziłoby do rozstrzygnięcia, które istotnie podważa zaufanie podatników do państwa i stanowionego przez nie prawa. Ochronie zaufania podatników do państwa i stanowionego przez nie prawa służy w szczególności konstytucyjna zasada poprawnej legislacji. Na gruncie prawa podatkowego Trybunał Konstytucyjny w wyroku z dnia 18 lipca 2013 r., SK 18/09 (publ. OTK-A 2013/6/80) wskazywał, że "w państwie demokratycznym podatnik nie może ponosić negatywnych konsekwencji nieprecyzyjnego określenia jego obowiązków w ustawie podatkowej". Jak trafnie dostrzegł Trybunał Konstytucyjny - istotne jest, aby nie dochodziło do przerzucenia na podatnika odpowiedzialności za niedoskonałości regulacji prawnej. Powyższe spostrzeżenia Trybunału Konstytucyjnego pozostają aktualne w odniesieniu do przepisów O.p. analizowanych w rozpoznawanej sprawie. Aktualne są także wskazania poczynione w uzasadnieniu wyroku Trybunału Konstytucyjnego z dnia 21 lipca 2010 r., SK 21/08 (OTK-A 2010/6/62), zgodnie z którą art. 72 § 1 pkt 1 w związku z art. 77 § 1 i § 2 pkt 1 O.p. w brzmieniu obowiązującym do dnia 4 czerwca 2001 r., w zakresie, w jakim przepis ten przez uznanie za nadpłatę kwoty nadpłaconego lub nienależnie zapłaconego podatku z pominięciem kwoty nienależnie zapłaconych odsetek za zwłokę, pozbawia podatnika oprocentowania od kwoty wpłaconej na poczet odsetek za zwłokę od nienależnej zaległości podatkowej uiszczonej na podstawie niezgodnej z prawem decyzji podatkowej, jest niezgodny z art. 77 ust. 1 oraz art. 64 ust. 1 w związku z art. 31 ust. 3 Konstytucji RP. Podkreślenia wymaga, że jest to wyrok zakresowy i ma zasadnicze znaczenie dla wykładni prokonstytucyjnej przepisów w zakresie oprocentowania nadpłat. Trybunał Konstytucyjny wskazał w nim, że zasadnicze znaczenie miał dla sprawy rozstrzygnięcie zawarte w wyroku TK z dnia 4 grudnia 2001 r., sygn. SK 18/00 (OTK ZU nr 8/2001, poz. 256), w którym sprecyzowano przesłanki konstytucyjnego prawa do naprawienia szkody wyrządzonej przez niezgodne z prawem działanie organu władzy publicznej. Jak wskazuje się w tym wyroku - znaczenie art. 77 ust. 1 Konstytucji RP polega na tym, że w odniesieniu do niezgodnych z prawem działań organów publicznych ustanawia surowsze przesłanki odpowiedzialności odszkodowawczej w porównaniu z ogólnymi zasadami opartymi na przesłance winy. Zaostrzenie to polega przede wszystkim na związaniu odpowiedzialności z obiektywną przesłanką, którą jest niezgodność z prawem zachowania władzy publicznej. Pojęcie "władzy publicznej" obejmuje przy tym wszelkie władze w sensie konstytucyjnym, nazwa "organ" oznacza natomiast instytucję, strukturę organizacyjną, jednostkę władzy, z której działalnością wiąże się wyrządzenie szkody. Szczególną uwagę zwrócono na ratio legis instytucji nadpłaty. W orzecznictwie Trybunału Konstytucyjnego wskazuje się, że podstawowym celem zwrotu nadpłaty jest przywrócenie równowagi, przez powrót tego, co z majątku świadczącego bez podstawy prawnej wyszło lub do niego nie weszło. Instytucja nadpłaty ma doprowadzić do stanu zgodnego z prawem materialnym i obciążenia podatnika tylko w granicach określonych prawem. Konsekwencją zaistnienia nadpłaty jest roszczenie podatnika o jej zwrot. W ten sposób instytucja nadpłaty podatkowej nawiązuje niewątpliwie do fundamentalnej zasady słuszności, która nakazuje, by świadczenie pobrane bez podstawy prawnej zostało zwrócone (por. np. wyroki TK z dnia 6 marca 2002 r., sygn. P 7/00 oraz z dnia 10 marca 2009 r., sygn. P 80/08). Wskazany aspekt nadpłaty pozwala stwierdzić, że instytucji tej niewątpliwie przypisać można funkcję restytucyjną - ma ona bowiem na celu przywrócenie stanu zgodności z prawem przez zwrot podatnikowi nienależnie zapłaconego przez niego świadczenia podatkowego na rzecz Skarbu Państwa lub jednostki samorządu terytorialnego. Z punktu widzenia podatnika, który zrealizował nienależne świadczenie podatkowe, doniosłe znaczenie ma również - występująca obok funkcji restytucyjnej - funkcja odszkodowawcza (kompensacyjna) nadpłaty. W tym znaczeniu nadpłata służy naprawieniu szkody, jaką podatnik poniósł na skutek pozbawienia go środków finansowych w związku z obowiązkiem zapłaty nienależnego podatku (por. wyrok NSA z dnia 20 stycznia 1994 r., SA/Po 2859/93, niepubl.). Realizacji tej drugiej funkcji służy oprocentowanie nadpłaty, które zgodnie z art. 77 § 1 O.p., ma być równe wysokości odsetek za zwłokę pobieranych od zaległości podatkowych (art. 78 § 1 O.p.). Ustawodawca przyjął przy tym założenie, że uzyskanie oprocentowania nadpłaty nie jest uwarunkowane udowodnieniem winy wierzyciela podatkowego lub szkody poniesionej przez dłużnika podatkowego (por. np. postanowienie NSA z dnia 9 marca 1996 r., SA/Ka 26661/94, publ. Lex nr 26642), z zastrzeżeniem, że prawo do oprocentowania nadpłaty przysługuje zawsze, gdy nadpłata jest związana z uchyleniem, zmianą lub stwierdzeniem nieważności decyzji wymienionych w art. 78 § 1 pkt 1 O.p., a zatem zawsze wtedy, gdy przyczyną powstania nadpłaty jest rozstrzygnięcie organów podatkowych. Odsetki naliczane są od dnia dokonania wpłaty na podstawie nieobowiązującej lub zmienionej decyzji. Obowiązek zapłaty odsetek nie jest też uzależniony od zgłoszenia przez uprawnionego żądania ich zapłaty, lecz powstaje ex lege (z mocy art. 77 § 1 O.p.), w związku z zaistnieniem okoliczności przewidzianych w przepisach, a przesłanki jego wystąpienia nie stanowi oświadczenie dłużnika podatkowego w tej sprawie. W istocie więc celem oprocentowania nadpłaty ex lege jest zapewnienie pewności kompensacji. W ocenie Trybunału Konstytucyjnego, skoro oprocentowanie nadpłaty - w słusznym założeniu ustawodawcy - ma niwelować negatywne skutki ekonomiczne związane z brakiem możliwości dysponowania przez podatnika nienależnie wpłaconymi kwotami, zasadne jest, by oprocentowanie - pełniące funkcję odszkodowawczą - obejmowało zarówno należność główną, jak i naliczone od niej odsetki za zwłokę, z których wierzyciel podatkowy w sposób nieuprawniony korzystał. Oprocentowanie nadpłaty podatku stanowi niewątpliwie naprawienie szkody w zakresie utraconych korzyści (lucrum cessans). Utrata korzyści związana jest w tym przypadku bezpośrednio z pozbawieniem podatnika możliwości korzystania ze środków pieniężnych, które musiały zostać przez niego wpłacone na poczet zarówno nienależnego podatku, jak i odsetek. Gdyby nie obowiązek zapłaty, który ostatecznie okazał się nieistniejący, podatnik mógłby dowolnie dysponować tą kwotą i otrzymywać z tego tytułu przychód. Jakkolwiek zarówno doktryna prawa, jak i orzecznictwo Trybunału Konstytucyjnego dość szeroko ujmują swobodę ustawodawcy w sferze prawa daninowego, to nie ulega wątpliwości, że granicą tej swobody jest m.in. konieczność respektowania konstytucyjnych reguł ochrony praw majątkowych podatników, a zdecydowanie wykraczają poza jej zakres rozwiązania sankcjonujące nienależne pobranie podatków lub innych danin publicznych, bądź też równoznaczne z nimi w skutkach - pominięcia legislacyjne, uniemożliwiające odzyskanie takich nienależnych podatków lub innych danin. Swoboda ustawodawcy w zakresie prawa daninowego nie rozciąga się na sytuacje, w których danina publiczna została pobrana niezasadnie. W orzecznictwie TK można uznać za utrwalony pogląd, że z nakazu ochrony własności oraz innych praw majątkowych statuowanego w art. 64 ust. 1 Konstytucji RP wynikają określone obowiązki dla ustawodawcy zwykłego: obowiązek pozytywny - stanowienia przepisów i procedur udzielających ochrony prawnej prawom majątkowym oraz obowiązek negatywny - powstrzymywania się od regulacji, które owe prawa mogłyby pozbawiać ochrony prawnej lub też ochronę tę ograniczać. Ochrona zapewniana majątkowym prawom podmiotowym musi być ponadto realna. Punktem odniesienia (kryterium weryfikacji tej cechy) musi być skuteczność realizacji określonego prawa podmiotowego w konkretnym otoczeniu systemowym, w którym ono funkcjonuje (zob. m.in. wyroki TK z dnia: 13 kwietnia 1999 r., sygn. K 36/98, OTK ZU nr 3/1999, poz. 40; 25 lutego 1999 r., sygn. K 23/98, OTK ZU nr 2/1999, poz. 25; 12 stycznia 2000 r., sygn. P 11/98, OTK ZU nr 1/2000, poz. 3; 19 grudnia 2002 r., sygn. K 33/02, OTK ZU nr 7/A/2002, poz. 97, oraz 20 stycznia 2004 r., sygn. SK 26/03, OTK ZU nr 1/A/2004, poz. 3). Odnosząc wszystkie kwestie doktrynalne poruszane powyżej do stanu faktycznego rozpatrywanej sprawy Naczelny Sąd Administracyjny w składzie orzekającym stwierdza, że warunki do dopuszczalności stosowania analogia legis zostały spełnione. Tym samym nie podziela poglądów wyrażonych w wyrokach NSA z dnia 25 listopada 2025 r. sygn. akt II FSK 911/25 i II FSK 912/25, na które to powołał się Sąd pierwszej instancji. Skład orzekający mając na uwadze postanowienia art. 2, a także art. 77 ust. 1 i 2 w związku z art. 8 ust. 2 Konstytucji RP podkreśla, że jednym ze standardów demokratycznego państwa prawnego jest to, iż każdy ma prawo do wynagrodzenia szkody, jaka została mu wyrządzona przez niezgodne z prawem działanie organów publicznych i żadna ustawa nie może nikomu zamykać drogi sądowej dochodzenia naruszonych przez tą władzę praw jednostki. Zgodnie z powyższym przepisem art. 77 ust. 1 Konstytucji RP władze publiczne (w tym organy podatkowe) są obowiązane obywatelowi powstałą szkodę materialną wyrównać powstałą na skutek nich niezgodnego z prawem działania. Natomiast z art. 2 Konstytucji RP wyrażającym zasadę demokratycznego państwa prawnego wywodzone są również zasady prawidłowej (przyzwoitej) legislacji, które nakazują, aby przepisy formułowane były w sposób poprawny, jasny i precyzyjny, zwłaszcza wówczas, gdy dotyczą praw i wolności jednostki (zob. Trybunał Konstytucyjny w sprawach – K 7/99 i K 24/00). Ponadto należy zauważyć, że także zasada zaufania do organów podatkowych (art. 121 O.p.) jest zakorzeniona w normach konstytucyjnych. Zgodnie z art. 32 Konstytucji RP konstytucyjnie dopuszczalna jest sytuacja, w której zróżnicowanie nastąpi w obrębie grupy osób znajdujących się w takiej samej sytuacji. Jest to możliwe ze względu na konieczność realizacji zasad konstytucyjnych, o ile ograniczenie zasady równości dokonywane jest z zachowaniem zasady proporcjonalności. Ograniczenie dokonane jest za pomocą środka przydatnego do realizacji zasady konstytucyjnej usprawiedliwiającej to ograniczenie, środek ten jest konieczny, czyli nie ingeruje nadmiernie w równość, oraz zachowana jest proporcjonalność sensu stricto. Wprowadzone zróżnicowanie musi mieć zatem charakter racjonalnie uzasadniony, a kryterium zróżnicowania pozostawać w odpowiedniej proporcji do wagi interesów, które zostają naruszone w wyniku nierównego traktowania podmiotów podobnych. Musi ponadto pozostawać w związku z zasadami, wartościami i normami konstytucyjnymi uzasadniającymi odmienne traktowanie podmiotów podobnych. Wszelkie odstępstwa od nakazu równego traktowania podmiotów podobnych muszą zawsze znajdować podstawę w odpowiednio przekonujących argumentach (por. wyroki Trybunału Konstytucyjnego: z dnia 23 listopada 2010 r., K 5/10, OTK-A 2010 Nr 9, poz. 106; z dnia 19 kwietnia 2011 r., P 41/09, OTK-A 2011 Nr 3, poz. 25; z dnia 18 czerwca 2013 r., K 37/12, OTK-A 2013 Nr 5, poz. 60; z dnia 5 listopada 2013 r., K 40/12, OTK-A 2013 Nr 8, poz. 120 i z dnia 17 czerwca 2014 r., P 6/12, OTK-A 2014 Nr 6, poz. 62; P. Tuleja, Konstytucja Rzeczpospolitej Polskiej, Komentarz wyd. II, WKP 2023).

4.7. Przyjąć zatem należy, że w demokratycznym państwie prawnym, o którym stanowi art. 2 Konstytucji RP, jednostka (a zatem każdy podatnik, w tym także osoba prawna) nie może ponosić konsekwencji błędów i zaniedbań prawodawcy, w tym zwłaszcza takich, które powodują lukę w prawie naruszającą podstawowe zasady porządku konstytucyjnego. Lukę taką w wyjątkowych przypadkach wypełnić można w drodze analogii. Brak przepisu wyłączającego analogię z procesu interpretacji i stosowania materialnego prawa podatkowego sprawia, że na zasadzie wyjątku można posłużyć się tą metodą dla usunięcia ewidentnych naruszeń porządku konstytucyjnego. W zakresie zobowiązań podatkowych zasadę tę urzeczywistniają przepisy art. 77 i art. 78 O.p. nakazujące zwrot nadpłaconych podatków w przepisanych terminach oraz wypłatę oprocentowania od nadpłat podatków. Oceniając te przepisy należy zauważyć, że przyczyną ich wprowadzenia do O.p. była konieczność zapewnienia możliwości odzyskania kwot zapłaconych nienależnie z tytułu zobowiązań podatkowych wraz z odsetkami, jeżeli do powstania nadpłaty lub opóźnienia w jej zwrocie przyczyniły się organy podatkowe. Mając na względzie racje uzasadniające wprowadzenie powołanych powyżej regulacji, należy stwierdzić, że uzasadniają one objęcie nakazem wypłaty odsetek także te nadpłaty, które powstały wskutek wydania po ustawowym terminie porozumienia APA w formie decyzji, gdyż jest to warunek wymieniony w art. 15e ust. 15 pkt 1 u.p.d.o.p., od którego zależała możliwość skorygowania pierwotnego rozliczenia podatku dochodowego od osób prawnych. Mając jednak na względzie zarówno treść analogicznie stosowanego art. 78 § 3 pkt 3 lit b) O.p., jak i normę ogólnosystemową nie jest możliwe przyznanie oprocentowania w sposób bezwarunkowy za cały okres, tj. od chwili powstania nadpłaty do jej zwrotu. Przyjęcie za zasadne stanowiska odmiennego prowadziłoby do wniosku, że prawo do oprocentowania nadpłaty podatku uzależnione jest w każdym przypadku jedynie od trwania postępowania w sprawie wydania decyzji APA dłużej niż 6 miesięcy, co nie jest możliwe do akceptacji. Mając zatem na uwadze konieczność odtworzenia w drodze analogii normy prawnej dotyczącej oprocentowania nadpłaty powstałej wskutek konieczności długotrwałego oczekiwania na decyzję APA należy stwierdzić, że właściwe jest stosując analogicznie art. 78 § 3 pkt 3 lit b) O.p. przyznanie oprocentowania od chwili złożenia wniosku o wszczęcie procedury wydawania APA lub zapłaty podatku, jeżeli został on uiszczony już po wszczęciu tej procedury i tym samym blokady pełnego rozliczania kosztów uzyskania przychodów. Co do terminu końcowego z uwagi na specyfikę postępowania dotyczącego jednostronnego uprzedniego porozumienia cenowego wynikającego z przepisów art. 86, art. 95 ust. 1 i art. 97 ust. 1 ustawy o DRM oraz art. 15e ust. 15 pkt 1 u.p.d.o.p. nie jest możliwe stosowanie regulacji z art. 78 § 4 O.p. i naliczania oprocentowania z tytułu nadpłaty podatku do dnia zwrotu nadpłaty. Właściwe jest w takim przypadku co do zasady ograniczenie okresu końcowego naliczania oprocentowania, do chwili doręczenia decyzji APA, zgodnie z art. 96 pkt 1 ustawy o DRM. Z chwilą bowiem uzyskania decyzji APA podatnik posiada już niezbędne uprawnienia procesowe do ubiegania się o zwrot nadpłaty wraz ze stosownym oprocentowaniem. Wydanie tejże decyzji warunkuje bowiem w ogóle możliwość złożenia skutecznej korekty wcześniejszego rozliczenia podatku dochodowego od osób prawnych i uwzględnienia pełnych kosztów uzyskania przychodów bez limitu wskazanego w art. 15e ust. 1 u.p.d.o.p. Stosując jednak w drodze analogii legis unormowanie z art. 78 § 3 pkt 3 lit b) O.p. należy mieć na uwadze jego pełną treść. Zgodnie z tym przepisem oprocentowanie przysługuje w przypadkach przewidzianych w art. 77 § 1 pkt 2 i pkt 6 (czyli m.in. w przypadku złożenia skorygowanej deklaracji, jak w rozpatrywanej sprawie) - od dnia złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty wraz ze skorygowanym zeznaniem (deklaracją), jeżeli decyzja stwierdzająca nadpłatę nie została wydana w terminie 2 miesięcy od dnia złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty, chyba że do opóźnienia w wydaniu decyzji przyczynił się podatnik, płatnik lub inkasent. Dla powstania prawa do oprocentowania nadpłaty podatku istotne znaczenia ma zatem także postawa podatnika w trakcie postępowania, z którym związane jest stwierdzenie istnienia nadpłaty. Odnosząc ten przepis do postępowania w sprawie wydania decyzji APA, która to warunkuje możliwość skutecznego ubiegania się o stwierdzenie nadpłaty podatku, poczesne znaczenie ma zatem lojalna współpraca podatnika w trakcie tego postępowania, która może świadczyć o braku przyczynienia się do opóźnienia przez podatnika i w rezultacie wydania decyzji po upływie terminu wskazanego w art. 97 ust. 1 ustawy o DRM. Należy bowiem mieć na uwadze to, że w przypadku z jednej strony oprocentowania nadpłaty, jak i z drugiej wyłączenie naliczania odsetek za zwłokę od zaległości podatkowych, przyczynienie się podatnika do opóźnienia w wydaniu decyzji albo zwrocie nadpłaty ma podstawowe znaczenie i można stwierdzić, że ma ono na gruncie O.p. charakter systemowy. W tym zakresie można wskazać na unormowania dotyczące oprocentowania nadpłaty z art. 78 § 3 pkt 1, pkt 3 lit. b) i c), pkt 6 i pkt 7 O.p. W zakresie zaś wyłączenie naliczania odsetek za zwłokę od zaległości podatkowych świadczy o tym regulacja z art. 54 § 2 O.p.

4.8. Za nieuzasadnione należy uznać zarzuty naruszenia art. 1 § 1 p.u.s.a. w zw. z art. 1 k.p.c. Przepis art. 1 § 1 p.u.s.a. należy do przepisów ustrojowych (podobnie zresztą jak art. 1 k.p.c). O naruszeniu tych regulacji można mówić tylko wówczas, gdy sąd wyjdzie poza zakres przedmiotowy postępowania sądowoadministracyjnego (tzn. poza kontrolę działalności administracji publicznej, rozpoznając skargę na akt lub czynność nieobjęte jego kognicją), bądź w sprawach należących do jego właściwości uchyli się od badania legalności działalności administracji, ewentualnie zastosuje środki ustawie nieznane oraz posiłkować się przy tym będzie innym kryterium niż zgodność z prawem. Z kolei art. 1 k.p.c. definiuje sprawę cywilną jako sprawę, która podlega rozpoznaniu przez sąd powszechny (cywilny) zgodnie z zasadami określonymi w k.p.c. Ocena charakteru sprawy na podstawie tego przepisu jest dokonywana z uwzględnieniem roszczenia w ujęciu procesowym, a nie materialnoprawnym. Tym samym o dopuszczalności drogi sądowej przed sądem cywilnym nie decyduje obiektywne istnienie prawa podmiotowego, lecz twierdzenie strony o jego istnieniu. Wyrażenie wobec tego przez Sąd pierwszej instancji, wadliwego w ocenie Naczelnego Sądu Administracyjnego, poglądu o możliwości dochodzenia przez Spółkę odszkodowania na zasadach ogólnych, łącznie z pozwem do sądu powszechnego, nie oznaczało naruszenia wskazanych unormowań. Jedynie na marginesie należy podkreślić, że należność z tytułu nadpłaty podatku, w tym także jej oprocentowania, ma charakter publicznoprawny, a orzekanie o prawach i obowiązkach podatkowych należy do właściwości organów podatkowych, a podejmowane w tym zakresie decyzje podlegają kontroli sądów administracyjnych.

4.9. Jako bezzasadne należy również ocenić tzw. "zarzuty pomocnicze", dotyczące podniesionego w skardze kasacyjnej naruszenia art. 15e, art. 80 § 1, art. 78a oraz art. 78 § 1, § 3 i § 4 O.p. w zw. z wiążącym orzecznictwem TSUE oraz art. 49 i art. 56 TFUE, jak również przepisami Konstytucji RP. Zarzuty te opierają się na przyjęciu przez Spółkę błędnego założenia, że unormowanie, które zamieszczono w art. 15e u.p.d.o.p. było niezgodne z prawem unijnym, w tym przede wszystkim z zakazami ograniczania swobody przedsiębiorczości oraz swobody świadczenia usług na jednolitym rynku. Podkreślenia wymaga, że podatki dochodowe tylko w ograniczonym zakresie podlegają harmonizacji w Unii Europejskiej i w ramach, którego dotyczyła w okresie od 1 stycznia 2018 r. do 31 grudnia 2021 r. regulacja z art. 15e u.p.d.o.p. brak było przepisów, które na poziomie unijnym normowałyby tego rodzaju materię. Podkreślenia wymaga, że ustawodawca krajowy w zakresie kreowania przepisów podatkowych ma dość szerokie kompetencje. W szczególności posiada uprawnienia do stanowienia przepisów, które pozwalają na eliminowanie z katalogu kasztów uzyskania przychodów określonych kategorii wydatków. Dobitnym przykładem tego jest choćby przepis art. 16 u.p.d.o.p. dotyczący niemalże w całości wyłączenia z kosztów uzyskania przychodów szeregu wydatków, które mogą spełniać warunki przewidziane w art. 15 ust. 1 u.p.d.o.p. Regulacja z art. 15e u.p.d.o.p. dotyczyła w jednakowym zakresie wszystkich podatników, ponoszących wydatki na rzecz podmiotów powiązanych mających siedzibę tak w kraju jak i innym państwie członkowskim UE. Dodatkowo wymaga podkreślenia, że przeciwdziałanie erozji bazy podatkowej poprzez stanowienie odpowiednich przepisów, w tym również dotyczących cen transferowych, jest powszechną praktyką ustawodawstw podatkowych w większości krajów świata. Wynikają one także z zaleceń płynących z raportu OECD dotyczącego przeciwdziałania BEPS (Base Erosion and Profit Shifting), opublikowanego 19 lipca 2013 r. Wybór konkretnych działań pozostawiony jest w dużej mierze narodowym legislacjom podatkowym. Nie można zatem uznać, aby stanowienie przepisów ograniczających koszty uzyskania przychodów, bądź statuujących dodatkowe warunki do ich rozpoznawania w rachunku podatkowym w transakcjach pomiędzy podmiotami powiązanymi, miało ograniczać unijne swobody traktowe, bądź naruszać zasadę równości podmiotów. Wprowadzanie do porządków prawnych regulacji ograniczających korzyści podatkowe pomiędzy podmiotami powiązanymi tak w aspekcie krajowym jak i międzynarodowym, w tym unijnym, uznać należy obecnie za standard będący elementem regulacji dotyczących tzw. cen transferowych. Tym samym nie można zasadnie twierdzić o naruszeniu poprzez regulację z art. 15e u.p.d.o.p. wskazanych przepisów TFUE. Z tych samych powodów brak jest także podstaw aby uznawać ten przepis za sprzeczny z art. 31 ust. 3 w zw. z art. 64 oraz 32 Konstytucji RP.

4.10. Z tych wszystkich względów i na podstawie art. 188 w zw. z art. 145 § 1 pkt 1 lit. a) p.p.s.a., Naczelny Sąd Administracyjny orzekł jak w sentencji, czyli uchylił zaskarżony wyrok i zaskarżoną decyzję, bowiem istota sprawy została dostatecznie wyjaśniona. Skarga do WSA w Gdańsku była zasadna i winna zostać uwzględniona na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. a) p.p.s.a. O kosztach postępowania sądowego Sąd orzekł na podstawie art. 209 w zw. z art. 200, art. 203 pkt 1 oraz art. 205 § 2 p.p.s.a.